GotoBLAS_03FAQ.txt

   1         GotoBLAS2 FAQ
   2
   3 1. General
   4
   5 1.1  Q Can I find useful paper about GotoBLAS2?
   6
   7      A You may check following URL.
   8
   9      http://www.cs.utexas.edu/users/flame/Publications/index.htm
  10
  11     11. Kazushige Goto and Robert A. van de Geijn, " Anatomy of
  12         High-Performance Matrix Multiplication," ACM Transactions on
  13         Mathematical Software, accepted.
  14
  15     15. Kazushige Goto and Robert van de Geijn, "High-Performance
  16         Implementation of the Level-3 BLAS." ACM Transactions on
  17         Mathematical Software, submitted.
  18
  19
  20 1.2  Q Does GotoBLAS2 work with Hyperthread (SMT)?
  21
  22      A Yes, it will work. GotoBLAS2 detects Hyperthread and
  23        avoid scheduling on the same core.
  24
  25
  26 1.3  Q When I type "make", following error occured. What's wrong?
  27
  28         $shell> make
  29         "./Makefile.rule", line 58: Missing dependency operator
  30         "./Makefile.rule", line 61: Need an operator
  31         ...
  32
  33      A This error occurs because you didn't use GNU make. Some binary
  34        packages install GNU make as "gmake" and it's worth to try.
  35
  36
  37 1.4  Q Function "xxx" is slow. Why?
  38
  39      A Generally GotoBLAS2 has many well optimized functions, but it's
  40        far and far from perfect. Especially Level 1/2 function
  41        performance depends on how you call BLAS. You should understand
  42        what happends between your function and GotoBLAS2 by using profile
  43        enabled version or hardware performance counter. Again, please
  44        don't regard GotoBLAS2 as a black box.
  45
  46
  47 1.5  Q I have a commercial C compiler and want to compile GotoBLAS2 with
  48        it. Is it possible?
  49
  50      A All function that affects performance is written in assembler
  51        and C code is just used for wrapper of assembler functions or
  52        complicated functions. Also I use many inline assembler functions,
  53        unfortunately most of commercial compiler can't handle inline
  54        assembler. Therefore you should use gcc.
  55
  56
  57 1.6  Q I use OpenMP compiler. How can I use GotoBLAS2 with it?
  58
  59      A Please understand that OpenMP is a compromised method to use
  60        thread. If you want to use OpenMP based code with GotoBLAS2, you
  61        should enable "USE_OPENMP=1" in Makefile.rule.
  62
  63
  64 1.7  Q Could you tell me how to use profiled library?
  65
  66      A You need to build and link your application with -pg
  67        option. After executing your application, "gmon.out" is
  68        generated in your current directory.
  69
  70        $shell> gprof <your application name> gmon.out
  71
  72        Each sample counts as 0.01 seconds.
  73          %   cumulative   self              self     total
  74         time   seconds   seconds    calls  Ks/call  Ks/call  name
  75         89.86    975.02   975.02    79317     0.00     0.00  .dgemm_kernel
  76          4.19   1020.47    45.45       40     0.00     0.00  .dlaswp00N
  77          2.28   1045.16    24.69     2539     0.00     0.00  .dtrsm_kernel_LT
  78          1.19   1058.03    12.87    79317     0.00     0.00  .dgemm_otcopy
  79          1.05   1069.40    11.37     4999     0.00     0.00  .dgemm_oncopy
  80        ....
  81
  82        I think profiled BLAS library is really useful for your
  83        research. Please find bottleneck of your application and
  84        improve it.
  85
  86 1.8  Q Is number of thread limited?
  87
  88      A Basically, there is no limitation about number of threads. You
  89        can specify number of threads as many as you want, but larger
  90        number of threads will consume extra resource. I recommend you to
  91        specify minimum number of threads.
  92
  93 1.9  Q I have segfaults when I compile with USE_OPENMP=1. What's wrong?
  94
  95      A This may be related to a bug in the Linux kernel 2.6.32. Try applying
  96      the patch segaults.patch using
  97
  98      patch < segfaults.patch
  99
 100      and see if the crashes persist. Note that this patch will lead to many
 101      compiler warnings.
 102
 103 2. Architecture Specific issue or Implementation
 104
 105 2.1 Q GotoBLAS2 seems to support any combination with OS and
 106       architecture. Is it possible?
 107
 108     A Combination is limited by current OS and architecture. For
 109       examble, the combination OSX with SPARC is impossible. But it
 110       will be possible with slight modification if these combination
 111       appears in front of us.
 112
 113
 114 2.2 Q I have POWER architecture systems. Do I need extra work?
 115
 116     A Although POWER architecture defined special instruction
 117       like CPUID to detect correct architecture, it's privileged
 118       and can't be accessed by user process. So you have to set
 119       the architecture that you have manually in getarch.c.
 120
 121
 122 2.3 Q I can't create DLL on Cygwin (Error 53). What's wrong?
 123
 124     A You have to make sure if lib.exe and mspdb80.dll are in Microsoft
 125       Studio PATH. The easiest way is to use 'which' command.
 126
 127     $shell> which lib.exe
 128     /cygdrive/c/Program Files/Microsoft Visual Studio/VC98/bin/lib.exe