Merge pull request #3234 from rodrigob/patch-1

diff.ndim != 4 is outdated

diff.ndim != 4 is outdated

this code seems not to apply to the caffe head.
```
if diff.ndim != 4:
                raise Exception('{} diff is not 4-d'.format(top))
```

Merge pull request #3226 from kkhoot/clean_header

Clean includes

Merge pull request #3088 from lukeyeager/bvlc/lmdb-nolock

Open LMDB files with MDB_NOLOCK if no write access

Clean redundant/unnecessary headers

Move HDF5 defines to data_layers header

Merge pull request #3182 from bchu/tutorial-fix

[example] Fix class label index error in tutorial 00.

Merge pull request #3185 from mausoomsarkar/master

PReLU speed up

Merge pull request #3205 from shelhamer/test-layer-type-upgrade

[test] drop bogus OpenCV guard for layer type

[test] drop bogus OpenCV guard for layer type

Merge pull request #3218 from shelhamer/cudnn3-compatible

[docs] mark cuDNN v3 compatible

Merge pull request #3219 from shelhamer/install-caffe-users

[docs] direct installation questions to caffe-users

[docs] cuDNN v3 compatible

installation questions -> caffe-users

Merge pull request #3217 from BonsaiAI/qualify-CUDA-status-message

[build] Qualify messages issued by CMake when CUDA is unavailable

Qualify messages issued by CMake when CUDA is unavailable

Moved the loop inside PReLUParamBackward to do the reduction inside the kernel
Now PReLU backward is taking the same time as forward

Code cleanup
Removed unnecessary code
Fixed indent
merge if(channed_shared_)

Merge pull request #3116 from ronghanghu/solver-refactor

Solver Refactor: Separate files and Change Solver's Type to String

Merge pull request #3206 from shelhamer/net-init-logging

[style] Clean Up Logging for Net Init

clean up logging for Net init

- condense conditions by `LOG_IF`
- only log memory use once after all tops

Update examples and docs

Add automatic upgrade for solver type

Change solver type to string and provide solver registry

Split solver code into one file per solver class

Merge pull request #3207 from ronghanghu/test-matcaffe-io

Test reading and writing mean proto in matlab

Test reading and writing mean proto in matlab

Merge pull request #3089 from shelhamer/groom-conv

[style] groom im2col + col2im for clarity

Merge pull request #3204 from shelhamer/rearrange-upgrade-helpers

[style] Rearrange Proto Upgrade Helpers

Merge pull request #3190 from DrSleep/master

Fix drawing problems with repeated convolution -- close #3201

Merge pull request #3189 from bchu/caffenet-mirror

Set CaffeNet train_val test mirroring to false

rearrange upgrade helpers

order from general helpers to specific upgrades in chronological order.

Merge pull request #3160 from shelhamer/cudnnV3

Basic cuDNN v3 support

Initial cuDNN v3 support

Merge pull request #3200 from lukeyeager/bvlc/fix-blobproto_to_array

Allow old-style shape in blobproto_to_array

Allow old-style shape in blobproto_to_array

Fixes #3199
Bug introduced in #3170

Fixed drawing problems with repeated convolution

Merge pull request #2966 from cdoersch/batch_reindex_layer

BatchReindexLayer to shuffle, subsample, and replicate examples in a batch

Set CaffeNet train_val test mirroring to false

Merge pull request #3187 from akash1810/patch-1

[example] Add pyyaml as a requirement for web demo

Add pyyaml as a requirement

In getting the [web demo](http://caffe.berkeleyvision.org/gathered/examples/web_demo.html) started I get an `ImportError: No module named yaml` error when running `./scripts/download_model_binary.py models/bvlc_reference_caffenet`.

Merge pull request #3184 from lalelale/patch-1

Update store2hdf5.m

Update store2hdf5.m

Fixed a bug in two assertions (the condition input argument must be a scalar logical)

In 00-classification example, get correct class label index

Merge pull request #3162 from kkhoot/fix_mvn

Improve numerical stability of variance computation in MVNLayer

Improve numerical stability of variance computation in MVNLayer

Merge pull request #3170 from sh1r0/pycaffe_io

Remove the 4D constraint of blobproto IO in python

Remove the 4D constraint of blobproto IO in python

BatchReindexLayer to shuffle, subsample, and replicate examples in a batch

Merge pull request #3164 from eerwitt/layer-documentation-sample-fixes

Documentation References ImageNet Sample Location

fixes BVLC/caffe#3163

Merge pull request #3152 from jeffdonahue/silence-backward-fix

SilenceLayer Backward bugfix (fixes #3151)

SilenceLayer Backward bugfix (fixes #3151)

Merge pull request #3058 from zoharby/master

Add a caffe.io.write_mean function to the MATLAB interface

Add a caffe.io.write_mean function to the MATLAB interface

Useful for exporting models from MATLAB (e.g. MatConvNet) to Caffe

Merge pull request #3133 from kashefy/badge

add badge for travis build and license

add badge for travis build and license

Merge pull request #3069 from timmeinhardt/argmax

Add argmax_param "axis" to maximise output along the specified axis

Merge pull request #3128 from hjss06/patch-1

Fix a typo

Fix a typo

Fix a typo in the message.

Merge pull request #3073 from ronghanghu/consistent-malloc-free

Ensure consistency between memory alloc and free

Add ALLOW_LMDB_NOLOCK build option

This option lets you open LMDB files with the MDB_NOLOCK flag. You
should not set this flag if you will be reading LMDBs with any
possibility of simultaneous read and write.

Re-ordering some lines in build files

Enforcing a consistent ordering - OpenCV, LevelDB, LMDB

This will allow me to add the ALLOW_LMDB_NOLOCK option just after the
USE_LMDB option, while keeping the IO dependency options together.

Add flag on how host memory is allocated

Add a bool flag to record whether a host memory is allocated using malloc or
cudaMallocHost, and free correspondingly using this flag, instead of depending on Caffe::mode(), which is mutable during runtime.

Merge pull request #3032 from ronghanghu/ban-pythonlayer-in-parallel

Disallow PythonLayer in Multi-GPU training

Merge pull request #3118 from ducha-aiki/patch-1

Fix parse_log.sh against "prefetch queue empty" messages

Implement ArgMaxLayerTest for axis param

Generalise ArgMaxLayerTest bottom blob shape

Update ArgMaxLayer documentation for axis param

Implement ArgMaxLayer forward_cpu and reshape for axis param

Add argmax_param axis

Fix parse_log.sh against "prefetch queue empty" messages

Merge pull request #3115 from lukeyeager/fix-generate-sample-data

Fix generate_sample_data.py

Fix generate_sample_data.py - bug from #2978

Merge pull request #2978 from lukeyeager/h5t_integer

Allow H5T_INTEGER in HDF5 files

Modify HDF5DataLayerTest to test H5T_INTEGER data

Allow H5T_INTEGER in HDF5 files

Merge pull request #2951 from dplarson/examples_readme_link

[examples] fix link to feature visualization notebook

Merge pull request #3112 from shelhamer/test-reshape-harder

[test] Test Reshape more rigorously

[test] TestReshape: check that shapes actually change

Check that output spatial shape varies with input shape while the output
num matches the input num.

[test] TestReshape: expect instead of check

[test] TestReshape: check small then large

checking large then small can mask failure since the smaller shape
memory will fit within the larger shape.

Merge pull request #3096 from longjon/fix-conv-reshape

Fix broken conv/deconv reshaping

Merge pull request #3093 from shelhamer/check-xcode-clt-version

[build] check xcode command line tools version >= 6

fix broken conv/deconv reshaping caused by reading bottom shape in
LayerSetUp

This also eliminates the extra copying of bottom's shape.

Merge pull request #3095 from longjon/fix-deconv-backward

Fix broken DeconvolutionLayer GPU backward caused by ND conv typo

fix broken DeconvolutionLayer GPU backward caused by typo

[build] check xcode command line tools version >= 6

future-proof version check for BLAS libraries on OS X
fix #3092

mark const im2col + col2im terms

harmonize the im2col_{cpu,gpu} assignment

clarify im2col + col2im var names

- clarify indices by naming *_im for indices in image
  and *_col for indices in column
- mark corresonding im2col + col2im quantities  by renaming
  patch_* -> kernel_*
- fix out-of-date names in equivalent col2im loop

Merge pull request #3083 from yanchen036/master

refine format of switch case statement in solver

Merge pull request #2049 from jeffdonahue/nd-convolution

ND convolution with im2col

Im2col and Convolution layers support N spatial axes

Blob: add SyncedMemory shape accessor for GPU shape access

caffe.proto: generalize ConvolutionParameter to N spatial axes

refine format of switch case in solver

Merge pull request #3081 from shelhamer/include-io-by-default

include IO dependencies by default

[build] include IO dependencies by default

keep old behavior by including leveldb, lmdb, and opencv by default

Merge pull request #3074 from ronghanghu/show-use-cpu

Get back 'USE CPU' print for caffe train

Merge pull request #2523 from BonsaiAI/separate-io-dependencies

Separate dependencies for configurable installation