switch from inheritance to directly overriding methods for caffe.Net

Also, internally drop the "Caffe" prefix for classes exported by the
internal _caffe module. This change means that SGDSolver will
automatically return a Net with the "nice" Python interface rather than
the internal one, (and avoids the extra layer of method wrapping that
results from switching to composition).

make Solver::net return a shared_ptr rather than a raw pointer

This makes it possible to manage the Net pointer externally (e.g., from
the Python interface) using a shared_ptr. No existing code is affected.

pycaffe: expose SGDSolver

add string constructor to Solver (analogous to Net)

Revert "Fix segfault." (python)

Revert 88507032de1eb675539d91a1d79c221f3faf5d99 from #287.

The call to `Py_Initialize()` is unnecessary and masked a build
configuration issue.

Merge pull request #277 from jeffdonahue/makefile-improvements

Makefile improvements

gitignore python/caffe/proto/; superclean ignore data dir

Merge pull request #287 from robwhess/dev

Fix python segfault in Mac OS X.

Merge pull request #288 from beam2d/fix-blob-params-order

Fix parameter orders in declaration of Reshape

Fix parameter orders in declaration of Reshape

Fix segfault.

include build/ before other dirs so old proto built files in src/ and
include/ don't interfere

remove silly thing where I copied proto headers to a separate
build/include dir

matcaffe fixes

fix test bugs and minor cleanup

cleanup python build and clean

compile test bins directly into build/test

add test header dependency and fix mat targets

minor cleanup

libcaffe.* in build/lib/

everything prints a blank line after compiling

lots of corrections to dependencies etc., things seem to mostly build
coherently now

messed around with Makefile - currently in very messy state

cleanup superclean output

put proto-generated .cc and .h files in build directory

create softlink to test directory at build/test

create superclean Makefile target to delete all files with generated
extensions

put TEST_GPUID in Makefile.config

Merge pull request #223 from sguada/improved_matcaffe

Improved matcaffe

Merge pull request #278 from kloudkl/log_error_string_in_check_macro

Log error strings in the error/status checking macros

Merge pull request #283 from jeffdonahue/boost-rand-seed

Seed Boost RNG with cluster_seedgen by default

seed boost rng with cluster_seedgen by default

Add a space before the error string

Fix cpplint errors

Add curandGetErrorString and use it to redefine CURAND_CHECK

Add caffe::cublasGetErrorString and redefine CUBLAS_CHECK with it

Define CUDA_POST_KERNEL_CHECK with CUDA_CHECK

Log error string rather than enum value in CUDA_CHECK

Removed empty space, verified lint

Added default values to matcaffe_batch for testing

Added matcaffe_init to easy reuse of caffe initialization

Removed fillers from imagenet_deploy

Created reset command and changed END to NULL again

Added prints to matcaffe_demo stages

Cleaned matcaffe.cpp to pass lint

Changed matcaffe_demo to return maxlabel

Changed Copyright to BVLC

Resolved merge conflicts

Merge pull request #275 from kloudkl/fix_kernel_for_loop_in_macro

Fix kernel for loop in macro

Use CUDA_KERNEL_LOOP in the macro DEFINE_AND_INSTANTIATE_GPU_UNARY_FUNC

Merge pull request #272 from kloudkl/gpu_hamming_distance

Implement GPU Hamming distance math function

Merge pull request #271 from jeffdonahue/lint-bvlc-copyright

lint check for BVLC Copyright

Implement and test gpu hamming distance

Rename caffe_hamming_distance into caffe_cpu_hamming_distance

make lint check for 'Copyright [year] BVLC and contributors.'

compile the copyright regex

Merge pull request #219 from jeffdonahue/refactor-layerparam-proto

Refactor LayerParameter into per-layer Parameter messages and add tools for seamless proto upgrade.

rename test_innerproduct_layer to test_inner_product_layer

move ReadNetParamsFrom{Text,Binary}File into util

add NetParameterPrettyPrint so that upgrade tool prints inputs before
layers

update docs (and a couple comments) for refactored layerparam

fix upgrade_net_proto names

minor cleanup

add support for hdf5 output layer

cleaner version of refactoring with fields added to LayerConnection
(which retains an optional V0LayerParameter field for legacy support)
and LayerConnection renamed to LayerParameter

some post rebase fixes -- copyright, hdf5_output layer (still need to
incorporate into util/upgrade_proto)

rollback previous commit adding version number to NetParameter -- going
a different route

add NetParameter required version number as breaking change for
V0NetParameter

allow upgrade_net_proto to also read/write binary protos (e.g. saved
models)

regenerate imagenet_val feature extraction prototxt with missing
IMAGE_DATA params

make all tools backwards compatible with v0 net param

upgrade images layer

upgrade remaining prototxts

upgrade_net_proto: allow input files already in new proto format

fix upgrade_net_proto name

incorporate WindowDataLayer into V0Upgrade and add tests

update deprecated protos to latest dev versions

make test_protobuf use NONE for dummy layer instead of SPLIT

some naming standardization: ImagesLayer -> ImageDataLayer (like other
data layers), and load_hdf5_file_data -> LoadHDF5FileData

alphabetize classes in vision_layers.hpp

some cleanup - lowercase layer class member variable names

remove padding layer

fix test_net for refactor

incorporate WindowDataLayer

rebase and fix stuff, incorporate image and padding layers

fix layertype alphabetization

fix lint errors

fix post-rebase param bugs

convert existing models to new format (used tools/upgrade_net_proto with
no manual editing)

LayerType enum

put inputs before layers in the proto so they print in that order

add test for input/input_dim and fix bug, wasn't copying input

add upgrade_net_proto tool

fix insert_splits for new layer param format

add test which includes upgraded params

add imagenet upgrade test and fix bug in upgrade_proto

more padding layer upgrade tests

imagenet padding upgrade test

set correct bottom blob name in upgraded conv layer

function to upgrade padding layers