Making HDF5 blob data non-mutable for copy (minor)

HDF5 data now loaded into Blobs; cleaner interface

HDF5DataLayer source is now a list of filenames

DRYing and documenting HDF5 loading code.

Merge pull request #217 from tdomhan/multidhdf5

support for more than 2 dimensions in hdf5 files

support for more than 2 dimensions in hdf5 files

add hdf5 dependency to install guide

fix wrapper example paths

Merge pull request #136 from kloudkl/cuda_timing

Add Timer class unifying CPU and GPU timer and use it in net_speed_benchmark

Merge pull request #184 from chyojn/cifar10_model_script

CIFAR-10 model defs, solver configs, and example scripts.

Merge pull request #191 from sguada/print_memory

Print memory required by Data Blobs

Merge pull request #200 from longjon/pycaffe-forwardprefilled

Expose ForwardPrefilled in pycaffe

pycaffe: expose ForwardPrefilled

This allows, for example, a net taking input from a LevelDB to be run
through a Python script.

Merge pull request #134 from mavenlin/computemean

Allow single data in computation of the data mean.

move if outside of forloop

compute data mean for float_data

Changed display top shape to include num and count, Memory required by Data

Log memory usage while loading a Net

Fix the cpplint errors for benchmark Timer

Add state machine, boost::posix_time based cpu timer & tests for Timer

Replace CPU timer with newly added Timer to benchmark net speed

Add Timer to wrap CPU clock_t and GPU cudaEvent_t based timing

Synchronize GPU before CPU timers start and stop in net_speed_benchmark

remove specific device id from solver proto

move model's pad layer into conv layer; add script to create db and train net by 80sec and 18pct model

add cifar10 80sec and 18pct models, according to convnet

Back-merge documentation updates from master

Draft development guidelines, link from README
minor readme polish
add hardware notes to installation
outline pull request etiquette
polish doc build and deploy and allow other remotes
fix path for mnist leveldb creation
fix examples shell scripts: too many dollar signs, not enough coffee
fix formatting + notebook url of 8c245b5
update detection example post re-arrangement in #124

Draft development guidelines, link from README

minor readme polish

Merge pull request #181 from chyojn/absolute_path_of_script

use absolute path in parselog script

Merge pull request #125 from sguada/concat_layer

Concat layer

use absolute path in script

Splited concat_layer into .cpp and .cu, cleaned lint errors

Fixed test to pass and don't exhaustive search since it takes too long

Added Tests for Concat Layer, and passed

Added concat_dim to caffe.proto and ConcatLayer to set of layers

Code for concat_layer for concat along num and channels dimensions

fix include order for pycaffe on osx, override lint

add hardware notes to installation

outline pull request etiquette

Merge pull request #176 from jeffdonahue/osx-make-lint-fix

Fix 'make lint' in OSX

fix 'make lint' in OSX:
seems that NONGEN_CXX_SRCS wasn't getting populated in OSX due to some
disagreement in the regex formatting in find...give up on that and use
an ugly but reliable chain of -name ... -or -name ...

Merge pull request #172 from erictzeng/split_cuda

Split source files between CUDA and CPU code. Pave the way for #3 and #122.

polish doc build and deploy and allow other remotes

fix path for mnist leveldb creation

fix examples shell scripts: too many dollar signs, not enough coffee

fix formatting + notebook url of 8c245b5

update detection example post re-arrangement in #124

Splitting source files between CUDA and CPU code.

Merge pull request #168 from jeffdonahue/fix-lint-bugs

Fix bugs introduced by lint

fix python/matlab wrapper bugs introduced by lint; change linter->lint
in Makefile

make lint will not rerun if successful and no source files have been
changed; saves output to build/cpp_lint.log (or build/cpp_lint.error_log
on failure)

Merge pull request #163 from jeffdonahue/linter

Lint C++ (suffer for fashion)

cpplint.py -> cpp_lint.py and NOLINT_NEXTLINE -> NOLINT_NEXT_LINE

add new tools dir to linted dir list

fix linter errors in examples

add examples, python, matlab to NONGEN_CXX_SRCS so they are linted as
well

fix compiler warning for test_hdf5data_layer

fix post-rebase linter errors

long -> int64_t; all linter errors fixed. woohoo!

handle linter stream errors

allow TODO without username

make test_gradient_check_util methods use pointers for non-const inputs
(also change EXPECT_LT and EXPECT_GT pair to EXPECT_NEAR)

fix most linter errors

add NOLINT_NEXTLINE to suppress linter errors on nextline

exclude proto generated files from lint

add hpp to valid cpplint extensions

fix matcaffe and pycaffe linter errors

suppress linter errors due to not including the directory when naming .h
files

Reverse the order of hdf5_hl hdf5 as LIBRARIES in Makefile

add cpplint.py and "make lint" to run on all c source files

Merge pull request #147 from sergeyk/hdf5_data

HDF5DataLayer: read matrix of features and labels from HDF5 file as input

name blobs and params for their layers in python wrapper

note that pairs of params with the same layer name are the
params & bias

minor comment edit

HDF5DataLayer, with test.

Adding GPU coverage to the DataLayer test.

Merge pull request #128 from mavenlin/pad-im2col

im2col and col2im learn to pad and padding layer is obsolete

remove cuda_timer as is no longer needed

remove padding_layer and its test

unified to padding aware version

remove test code (no longer needed and won't compile)

remove padding layers in imagenet definitions

remove the pad=0 case in conv_layer and im2col_layer

add code to measure timing

add test code to test the padding aware im2col col2im functions

implemented padding aware im2col and col2im functions

Merge pull request #167 from BVLC/next

So be it.

Define split layer (merge trick)

Originally authored by Jeff Donahue, but this commit was needed for
historical reasons.

Merge pull request #129 from jeffdonahue/dags-by-split

Welcome to the model of forking paths.

minor cleanup; only get blob_name if needed

add idempotence test

add imagenet no split insertion test

fix split layer insertion bug with in-place layers

remove unnecessary include

eliminate some cruft by relying on std::map default initializations

get rid of messy snprintf string concatenation

get_split_blob_name returns a string to remove some verbosity

remove redundant add_bottom (immediately cleared and then re-added)

add test for layer with two tops that are inputs to multiple layers

fix comment typo

remove pointlessly duplicated CheckGradientExhaustive calls (I screwed
up when merging, I think)