Fix upper case issue in CMakeLists reported by Julien Shueller on Nov 17th to Julie

In CBLAS/CMakeLists.txt:

configure_file(${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/CMAKE/cblas-config-version.cmake.in
 ${LAPACK_BINARY_DIR}/cblas-config-version.cmake @ONLY)
configure_file(${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/CMAKE/cblas-config-build.cmake.in
 ${LAPACK_BINARY_DIR}/cblas-config.cmake @ONLY)

The /CMAKE subdirectory should be lowercase, I guess some work on OSX which (still!) has a case-insensitive file-system.

Commit fix proposed by Julien Schueller
Sent to LAPACK mailing list on Nov 16th 2015

 spotted a minor inconsistency in the lapacke cmake config files install directory location.

in CMakeLists.txt:

install(FILES
 ${LAPACK_BINARY_DIR}/CMakeFiles/lapack-config.cmake
 ${LAPACK_BINARY_DIR}/lapack-config-version.cmake
 DESTINATION ${LIBRARY_DIR}/cmake/lapack-${LAPACK_VERSION}
 )

in LAPACKE/CMakeLists.txt:

install(FILES
 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/CMakeFiles/lapacke-config.cmake
 ${LAPACK_BINARY_DIR}/lapacke-config-version.cmake
 DESTINATION lib/cmake/lapacke-${LAPACK_VERSION}
 )

So lapack-config.cmake and lapacke-config-version.cmake could be installed in different directories in cases where CMAKE_INSTALL_LIBDIR is not set to "lib", eg Fedora or RHEL.

I propose to fix LAPACKE/CMakeLists.txt:
sed -i "s|DESTINATION lib/cmake/lapacke|DESTINATION \${LIBRARY_DIR}/cmake/lapacke|g" LAPACKE/CMakeLists.txt

Thanks to Lawrence Mulholland from NAG for improving the newly released complex
Jacobi SVD, and thanks to Zlatko Drmac for following so fast and improving the
code.  See: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?t=4844
for more information about all this. Julien.

Mistake in computation of workspace for ZGGEV3.  When calling ZHGEQZ the
penultimate argument should be RWORK and not WORK.  Easy to fix, not a big big
deal but some compilers might legitimatley complain.

Reported by Pavel Holoborodko on Mon Nov 16 2015. See:
http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?t=4796
Thanks Pavel!

Julien.

Fix typo

Updating Docyfile for manpages

Missing parameter definition

Updating version number

adding the GETRF2 and POTRF2 from LAPACKE to CMAKE

adding xGETRF2 to LAPACKE

adding xPOTRF2 to LAPACKE

adding end bracket...now looks better

removing extra bracket

Adding potrf2 and getrf2 to CMakefile

integration of xGETRF2

integration of xPOTRF2

Add the missing CONJG ...

TESTINGS are all good now!

Adding CGESVJ/ZGESVJ and CGEJSV/ZGESVJ to the testing suite

Note: TEST 15 and 19 (xBDT01  - | A - U diag(S) VT | / ( |A| max(M,N) ulp )  are not passing the threshold
      TEST 15 and 19 are commented until we find the fix

Fix cast...

Adding *esvdx and *bdsvdx to LAPACKE

*** NEED REVIEW ***

See: icl.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?t=4830

The variables NDIV, NITER and NFAIL are INOUT.  These variables have to be
initialized (e.g., in LASQ2) before callin LASQ3.  LASQ3 increments these
counters.  These counters do not play a role in the algorithm; they just give
statistics.) Thanks to Tracey Brendan for the report.

Adding *gesvj and *gejsv to LAPACKE

Update Doxyfile... one more

Update Doxyfile

 Rook with 2 o , not 3...

Committing patch submitted by Christopher Conrad on Sept 25th 2015

From Christopher:
I noticed the following errors in the documentation and attached
patches for all of them:
- Sometimes the function name in the docstring \brief does not match the
actual function name (ex: xSYGV*).
- According to the documentation, xLAHRD is obsolete but not deprecated.
- The parameter N in xLA(R)SCL2 is not the number of columns of D.

Also, I updated the Doxyfile (doxygen -u DOCS/Doxyfile) and removed
the missing DOT_FONTNAME to get rid of the Doxygen warnings.

Adding xlapmt to LAPACKE ( continue ) .. forgot to save the include file

Adding xlapmt to LAPACKE

Fix cast for lwork in complex [cz]uncsd2by1 routines

Incorporating DBDSVDX tests in dchkbd

Disabling temporarily some [SD]BDSVDX tests - those generate some numerical errors
See email from Osni on Nov 10th 2015

Adding routines to Makefile / CMakefile.txt

Committing Zlatko Drmac Contribution

First commit for Zlatko Drmac Contribution - Fixing z precisions issues + modif sent by Zlatko

First commit for Zlatko Drmac Contribution

Contains only source code with Doxygen format and Makefile modifications for
CGESVJ (Jacobi SVD) with its dependencies: CGSVJ0 and CGSVJ1.

TO DO:
  - Include Testing
  - LAPACKE interface

Change DBLE cast by REAL - confirmed with Osni

Thanks to Lawrence Mulholland (NAG) for reporting the problem.  While the array
E should really be of size N-1, xSYCONV() is not ready for this and so, in the
comment at the header level, we now require E to be of size N. Also xSYTRS2()
is using E(N) = ZERO, so if we make E of size N-1 in xSYCONV(), then we need to
see the impact on xSYTRS2().  This is long term cleaning, so for now, we revert
back to requesting an array E of size N. Thanks Lawrence for noticing this.

Commit  svdx files sent by Osni on Oct 31st 2015
Updated Makefile
Updated file format (Oxygen)
Small Fix: sdrvbd / cdrvbd has a lot of double / double complex in comments

From Osni:
Files for LAPACK/SRC (all new, additions to Makefile are needed):

 - dbdsvdx.f, sbdsvdx.f: full or partial (subset) SVD of a bidiagonal matrix through an associated eigenvalue problem
 - dgesvdx.f, sgesvdx.f, zgesvdx.f, cgesvdx.f: full or partial (subset) SVD of a general matrix by invoking bdsvdx

Files for LAPACK/TESTING/EIG :
- dchkbd.f, schkbd.f: added tests 20-34 for bdsvdx
- dbdt04.f, sbdt04.f (new): needed for tests 25 and 30 in chkbd
- dlahd2.f, slahd2.f: added information about tests 20-34 in chkbd
- derrbd.f, serrbd.f: added tests for the values of INFO returned by bdsvdx
- ddrvbd.f, sdrvbd.f, zdrvbd.f, cdrvbd.f: added tests 23-35 (real case) and 15-27 (complex case) for gesvdx.
- dbdt05.f, sbdt05.f, zbdt05.f, cbdt05.f (new): needed for tests 30,33 (real case) and 22,25 (complex case) for gesvdx
- derred.f, serred.f, zerred.f, cerred.f: added tests for the values of INFO returned by gesvdx

Current Issues:
 - 16 real tests do not pass the threshold ( ssvd.out) - but seems to go through in debug
 - serrbd.f has some DOUBLE PRECISION calculation inside - Is that ok or shall we change it to REAL?
Line 113-119
*     Set the variables to innocuous values.
*
      DO 20 J = 1, NMAX
         DO 10 I = 1, NMAX
            A( I, J ) = 1.D0 / DBLE( I+J )
   10    CONTINUE
   20 CONTINUE

TODO:
     - corresponding LAPACKE routines
     - Test Doxygen format

Fix some typos..

remove extra tabs - Thank you Matyas A Sustik

In ?syconv, replace the variable name WORK by the variable name E.  E is the
standard way to name the supdiagonal/subdiagonal of a symmetric tridiagonal
matrix.  Also, E (previously WORK) is of size N-1, not N. So correct this in
the comment.

The subroutine DSYCONV stores the supdiagonal of the symmetric 1-by-1 or 2-by-2
block matrix in the array WORK. (Or the subdiagonal, same array.) Before
commit, only the nonzero elements of WORK were initialized to their correct
nonzero values. The zero entries were not initialized and not referenced and
assumed to be zero in subsequent subroutines. This is fine, but I think a
better behavior for the subroutine is to initialize these zero entries to zero.
So the commit is initializing these entries to zero.

Also a (double precision) ZERO in the D routine should have been an (integer)
0.

Also fix some formatting to have C, D, and S consistent.

Note: the indentations, comments of the Z routine is not consistent with C, D and
S. I did not have time to fix this.

minor: (1) eliminate trailing spaces in comments and (2) comment indicators
along the left margin of the commented fragment, in order to show explicitly
that the fragment is a comment rather than a code between two comments.
Thanks Dmitry.

Remove NaN check from LAPACKE_?laswp and add a comment on why the NaN check is removed.
This might not be the best fix but this will do for now.
Current behavior: LAPACKE_?laswp does not check for NaNs.
See: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?t=4827 for more information.
Thanks to Dmitry Baksheev from Intel.

Apply Christoph Conrads Doxygen patch for xyycsd2by1.f - comment modification only

Committing temporary fix for bug 113
Submitted by Osni Marques on Oct 22nd 2015
we just need to set the variable NOFAIL to .false. in _larrf.f (line 260).
As it is now, dsyevr may enter into an infinite loop in some rare cases.
With NOFAIL=.false. the code will return an error message.

Fix bug 137 and 138 submitted by Dan Kortschak

Applied patch submitted by Dan Kortschak

Fix bug 139 submitted by Christoph Conrads on Oct 6th 2015
"according to the LAPACK documentation, xSTEDC guarantees to
return the eigenvalues in ascending order (parameter D on exit). To
this end, it sorts the eigenvalues if necessary.

If there is only a single subproblem of size n, no sorting algorithm is
called (cf. {s,d}tedc.f, line 450). Furthermore, xLAED0
({s,d}tedc.f:400) does not guarantee to return eigenvalues in ascending
order. Thus, xSTEDC may return eigenvalues that are not in ascending
order."

Applied patch provided by Christoph Conrads: "always sorting the eigenvalues"

bugs in ?GGHD3 : B,LDA-->B,LDB and zeroing of too large a submatrix

Quick and dirty bug fix.

Bug report and bug fix from Dan Kortschak.

See:
http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?t=4810
https://github.com/xianyi/OpenBLAS/issues/642

This is a quick bug fix, this only checks the triangular part of the trapezoid,
the rectangular part is not checked. Another commit should follow up soon.

Adding [un/or]csd2by1 routines to LAPACKE

Adding xlascl to LAPACKE

 Updating Copyright with current year

Adding xsytrf_rook, xsytrs_rook, xhetrf_rook and xhetrs_rook to LAPACKE

Adding xlahrd to DEPRECATED (problem reported by zerothi)

Fixing comments in [sd]lasd6

Issue : Parameter IDXQ of function SLASD6 is described as [out], should be described as [in,out].
Reported by dbakshee from INTEL on the forum on Sep 18th 2015
Link: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4799

Handle Deprecated routines in LAPACKE Makefile

Issues and fixes submitted by Christoph Conrads on Sept 14th by email
(1st commit)

-> File modified: DOCS/Doxyfile --
- Doxygen documentation
The Doxygen "project version" is still 3.4.2. The attached patch bumps
this to 3.6.0.
-> let's be ready!
- Doxygen documentation
The Doxygen configuration file uses multiple obsolete tags and warnings
are shown right after starting Doxygen. The warnings are easy to see if
you set "QUIET = YES" in DOCS/Doxyfile.
-> set "QUIET = YES"

-> File modified: SRC/*larfgp.f
It says "non-negatibe" in the documentation of xLARFGP.
-> Fixed typo

-> File modified: SRC/*orcsd2by1.f SRC/*uncsd2by1.f
The parameter M in the xORCSD2BY1 is not the number of columns of X and
there is no X12 (parameter P).
-> Fixed

-> File modified: LAPACKE/src/CMakeLists.txt
The C interfaces for the deprecated GSVD routines are still built with
cmake -DBUILD_DEPRECATED=OFF. This causes a linker error with cmake
-DBUILD_TESTING=ON as soon as the Fortran functions are not found in
liblapack.so.
-> Add a if(BUILD_DEPRECATED)

-> File modified: trunk/LAPACKE/include/lapacke.h
The C declaration (lapacke.h:11840-11843) for xGGSVD3 is in a block
of #defines for LAPACK 3.2.X (see lapacke.h:12089,12122).
-> moved them down

Bug Fix for bug0135
Bug reported by kortschak on Sep 10th
Link: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4793
Fix typo substituting O with 0

Fixing bug 133

Bug reported by the GONUM team member: btracey on LAPACK forum
Link: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4771
Description:  the number of columns of A depends on the Side, so the test should compare against m or n.

Fix by Julie.

Minor edits in the BLAS header to better describe the functionality.
See: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?t=4786

Committing Nico's change about build system improvements for LAPACK

"One of the improvements with the patches is that SOVERSION and VERSION are now properly set and the proper symlinks are created:
```
liblapack.so -> liblapack.so.3
liblapack.so.3 -> liblapack.so.3.5.0
liblapack.so.3.5.0
```
Since BLAS is shipped with LAPACK and no separate version number is given for BLAS, I applied the same there, too."

Tested on Julie's Mac

TO DO: To test under Windows
====

Updated OSX RPATH settings
In response to CMake 3.0 generating warnings regarding policy CMP0042,
the OSX RPATH settings have been updated per recommendations found
in the CMake Wiki:
  http://www.cmake.org/Wiki/CMake_RPATH_handling#Mac_OS_X_and_the_RPATH

A is input/output for the subroutines ?sytrs2.f

Correcting Bug 129
See http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4747

 Modify LAPACK_?syconv interface  - Work is used to return values

 (1) Remove the local work variable and its allocation and deallocation
 (2) Add work in LAPACK_?syconv interface
 (3) Update lapacke.h

correcting bug 128
See: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?t=4746

When LAPACK_NAN_CHECK is enabled, in input of xLASET, we now allow if the matrix A contains NaN.

Since the goal of xLASET is to set values in A, we consider it OK if A contains NaN in input.

In other words, the rationale is that we do not consider A has an input/output. We consider A as an output only.

Note: We allow neither alpha nor beta to be a NaN.

(So we do check for NaN in alpha and in beta and return error if NaN.)

So this commit
(1) removes the NaN check on matrix A in LAPACKE wrappers: lapacke_?laset.c
(2) declares that A is OUTPUT in LAPACK subroutines: ?laset.f
(3) adds a thanks to Victor Kostin from Intel

Propagate comment added in rev 1568 to make.inc with gfortran compiler

changed variable names from LAM_MAX to SING_MAX and from LAM_MIN to SING_MIN to reflect the chnage in the algorithm for TEST4 for rook pivotig routines, since we now use singular values instead of eigenvalues in TEST4 to compute the norm for 2-by-2 marices in TEST 4. Also corrected the bug in for Hermitian case in TEST4, where during the constraction of Hermitian 2-by-2 matrices the operation of complex conjugation was missing. Changes made to: cchkhe_rook.f cchksy_rook.f dchksy_rook.f schksy_rook.f zchkhe_rook.f zchksy_rook.f

Moved deprecated SGVD routines into DEPRECATED directory.
Added a BUILD_DEPRECATED option for make and cmake, which build
deprecated routines into the LAPACK library (OFF by default).
This completes r1563.

TODO: document the BUILD_DEPRECATED option (i.e. update documentation).

Removed unused and obsolete statement functions.

Added LAPACKE wrappers for GSVD (complements r1572).

Added BLAS3 routines for generalised SVD.

TODO: LAPACKE wrappers.

Fixed BUG number 123, that is testing of 'rook' routines, specifically TEST 4 for UPLO='U' case that test bounds of block diagonal matrices. TEST 4 wasfailing for UPLO='U', since 2-by-2 was passed incorrectly to the -EVX routine.  Also, during the fix the  TEST 4 for both UPLO='U' and 'L' was modified. Instead of computing the ratio of eigenvalues for 2-by-2 matrices, using the -EVX routines, now we compute the ratio of singular values using *GESVD routines. Affected test routines: TESTING/LIN/schksy_rook.f TESTING/LIN/dchksy_rook.f TESTING/LIN/cchksy_rook.f TESTING/LIN/zchksy_rook.f TESTING/LIN/cchkhe_rook.f TESTING/LIN/zchkhe_rook.f

Removed declaration of unused variables.

Replaced archaic intrinsics AMIN1, DMIN1, MIN0, AMAX1, DMAX1, MAX0 by MIN/MAX.

adding a comment in make.inc.example saying the following:

#
#  Note: During a regular execution, LAPACK might create NaN and Inf
#  and handle these quantities appropriately. As a consequence, one
#  should not compile LAPACK with flags such as -ffpe-trap=overflow.
#

Julien.

Fix bugs reported by Vitorrio Zecca on August 10, 2015.

Fix bug reported by Vittorio Zecca.

Bux fix from Rodney James about implicit typing.

Some variables were undeclared, some were mistyped, and others were unused.

Move all but one deprecated routines to a new separate directory.
They are compiled and included in the liblapack.a archive when
the MAKEDEPRECATED option in the make.inc file is set.

TODO: Add the corresponding behavior to the cmake files.

NOTE: The xGEQPF routines are deprecated but still used by some
non-deprecated routines. They have not been moved to the DEPRECATED
directory.

Remove deprecated xGEQPF from the test suite.

WARNING: xGEQPF is still used in xGGSVP routines.

Remove all but one deprecated routines from the test suite.

NOTE: The tests are renumbered in xDRVLS and xCHKTZ.
TODO: remove deprecated xGEQPF, when it is replaced by xGEQP3 in xGGSVP.

missing EXTERNAL

Commit bug reported by Alexander Kobotov (INTEL) on LAPACK Forum
Link: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4762&p=11439#p11439
Recent commit r1533 introduced out of bound access which could lead to a crash.
It results scaling of a vector instead of a single number.
Fix is simple:

zhgeqz.f:669
- CALL ZSCAL( ILAST, SIGNBC, H( ILAST, ILAST ), 1 )
+ CALL ZSCAL( 1, SIGNBC, H( ILAST, ILAST ), 1 )

Similar for chgeqz on line 668

Revert commit 1474: files ?lansy.f are back as they were in revision 1473.

(minor) Consistency of comments between the four precisions.

Adding error test to each element of S must be positive. - Thank you Elena (Oracle)

Finish removing unnecessary code - TMP = DBLE(M) - see 1547 - Thank you Elena

Fix [CDSZ]QRT17.

This is a routine to test DGELS which solves solves full rank overdetermined ( linear least squares ) or underdetermined (minimum norm) linear systems.

The check is, as follows,

(1) If the system is consistent, (smallresidual,) we check that
|| A^T ( b – A * x ) || / (||A||*||b||*max(M,N,NRHS)*eps)
is small (say less than 30).

(2) If the system is not consistent, (large residual,) we check that
|| A^T ( b – A * x ) || / (||A||*|| b - A*x ||*max(M,N,NRHS)*eps)
is small (say less than 30).

DQRT17 was checking in the not consistent case (large residual) that
|| A^T ( b – A * x ) || / (||A||*||x||*max(M,N,NRHS)*eps)
is small. It is a mistake and we need to change the ||x|| by a ||r||.

This fix is consistent with what the documentation says and makes more sense.

Typo in the comments of [S,C,D,Z]LATM1.
The matrix D needs to be of size N.

These are two fixes in [S,C,D,Z]-LAGGE.

(1) The routine was writing ZEROs out of bound in some specific cases. This is
corrected. Thanks to Yi Meng (CU Denver) for finding the bug.

(2) Quick exit when KL=KU=0 in this case, the user wants a diagonal matrix,
there is probably no reason to call this routine if one simply wants a diagonal
matrix, but that said we still ought to return a correct answer. A quick exit
makes the trick. The routine was not working otherwise.

bug in [c,d,s,z]get02.f when calling the norm computation for A

typos

typos in these testing functions

IDIST is an INTEGER, change the comment

remove the COMPLEX*16 TMP from DLAHILB
this has nothing to do here, probably a bad copy-paste from Z to D

typos in the comment

This partially fixes bug 061 reported by Victor Liu.

Some compilers allocate local arrays on the heap when their size is
above a particular threshold.
This leads to wrong results when multiple threads call the same routine.

The bug fix consists in using a larger workspace, as proposed by Victor Liu
(Tue Nov 13, 2012).
Some routines still have large local arrays and cannot be fixed that way
because they have no workspace parameter: xGBTRF, xBPTRF, and xHSEQR.

Applying patch provided by Julien Schueller (Phimeca) on March 20th 2015 via Lapack mailing list to fix some warnings

Update version number and release date on rook routines - those routines were part of the 3.5.0 release - reported by Elena (Oracle)

Correct typo in variable name - reported by Elena (Oracle)

Propagate fix to bug111 to lapacke - minimum work space - Issue reported by Andrew James on LAPACK mailing list on April 30th 2015