Merge pull request #3073 from ronghanghu/consistent-malloc-free

Ensure consistency between memory alloc and free

Add flag on how host memory is allocated

Add a bool flag to record whether a host memory is allocated using malloc or
cudaMallocHost, and free correspondingly using this flag, instead of depending on Caffe::mode(), which is mutable during runtime.

Merge pull request #3032 from ronghanghu/ban-pythonlayer-in-parallel

Disallow PythonLayer in Multi-GPU training

Merge pull request #3118 from ducha-aiki/patch-1

Fix parse_log.sh against "prefetch queue empty" messages

Fix parse_log.sh against "prefetch queue empty" messages

Merge pull request #3115 from lukeyeager/fix-generate-sample-data

Fix generate_sample_data.py

Fix generate_sample_data.py - bug from #2978

Merge pull request #2978 from lukeyeager/h5t_integer

Allow H5T_INTEGER in HDF5 files

Modify HDF5DataLayerTest to test H5T_INTEGER data

Allow H5T_INTEGER in HDF5 files

Merge pull request #2951 from dplarson/examples_readme_link

[examples] fix link to feature visualization notebook

Merge pull request #3112 from shelhamer/test-reshape-harder

[test] Test Reshape more rigorously

[test] TestReshape: check that shapes actually change

Check that output spatial shape varies with input shape while the output
num matches the input num.

[test] TestReshape: expect instead of check

[test] TestReshape: check small then large

checking large then small can mask failure since the smaller shape
memory will fit within the larger shape.

Merge pull request #3096 from longjon/fix-conv-reshape

Fix broken conv/deconv reshaping

Merge pull request #3093 from shelhamer/check-xcode-clt-version

[build] check xcode command line tools version >= 6

fix broken conv/deconv reshaping caused by reading bottom shape in
LayerSetUp

This also eliminates the extra copying of bottom's shape.

Merge pull request #3095 from longjon/fix-deconv-backward

Fix broken DeconvolutionLayer GPU backward caused by ND conv typo

fix broken DeconvolutionLayer GPU backward caused by typo

[build] check xcode command line tools version >= 6

future-proof version check for BLAS libraries on OS X
fix #3092

Merge pull request #3083 from yanchen036/master

refine format of switch case statement in solver

Merge pull request #2049 from jeffdonahue/nd-convolution

ND convolution with im2col

Im2col and Convolution layers support N spatial axes

Blob: add SyncedMemory shape accessor for GPU shape access

caffe.proto: generalize ConvolutionParameter to N spatial axes

refine format of switch case in solver

Merge pull request #3081 from shelhamer/include-io-by-default

include IO dependencies by default

[build] include IO dependencies by default

keep old behavior by including leveldb, lmdb, and opencv by default

Merge pull request #3074 from ronghanghu/show-use-cpu

Get back 'USE CPU' print for caffe train

Merge pull request #2523 from BonsaiAI/separate-io-dependencies

Separate dependencies for configurable installation

Add a comment indicating that Travis CI tests are CPU only

Fix case in CMake notices

Separate IO dependencies

OpenCV, LMDB, LevelDB and Snappy are made optional via switches
(USE_OPENCV, USE_LMDB, USE_LEVELDB) available for Make and CMake
builds. Since Snappy is a LevelDB dependency, its use is determined by
USE_LEVELDB. HDF5 is left bundled because it is used for serializing
weights and solverstates.

Get back 'USE CPU' print for caffe train

Merge pull request #3070 from mohomran/resize_nd-image_bug

bug in caffe.io.resize_image when applied to images with 2 or >3 channels

removed bug in caffe.io.resize_image when applied to Nd images

Merge pull request #3049 from seanbell/check-snapshot-prefix

Check that the snapshot directory is writeable before starting training

Check that the snapshot directory is writeable before starting training

Merge pull request #3063 from ronghanghu/use-expectnear-in-eltwiselayertest

Use EXPECT_NEAR in EltwiseLayer test

Merge pull request #2941 from thatguymike/MultiGPUDocs

Add some documentation on Multi-GPU support

Use EXPECT_NEAR in EltwiseLayer test

Otherwise there seem to be some numerical issues causing BLAS results not exactly same as evaluated results in test code.

Merge pull request #3048 from seanbell/minor-string-fix

Minor: missing space in string formatting

Minor: missing space in string formatting

disallow PythonLayer in Multi-GPU training

Merge pull request #3024 from danielgordon10/python-solver-fix

[pycaffe] expose all solvers for direct instantiation (although note get_solver)

enabling the alternate solvers to be accessed by the python interface

Merge pull request #3026 from CDLuminate/patch-1

Fix a typo

Merge pull request #3027 from ronghanghu/fix-accuracy-test

Fix AccuracyLayerTest for per-class accuracy.

Fix AccuracyLayerTest for per-class accuracy.

Fix AccuracyLayerTest for per-class accuracy. Previously in #2935, it crashes since the test accuracy is nan (0/0) when a class never appear.

Update extract_features.cpp

Merge pull request #3023 from jeffdonahue/param-debug-info-fix

fix Net debug_info to report learnable params

Merge pull request #2959 from jeffdonahue/netspec-allow-non-iterable-repeated

NetSpec: don't require lists to specify single-element repeated fields

NetSpec: don't require lists to specify single-element repeated fields

net.cpp fix debug_info params -> learnable_params

Merge pull request #3014 from jeffdonahue/trivial-slice-concat

Allow trivial slice/concat

ConcatLayer: allow trivial operation with single bottom Blob

SliceLayer: allow trivial operation with single top Blob

Merge pull request #2990 from mattdawkins/add-openblas-path

Add extra OpenBLAS include search path

Merge pull request #3010 from darrengarvey/fixup-memory-leak-siamese

Fix memory leak in convert_mnist_siamese_data.

Merge pull request #3012 from lukeyeager/convert-imageset-logging

Show output from convert_imageset tool

Merge pull request #3011 from darrengarvey/fixup-cifar10-example

cifar10: Fix examples by setting snapshot_format.

Merge pull request #3009 from darrengarvey/cleanup-documentation-warnings

Fix up documentation errors.

Show output from convert_imageset tool

Fix up documentation errors.

Fix some doxygen warnings about an undocumented argument in Blob and
incorrect documentation for SoftmaxWithLossLayer::Forward_cpu().

cifar10: Fix examples by setting snapshot_format.

Commit 4227828a set the default binary format from HDF5 to BINARYPROTO to
fix #2885. This broke the cifar10 examples which relied on this default.

This commit specifies the snapshot_format explicitly since the rest of the
example relies on this being HDF5.

Merge pull request #3008 from darrengarvey/cleanup-cmake-variable

Cleanup: Fixup capitalisation of Caffe_POSTFIX.

Fix memory leak in convert_mnist_siamese_data.

This fixes a memory leak by using delete[] rather than plain delete.

Cleanup: Fixup capitalisation of Caffe_POSTFIX.

Replaces CAffe_POSTFIX -> Caffe_POSTFIX.

Merge pull request #3007 from philkr/neg_lr_mult

Compute backward for negative lr_mult

Compute backward for negative lr_mult

Merge pull request #2998 from longjon/data-race

Fix a recently introduced race condition in DataLayer

Merge pull request #2894 from mfigurnov/fix-truncation-warning

Fix truncation of value warning

fix GPU data race

Previously, the prefetch GPU -> top GPU and prefetch CPU -> prefetch GPU
copies were launched concurrently in separate streams, allowing the next
batch to be copied in before the current one is read.

This patch explicitly synchronizes the prefetch -> top copy wrt the
host, preventing the CPU -> GPU from being launched until its
completion.

Merge pull request #2989 from jyegerlehner/embed-layer-compile-warning

Fix EmbedLayer compiler warning for unused variable.

Fix EmbedLayer compiler warning for unused variable.

Add extra openblas search path

Merge pull request #2944 from philkr/python_layer_param

Give the python layer parameter/weight blobs.

Merge pull request #2970 from ronghanghu/spp-fix

Fix SPPLayer top blob num and address `pyramid_height_ == 1`

Fix previous mistake on unimplemented top and address pyramid_height_==1 in SPPLayer

also, do nothing in SPPLayer Reshape if already reshaped once and bottom size unchanged

Merge pull request #2964 from jyegerlehner/mvn-layer-fixes

Fix MVNLayer

Merge pull request #2981 from maaskola/draw-deconvolution

Draw Deconvolution layers like Convolution layers

Draw Deconvolution layers like Convolution layers

MVNLayer fixes.

Fix the MVNLayer tests so they actually test what they claim.

MVNLayer fixes: sum_multiplier_ sized correctly; backward gradient calculation.

Gradient calculation per analysis of seanbell, found here:
https://github.com/BVLC/caffe/issues/1938

Fixes according to review comments.

Merge pull request #2083 from jeffdonahue/tile-layer

TileLayer

TileLayer: add CUDA kernels

Add TileLayer

Merge pull request #2032 from jeffdonahue/embed-layer

Embed layer for lookup table of one hot encodings

Merge pull request #2927 from jeffdonahue/improve-net-init-error-msgs

improve net config and shape mismatch error messages

Merge pull request #2972 from jeffdonahue/concat-backward-fix

[fix] properly backprop through ConcatLayer with propagate_down set

Python parameter test added

Allow the python layer have weight/parameter blobs.

Merge pull request #2963 from longjon/superfluous-toproto

Remove superfluous code in Net::ToProto

bugfix for ConcatLayer with propagate_down set

if propagate_down[i] was set, offset_concat_axis was not correctly
updated for subsequent bottoms i+1, i+2, ...

TestConcatLayer: add gradient check for bottom[1] only (to verify
propagate_down[0] == false correctness)

Merge pull request #2935 from rmanor/accuracies

Output accuracies per class.

Merge pull request #2253 from jyegerlehner/snapshot_on_signal

Snapshot on signal

Output accuracies per class.

Fixed case where number of samples in class can be zero.

- Fixed ignore_label case, also added a test.
- Two other fixes.

Fixed lint errors.

Small fix.

Add signal handler and early exit/snapshot to Solver.

Add signal handler and early exit/snapshot to Solver.

Add signal handler and early exit/snapshot to Solver.

Also check for exit and snapshot when testing.

Skip running test after early exit.

Fix more lint.

Rebase on master.

Finish rebase on master.

Fixups per review comments.

Redress review comments.

Lint.

Correct error message wording.

remove superfluous code in Net::ToProto