Fix download model binary script to get correct lines on parsing table

The base reference of "bottom" variable was relative to the "top+1" and
not to the whole readlines output. It ended up without all the lines.

That could work for some gists however for the model I was looking for (see
below) the sha1 key was not being parsed, as it was missing the last line.

tested with the following gist:
longjon/1bf3aa1e0b8e788d7e1d

Fix download model script to use zip archive

Currently GitHub is not using tarballs as archive for downloading gists
therefore the script was broken as actually a zip archive was being downloaded.

Merge pull request #2462 from longjon/correct-python-exceptions

Handle Python layer exceptions correctly

Merge pull request #2859 from philkr/image_data

ImageData layer default batch size of 1, and check for zero batch size

ImageData layer default batch size of 1, and check for zero batch size

Merge pull request #2583 from lukeyeager/fix-log-levels

Change log levels in upgrade_proto

Change log levels in upgrade_proto

It's not an error if the upgrade succeeds

Merge pull request #2837 from longjon/contributing-file

Add a CONTRIBUTING.md file, to appear on new Issue/PR pages

[docs] add CONTRIBUTING.md which will appear on GitHub new Issue/PR pages

[docs] fix contrastive loss eq

make documented equation match the correct implementation of the
`max(margin - d, 0)^2` term in the loss. see #2321

[docs] fix lmdb fetch url and path

[docs] clear up PYTHONPATH confusion

Use the same language as the installation page to explain the Python
module path.

reported by @sdemyanov

Merge pull request #2807 from Franck-Dernoncourt/patch-1

Fix path to mnist_autoencoder.prototxt

Fix path to mnist_autoencoder.prototxt

[docs] set lmdb url to github mirror

[docs] matlab 2015a compatible

Merge pull request #2740 from philkr/travis_python3

[build] Travis scripts for python3 and pytest for cmake.

Travis scripts for python3 and pytest for cmake. Also fixes CUDA CMake build issue #2722.

[examples] fix link to point to new tutorial notebook

Merge pull request #2762 from kashefy/fix_method_doc

tiny fix in Layer::Backward documentation

tiny fix in Layer::Backward documentation

Merge pull request #2739 from AdamStelmaszczyk/patch-2

One command less in CIFAR10 documentation

Merge pull request #2748 from glebm/patch-1

examples/imagenet: fix broken link

Merge pull request #2750 from yosssi/patch-1

Update net_layer_blob.md

Update net_layer_blob.md

examples/imagenet: fix broken link

Merge pull request #2742 from philkr/absval_warning

Removes a unused variable warning

Removes a unused variable warning

One command less

Also more readable and compatible with format of instructions for MNIST https://github.com/BVLC/caffe/tree/master/examples/mnist

Merge pull request #2712 from semitrivial/master

List protobuf-compiler dependency in the correct place (it is in the …

Merge pull request #2714 from philkr/python3_netspec

Making the net_spec python3 compatible

Making the net_spec python3 compatible

Merge pull request #2716 from lukeyeager/cmake-typos

[build] fix CMake typos

Fix CMake typos

No functional changes, just fixing whitespace errors and typos in
comments

List protobuf-compiler dependency in the correct place (it is in the package managers for both 14.04 and 12.04)

Merge pull request #2676 from lukeyeager/update-docs-boost

[docs] install boost without recommends to avoid conflicts -- close #2454

Update installation docs for boost - close #2454

Merge pull request #2213 from tnarihi/bilinear-upsampling-filler

add bilinear interpolation filler

bilinear filler -- useful for interpolation with DeconvolutionLayer

This filler is a convenience for interpolating with DeconvolutionLayer
or smoothing + downsampling with ConvolutionLayer for stride > 1.

Merge pull request #2667 from BVLC/tutorial

bundle CVPR15 tutorial notebooks

[examples] add Euclidean loss PythonLayer

[examples] sequence and revise notebooks

- combine classification + filter visualization
- order by classification, learning LeNet, brewing logreg, and
  fine-tuning to flickr style
- improve flow of content in classification + filter visualization
- include solver needed for learning LeNet
- edit notebook descriptions for site catalogue

[examples] flickr fine-tuning notebook

[examples] draft Python solving example

Merge pull request #2086 from longjon/python-net-spec

Python net specification

[pytest] minimal testing of net specification

[examples] caffenet python spec

[pycaffe] basic net specification

Merge pull request #2611 from dpaiton/test_net_bugfix

[compatibility] fix syntax for old protobuf

copyright 2015

Merge pull request #2579 from lukeyeager/draw-fix

small platform-specific bugfix for draw.py

Merge pull request #2636 from berleon/master

fixed _force_color check, fixes #2635

fixed _force_color check, fixes #2635

Merge pull request #2609 from lukeyeager/doc-fixes

[docs] fix "the life of a branch" formatting

fixed two bugs with prototext format

The first bug was in InitUnsharedWeightsNet. Proto var was of type
ostringstream, which converted the bool bias_term into an int. I
wrote an inline conditional to convert the term into a string.
This allows backwards compatibility with earlier prototext
versions (e.g. version 2.3.0 on Redhat was failing without this).

The second bug was in the syntax for repeated bool parameters,
assigned to the propagate_down parameter. The style used for e.g.
propagate_down: [true,true] does not work with earlier prototext
versions (failed with version 2.3.0 on Redhat). New syntax works
for all versions.

Fix HTML display for docs

Doesn't change display in Markdown

Merge pull request #2605 from ajschumacher/patch-2

typo: "a fixed steps" to "at fixed steps"

typo: "a fixed steps" to "at fixed steps"

fixing in the correct place as per @shelhamer's advice from #2602

Merge pull request #2278 from sguada/db_split

Db split

[docs] drop out-of-date reference to dev branch

Small platform-specific bugfix for draw.py

Close #2376

On Gentoo and CentOS (and others?), you get this error:
    Warning: /tmp/tmpjqPQBC:6: string ran past end of line

Split db.hpp into leveldb_db.hpp and lmdb_db.hpp

Merge pull request #2551 from ShaggO/loglayer

LogLayer gpu functionality moved to .cu file

LogLayer gpu functionality moved to .cu file

[bug] fix double instantiation of GPU methods in LogLayer

Merge pull request #2089 from jeffdonahue/reduction-layer

ReductionLayer

Add ReductionLayer to reduce any number of "tail" axes to a scalar value

Currently implements operations SUM, MEAN, ASUM (sum of absolute
values), and SUMSQ (sum of squares)

Merge pull request #2082 from jeffdonahue/flatten-layer-axis

FlattenLayer gets a FlattenParameter with an axis, end_axis

FlattenLayer gets a FlattenParameter with an axis, end_axis

Merge pull request #2090 from jeffdonahue/log-layer

LogLayer

Add LogLayer

Merge pull request #2054 from mtamburrano/filter_layer_rebased

FilterLayer cleanup and bugfix for GPU backward

-caffe_set -> caffe_gpu_set (backward was segfaulting before)
-remove uses of 'offset' (to support >4D blobs)
-change var++ -> ++var (per Google style guide)
-cleanup comments/whitespace

Filter Layer implemented

Merge pull request #2532 from shelhamer/accum-prelu

PReLU accumulates grad

Merge pull request #2536 from kibum14/master

Remove unnecessary filler parameter in the sample model

Remove unnecessary filler parameter in the sample model

In bvlc_googlenet model, unnecessary filler parameters, 'std', were used
for Xavier weight fillers.

PReLU accumulates grad

Merge pull request #2245 from dwt/add_homebrew_comments_to_makefile_config_example

[build] add commented out helpers for homebrew users

Merge pull request #2064 from drohit92/patch-1

[docs] fix solverstate filename in ImageNet example

Merge pull request #2163 from jeffdonahue/slice-concat-kernels

CUDA kernels for {Slice,Concat}Layer

Merge pull request #2107 from 5kg/fix_mac_doc

[docs] fix OS X homebrew commands

Merge pull request #2400 from cnDelbert/master

Correct the REPO_DIRNAME in `examples/web_demo/app.py`

Merge pull request #2350 from drdan14/log-parser-python-improved

Python log parser improvements

Merge pull request #2522 from MartinThoma/moose

[pycaffe] groom caffe.draw and draw_net.py

Merge pull request #2498 from flx42/cpp_classification_example

Add a simple C++ classification example

Merge pull request #2528 from shelhamer/travis-lmdb-git

Fix lmdb install for travis

Merge pull request #2527 from ronghanghu/matcaffe-update-mean-format

switch ilsvrc_2012_mean.mat to W x H x C, update demo and add comments

[travis] install lmdb through git mirror

switch to github mirror of latest tag as tarball to fix stale url.

Update ilsvrc_2012_mean.mat to W x H x C, update demo and add comments

Update previously ilsvrc_2012_mean.mat stores 'image_mean' variable in
H x W x C with BGR channels, which is inconsistent with Caffe's data format
and inconsistent with caffe.io.read_mean(..). Replace 'image_mean' with
'mean_data' variable in W x H x C and update classification_demo.m. Also add
some comments.

Merge pull request #2511 from flx42/fix_illegal_mode_changes

Fix invalid mode changes during tests

Merge pull request #1977 from shelhamer/accum-grad

Decouple the computational batch size and minibatch size by accumulating gradients

Add a simple C++ classification example

Closes #2487

Example usage:
./build/examples/cpp_classification/classification.bin \
  models/bvlc_reference_caffenet/deploy.prototxt \
  models/bvlc_reference_caffenet/bvlc_reference_caffenet.caffemodel \
  data/ilsvrc12/imagenet_mean.binaryproto \
  data/ilsvrc12/synset_words.txt \
  examples/images/cat.jpg

Merge pull request #2410 from sguada/datum_transform

Datum transform

 Merge pull request #2294 from TorosFanny/master

  [example] fix path for diff in net surgery

[example] fix path for diff in net surgery

Merge pull request #2240 from nsubtil/cmake-build-dependencies

Wrangle (some) Caffe dependencies through CMake

Merge pull request #2468 from Nerei/feature/minor_fix_in_cmake_config_generation

[build] minor Cmake fix to clear python / numpy in CaffeConfig.cmake generation

Merge pull request #2493 from longjon/sketchy-cuda-kernel-loop

Fix dangerous state in pooling and LRN CUDA kernels -- thanks @gustavla for the report in #2145

Merge pull request #2514 from norouzi/master

[bug] fix extract_features: zero pad keys + fix multi-feature dbtype bug