Merge pull request #3496 from jeffdonahue/fix-testdatatransformer-leaks

TestDataTransformer: fix some memory leaks

Merge pull request #3581 from Austriker/draw-python3

Updated draw.py to make it work under Python 3

Updated import to make it work with pydotplus

Merge pull request #3593 from ronghanghu/matcaffe-versioning

show Caffe's version from MatCaffe

show Caffe's version from MatCaffe

Merge pull request #3311 from lukeyeager/bvlc/versioning

Add versioning to build and mark version 1.0.0-rc3

Merge pull request #3584 from graphaelli/python3-config

Add makefile config option for linking Python 3 libraries

Version 1.0.0-rc3

Merge pull request #3388 from mohomran/exponential_linear_units

Exponential Linear Units

Add makefile config option for linking Python 3 libraries

Merge pull request #3536 from intelcaffe/im2col-speedup

Performance related update of im2col() and col2im() functions

Merge pull request #3574 from tahtguymike/maxpool_bug

  Substitute Caffe engine for cuDNN max pooling
  as workaround for in-place after max pooling issue

Workaround for inplace max pooling issue

Performance related update of im2col() and col2im() functions

Merge pull request #3525 from philkr/cmake_python3

CMake python version fix

Merge pull request #2865 from philkr/top_bottom_names

Exposing layer top and bottom names to python

CMake python version fix

Merge pull request #3519 from philkr/faster_solver

Speeding up ADAM (and maybe other solvers too)

Speeding up the GPU solvers

Exposing layer top and bottom names to python

TestDataTransformer: fix some memory leaks caused by use of 'new'

Merge pull request #3490 from fyu/spaceplus

remove extra space before +

remove extra space before +

Merge pull request #3487 from longjon/dilation

An early implementation of this functionality for Caffe was written by @gpapan, which was extended and improved by @tamakoji in a previous implementation of this branch.

enable dilated deconvolution

Since the underlying routines are shared, we need only upgrade
compute_output_shape.

add short description of dilation to caffe.proto

disable dilated deconvolution

add and improve tests for dilated convolution/im2col

add support for N-D dilated convolution

add support for 2D dilated convolution

Merge pull request #3468 from mnogu/blobs_lr-to-lr_mult

Replace blobs_lr with lr_mult in readme.md.

Replace blobs_lr with lr_mult in readme.md.

models/finetune_flickr_style/deploy.prototxt uses lr_mult now.

Merge pull request #3439 from flx42/cudnn_v4

Add ifdef in CuDNNConvolutionLayer for cuDNN v4

Fix CuDNNConvolutionLayer for cuDNN v4

Add a macro to check the current cuDNN version

Merge pull request #3432 from ianfhunter/patch-1

[docs] fix typo in interfaces.md

Update interfaces.md

typo

Merge pull request #3090 from longjon/summarize-tool

A Python script for at-a-glance net summary

Merge pull request #3395 from BonsaiAI/extract_features-compatibility

Fix compatibility issues with extract_features

ELU layer with basic tests

Correct type of device_id; disambiguate shared_ptr

Merge pull request #3404 from BonsaiAI/remove-hamming-dist

Remove hamming_distance and popcount

Remove hamming_distance and popcount

Merge pull request #3313 from gdh1995/master

don't divide by 0 duration when downloading model binary

Merge pull request #3267 from cbalint13/cmake-cudnn

[build] Display and store cuDNN version numbers for CMake

Merge pull request #3285 from longjon/cuda-dead-cpp

Remove dead preprocessor code for number of CUDA threads

Merge pull request #3315 from shelhamer/layer-headers

Dismantle Layer Headers

dismantle layer headers

No more monolithic includes: split layers into their own headers for modular inclusion and build.

Merge pull request #3378 from BonsaiAI/fix-temp-dir-creation-failure

Safely create temporary files and directories

Secure temporary file creation

Secure implementation of MakeTempDir

Merge pull request #3320 from BonsaiAI/disambiguate-dtype

Cast std::max args to Dtype

Merge pull request #2693 from AdamStelmaszczyk/patch-1

Deprecated OpenCV consts leading to compilation error

Merge pull request #3361 from BonsaiAI/avoid-snprintf

replace snprintf with a C++98 equivalent

Merge pull request #3352 from lukeyeager/bvlc/pytest-python-layer

Skip python layer tests if WITH_PYTHON_LAYER unset

Merge pull request #3389 from ronghanghu/remove-stepearly

Remove bogus stepearly in MNIST example

Remove bogus stepearly in MNIST example

This `examples/lenet/lenet_stepearly_solver.prototxt` is introduced in #190 by mistake, since stepearly is never actually merged.

replace snprintf with a C++98 equivalent

Merge pull request #3296 from cdoersch/normalize_batch

Better normalization options for SoftmaxWithLoss layer

Better normalization options for SoftmaxWithLoss layer.

Merge pull request #3363 from BonsaiAI/remove-opencv-include

Exclude core.hpp when building without OpenCV

Merge pull request #3362 from eelstork/patch-2

GetDB must return a value.

Exclude core.hpp when building without OpenCV

Function must return a value

Currently compilation will fail with some compilers when LevelDB and LMDB are disabled.
Very similar to a recently fixed issue.

Convert std::max args to Dtype

Merge pull request #3359 from ronghanghu/fix-accuracy-layer-top

Fix MaxTopBlobs in Accuracy Layer

Fix MaxTopBlobs in Accuracy Layer

Fix the typo "MaxTopBlos" to "MaxTopBlobs". This typo causes maximum top number to be incorrect.

Skip python layer tests if WITH_PYTHON_LAYER unset

Merge pull request #3321 from BonsaiAI/synced-mem-functions-will-return-a-value

In syncedmem.cpp, functions shall return a value

Merge pull request #3261 from kli-nlpr/patch-1

fix plot_training_log.py.example usage text

Merge pull request #3332 from alexlee-gk/master

[bug] fix outs and diffs being overwritten in forward_backward_all

Fix outs and diffs being overwritten in forward_backward_all.

Merge pull request #3299 from kkhoot/fix_bn

Update BatchNormLayer: more numerical stability and backward with global stats

Merge pull request #3323 from BonsaiAI/remove-unnecessary-includes

Remove un-necessary includes

Display and store cuDNN version numbers during cmake.

Merge pull request #3328 from w1res/patch-1

[doc] Add parentheses to backward_{cpu,gpu} method.

Add parentheses to backward_{cpu,gpu} method.

Make backward pass work when global stats is active for BatchNormLayer
including minor code cleaning

Update computation of variance and global stats in BatchNormLayer

Functions shall return a value in syncedmem

Remove un-necessary includes

fix a bug that time duration may be 0 when downloading model binary

Merge pull request #3127 from lukeyeager/install-lib-permissions

[build] Install libs as non-executable files

Merge pull request #3235 from shelhamer/dlog-cudnn-workspace

cuDNN: only log conv workspace in debug mode

Merge pull request #3290 from ernest-tg/master

[pycaffe] correct transposition & channel_swap in deprocess

Merge pull request #3294 from panmari/simpler_diff

[example] switch order of two layers for simpler diff with untuned file

Merge pull request #3295 from timmeinhardt/fix_issue_3274

[bug] fix issue #3274 -- shape argmax top carefully

Merge pull request #3310 from gustavla/contrastive-doc-fix

[doc] Fix consistent typo in contrastive loss

Merge pull request #3305 from ronghanghu/display-ignore-layer

display 'ignore source layer' when initializing from existing parameters

Merge pull request #3300 from BonsaiAI/replace-unistd

Replace unistd functions with cross platform counterparts

Replace unistd functions with cross platform counterparts

DOC: Fix consistent typo in contrastive loss

If a pair is similar, it should take the squared distance and not the
distance. This is clearly what the code is doing.

Merge pull request #3308 from cassinaj/master

minor typo fix

Merge pull request #1 from cassinaj/cassinaj-minor-typo-fix

minor typo fix

Switched order of two layers for simpler diff with untuned file

Untuned file is in models/bvlc_reference_caffenet/train_val.prototxt.

Merge pull request #3303 from eelstork/patch-1

GetDB must return a value

display 'ignore source layer' when initializing from existing parameters

This helps in the case to see which layer is initialized from existing parameters, and which layer is ignored. This helps identify the cases where the user types a error mismatch layer name.

GetDB must return a value

As noted by @danst18, when USE_LEVELDB and USE_LMDB are disabled, a compiler error is issued since GetDB no longer returns a value.
At runtime a fatal error would be issued anyways. However to help users who don't need a DB backend, NULL should be returned here.

Fix ArgMaxLayer::Reshape for any num of bottom axes

Correct transposition & channel_swap in deprocess

The deprocess( ) function should invert the preprocess( ) function, however it only worked when the permutation of your channel_swap is of order 2 and the permutation of your transpose were of order 3. This is usually the case, which is why this bug went unnoticed for a long time.

To reproduce it (on former version), try to preprocess and then deprocess with
transformer.set_transpose('data', (0,2,1)) (or (1,0,2) or (2,1,0))

Or with
transformer.set_channel_swap('data', (2,0,1)) (or (1,2,0) )

Indeed, we had

L152  (in preprocess)   caffe_in = caffe_in[channel_swap, :, :]
L181  (in deprocess)    decaf_in = decaf_in[channel_swap, :, :]
So we applied [channel_swap,:,:] twice to the initial data => not always the identity

L154 (in preprocess)    caffe_in = caffe_in.transpose(transpose)
L183 (in deprocess)     decaf_in = decaf_in.transpose([transpose[t] for t in transpose])
The transposition [transpose[t] for t in transpose] is (tranpsose)² so we applied transpose[t] three times which is not always the identity.

Merge pull request #3287 from longjon/travis-install-whitespace

Fix whitespace in travis_install.sh