Renamed Database interface to Dataset.

Templated the key and value types for the Database interface.  The Database is now responsible for serialization.  Refactored the tests so that they reuse the same code for each value type and backend configuration.

Switched some Database logging statements from LOG to DLOG.

Added function to Database interface to retrieve keys.  Exposed a bug with LMDB iterators.  Fix the bug and updated how invalid iterators are represented.

Changed Database::buffer_t to Database::key_type and Database::value_type

The LevelDB iterator/DB deallocation order bug is pretty much fixed by having each iterator hold a shared pointer to the DB.  I manually specified a deconstructor for the LeveldbState to make it clear what order these two things need to be deallocated in.

Updated Database interface to take key and value by const reference for put and key by const reference for put.  Additional copies are made for get and put in the LMDB implementation.

Updated Database interface so that rather than CHECKing for certain conditions inside open, put, get, and commit, these functions return a bool indicating whether or not the operation was successful or a failure.  This means the caller is now responsible for error checking.

Added some tests for the Database iterator interface.  Updated the post-increment operator so that it forks off a copy of the LevelDB or LMDB iterator/cursor when necessary.  Neither of these APIs allow you to directly copy an iterator or cursor, so I create a new iterator and seek to the key that the previous one was currently on.  This means the pre-increment operator can be much cheaper than the post-increment operator.

Added get interface to Database.  Added test cases for Database.  Fixed a few bugs related to ReadOnly mode in Database in order to pass test cases.

Added a couple of sanity checks to make sure the datum buffer sizes matched what we expected.

Updated Database interface to use custom KV type rather than std::pair.  Removed two buffer copies in dereference operation for DB iterators.

Updated extract_features to take a leveldb/lmdb config option.

Switched create_cifar10.sh output from leveldb to lmdb.

Updated cifar10 build script to specify db backend.

data layer test was relying on the autocommit on close db behavior that was recently removed.

Don't autocommit on close for the databases.  If they were read-only, then they might fail.

Updated interface to make fewer string copies.

Some cleanup to make travis happy.

Refactored leveldb and lmdb code.

Merge pull request #1277 from Yangqing/dev

some more namespace cleaning.

some namespace cleaning.

Revert "OpenCV should be compiled using pkg-config options." -- breaks
compilation on working systems

This reverts commit 4587b2f9043996fed36fc989c00329ec829ecae9.

Merge pull request #1270 from Yangqing/dev

Give back to layer what is layer's, and to factory what is factory's

move registration code to corresponding cpp files.

Merge pull request #1269 from Yangqing/dev

Minor change: some namespace simplification

some namespace simplification

Merge pull request #1264 from Yangqing/dev

Clean flaky code

fix flaky math functions, remove unnecessary instantiations.

fix flaky test EXPECT_EQ code, using EXPECT_FLOAT_NEAR per Jeff

Merge pull request #1261 from kmatzen/minor_changes

[fix] build with OpenCV 3 and other minor fixes

Fixed CMakeList to work with OpenCV 3.

Added version dependent test for IMREAD_COLOR.

OpenCV should be compiled using pkg-config options.

Minor fixes.  (1) cudnn.hpp uses CHECK_EQ internally, so it needs to include glog at some point.  Including caffe/common.hpp.  (2) I often misconfigure some layer and softmax breaks when the dimensionality is too small for the input layers.  Check and fail fast.  (3) CV_LOAD_IMAGE_COLOR is deprecated and has been removed in OpenCV 3.0.  Replaced with cv::IMREAD_COLOR.

Merge pull request #1258 from Yangqing/instantiation

fix instantiation per C++ standard

adding missing libraries - lm and lstdc++

fix instantiation

Merge pull request #1195 from longjon/python-copy-from

Expose Net.copy_from and Net.share_with in pycaffe

Merge pull request #1206 from BlGene/dev

Fix python plugin to work with new layer factory in CMake build

Fix CMake build of pycaffe
- generate right shared library name
- fix CMake linking with the new layer factory
- find numpy

Fix finding protobuf.

Merge pull request #1227 from longjon/crash-backtrace

Use glog to provide a backtrace on crash

Merge pull request #1232 from baeuml/cmake-move-dependency-discovery

[cmake] move dependency discovery to root CMakeLists.txt

[cmake] move dependency finding to root CMakeLists.txt

In this way, custom include directories for the dependencies are
also available for tools/ and the bindings.  This is necessary for
example when someone is using custom built dependencies which are
not installed in the system's default directories (e.g. OpenCV includes
are required in tools/ through io.hpp)

correct naming in comment and message about average_loss

SliceLayer: fix whitespace

use glog to provide a backtrace on crash

Merge pull request #1223 from baeuml/fix_pthread_link_cmake

[fix] set pthread last in linking order for gflags for CMake

Merge pull request #1179 from ducha-aiki/fix_pthread_link

[fix] put pthread last in order for gflags

change linking order such that pthread comes in the back

This resolves an error with the static gflags library which would
other wise not link properly with an undefined reference to symbol 'pthread_rwlock_wrlock@@GLIBC_2.2.5'
error under Ubuntu 14.04.

change -lpthread to -pthread in linking

Compilation flags is already there

Merge pull request #1221 from sguada/fix_cuddn_pooling

Missing param.pad condition for CUDNN pooling

Missing param.pad condition for CUDNN pooling

Merge pull request #1070 from sguada/move_data_mean

Refactor data_transform to allow datum, cv:Mat and Blob transformation

uin8 spell check

bundle pixel mean into CaffeNet as comments

Fixed crop error and add test_data_transformer

Make lint happy

Fix Name conventions

Fix calls to Rand() and test_data_layer error

Remove benchmarking code, fixed data_transformer doxygen docs

Fix OSX compilation for nvcc with opencv

Added mean_value to specify mean channel substraction
Added example of use to models/bvlc_reference_caffenet/train_val_mean_value.prototxt

Added more tests to test_io for CVMatToDatum

Add ReadImageToDatumReference to test_io

Merge pull request #1214 from sguada/global_pooling

Add global_pooling to cover the whole input by setting kernel size to bottom size

[fix] include Python.h instead of re-ordering for pycaffe build on OS X

[fix] bend pycaffe to the whims of OS X header order

To build pycaffe on OS X the boost headers need to be in this order.
OS X is a bewildering platform.

Merge pull request #1215 from shelhamer/clang-whole-archive

[fix] translate g++ whole archive to force load for clang++ compilation

[fix] set cmake static link command for clang++ and g++ globally

[fix] translate g++ whole archive to force load for clang++ compilation

To build with the layer registry clang++ requires `-force_load` as
g++ requires `--whole-archive`.

Added global_pooling to set the kernel size equal to the bottom size

Added check for padding and stride with global_pooling

Add CVMatToDatum

Added test_io and faster cv::Mat processing

Conflicts:
src/caffe/util/io.cpp

Add flag check_size=false to convert_imageset

Refactor common code

Make lint happy

Conflicts:
src/caffe/data_transformer.cpp

Update description data_transformer.hpp

Remove Datum from WindowDataLayer

Conflicts:

src/caffe/layers/window_data_layer.cpp

Initial cv::Mat transformation

Added cv::Mat transformation to ImageDataLayer

Conflicts:

src/caffe/layers/image_data_layer.cpp

Added transform Datum to Blob

Conflicts:

src/caffe/layers/base_data_layer.cpp
src/caffe/layers/base_data_layer.cu

Added transform cv::Mat to Blob

Added transform Vector<Datum> to Blob

Conflicts:
src/caffe/data_transformer.cpp

Fixed MemoryDataLayer to make it work with pycaffe

Move data_mean into data_transformer remove datum_* from BaseData

Conflicts:

src/caffe/layers/memory_data_layer.cpp

Merge pull request #1204 from jeffdonahue/exp-layer

EXP neuron layer

save/restore shared weights unit test

[fix] comment typo

Add ExpLayer to calculate y = base ^ (scale * x + shift)

Add caffe_gpu_exp math function

Merge pull request #1208 from Yangqing/dev

add factory header to caffe hpp

[pycaffe] expose Net::SharedTrainedLayersWith as Net.share_with

Merge pull request #1196 from longjon/python-solver-improvements

Python solver improvements

[pycaffe] expose Net::CopyTrainedLayersFrom as Net.copy_from

This allows finetuning from Python, for example.

add factory header to caffe hpp

Back-merge to include #1198

Merge pull request #1198 from dbbert/patch-1

Update detect.py

This generator causes an error in detect_windows because it is run twice there.
Better store it as a data structure instead.

[fix] lint causing travis failures

Merge pull request #951 from gcinbis/patch-1

Lock the mex file to avoid MATLAB crashes

caffe.proto: do some minor cleanup (fix comments, alphabetization)

Back-merge branch 'master' into dev (for fix in PR #1203)

Merge pull request #1203 from jeffdonahue/fix-output-blob-indexing

[fix] solver indexing of output blobs was incorrect for non-singleton outputs

[fix] solver indexing of output blobs was incorrect for non-singleton
outputs

Merge pull request #1096 from qipeng/smoothed-cost

Display averaged loss over the last several iterations

[pycaffe] expose SGDSolver.iter

add accessor for Solver::iter_

This will be useful in code controlling the solver (from pycaffe, for
example).