tranpose parameter added to IP layer to support tied weights in an autoencoder. Arguments to matrix multiplication function are conditioned on this parameter, no actual transposing takes place.

test ip gradient computation with transpose on

Merge pull request #3545 from gdh1995/relative-path-for-soft-links

use relative paths on making build/tools/ links

use relative paths on making build/tools/ links

The old uses `abspath`, which I think is so harmful:
* If I `cp -a` the whole project, `build/tools/caffe` still refer to
    the old file, until `make clean`, making debugging very hard
* For `tar` and `scp`, the soft links can not work
    unless the target project folder has the same path

Merge pull request #2917 from ajkl/patch-2

fixing the database param

Merge pull request #3022 from jeffdonahue/expose-param-display-names

Net: expose param_display_names_

Merge pull request #3605 from jeffdonahue/bias-gemm-type-fix

Remove incorrect cast of gemm int arg to Dtype in BiasLayer

Remove incorrect cast of gemm int arg to Dtype in BiasLayer

Merge pull request #3591 from jeffdonahue/scale-bias-layer

Scale and Bias Layers

Merge pull request #2651 from keir/master

Make the two separate build systems clearer in the documentation

Merge pull request #3602 from jeffdonahue/rm-cuda-props

Remove unnecessary CAFFE_TEST_CUDA_PROP declarations

Merge pull request #2144 from tishibas/load_image-improved

improved to load RGB image as grayscale image

Merge pull request #2810 from madan-ram/patch-2

Update mnist readme.md: scale moved to transform_param

Merge pull request #3297 from sjbrown/patch-1

Add a -c to wget so that it continues interrupted downloads

Merge pull request #3132 from bwilbertz/LastIterationLoss

Fix loss of last iteration when average_loss > 1

Remove unnecessary CAFFE_TEST_CUDA_PROP declarations

Merge pull request #3393 from kkhoot/fix-reshape

Prevent in-place computation in ReshapeLayer and FlattenLayer

Merge pull request #3496 from jeffdonahue/fix-testdatatransformer-leaks

TestDataTransformer: fix some memory leaks

Merge pull request #3581 from Austriker/draw-python3

Updated draw.py to make it work under Python 3

Updated import to make it work with pydotplus

Merge pull request #3593 from ronghanghu/matcaffe-versioning

show Caffe's version from MatCaffe

show Caffe's version from MatCaffe

Separation and generalization of ChannelwiseAffineLayer into BiasLayer
and ScaleLayer.  The behavior of ChannelwiseAffineLayer can be
reproduced by a ScaleLayer with `scale_param { bias_term: true }`.

BiasLayer and ScaleLayer each take 1 or 2 bottoms, with the output having
the same shape as the first.  The second input -- either another  bottom or a
learned parameter -- will have its axes (virtually) broadcast and tiled to have
the same shape as the first, after which elementwise addition (Bias) or
multiplication (Scale) is performed.

Merge pull request #3311 from lukeyeager/bvlc/versioning

Add versioning to build and mark version 1.0.0-rc3

Merge pull request #3584 from graphaelli/python3-config

Add makefile config option for linking Python 3 libraries

Version 1.0.0-rc3

Add ChannelwiseAffine for batch norm

Merge pull request #3388 from mohomran/exponential_linear_units

Exponential Linear Units

Add makefile config option for linking Python 3 libraries

Merge pull request #3536 from intelcaffe/im2col-speedup

Performance related update of im2col() and col2im() functions

Merge pull request #3574 from tahtguymike/maxpool_bug

  Substitute Caffe engine for cuDNN max pooling
  as workaround for in-place after max pooling issue

Workaround for inplace max pooling issue

Performance related update of im2col() and col2im() functions

Merge pull request #3525 from philkr/cmake_python3

CMake python version fix

Merge pull request #2865 from philkr/top_bottom_names

Exposing layer top and bottom names to python

CMake python version fix

Merge pull request #3519 from philkr/faster_solver

Speeding up ADAM (and maybe other solvers too)

Speeding up the GPU solvers

Exposing layer top and bottom names to python

TestDataTransformer: fix some memory leaks caused by use of 'new'

Merge pull request #3490 from fyu/spaceplus

remove extra space before +

remove extra space before +

Merge pull request #3487 from longjon/dilation

An early implementation of this functionality for Caffe was written by @gpapan, which was extended and improved by @tamakoji in a previous implementation of this branch.

enable dilated deconvolution

Since the underlying routines are shared, we need only upgrade
compute_output_shape.

add short description of dilation to caffe.proto

disable dilated deconvolution

add and improve tests for dilated convolution/im2col

add support for N-D dilated convolution

add support for 2D dilated convolution

Merge pull request #3468 from mnogu/blobs_lr-to-lr_mult

Replace blobs_lr with lr_mult in readme.md.

Replace blobs_lr with lr_mult in readme.md.

models/finetune_flickr_style/deploy.prototxt uses lr_mult now.

Merge pull request #3439 from flx42/cudnn_v4

Add ifdef in CuDNNConvolutionLayer for cuDNN v4

Fix CuDNNConvolutionLayer for cuDNN v4

Add a macro to check the current cuDNN version

Merge pull request #3432 from ianfhunter/patch-1

[docs] fix typo in interfaces.md

Update interfaces.md

typo

Merge pull request #3090 from longjon/summarize-tool

A Python script for at-a-glance net summary

Merge pull request #3395 from BonsaiAI/extract_features-compatibility

Fix compatibility issues with extract_features

ELU layer with basic tests

Correct type of device_id; disambiguate shared_ptr

Merge pull request #3404 from BonsaiAI/remove-hamming-dist

Remove hamming_distance and popcount

Remove hamming_distance and popcount

Merge pull request #3313 from gdh1995/master

don't divide by 0 duration when downloading model binary

Merge pull request #3267 from cbalint13/cmake-cudnn

[build] Display and store cuDNN version numbers for CMake

Merge pull request #3285 from longjon/cuda-dead-cpp

Remove dead preprocessor code for number of CUDA threads

Merge pull request #3315 from shelhamer/layer-headers

Dismantle Layer Headers

dismantle layer headers

No more monolithic includes: split layers into their own headers for modular inclusion and build.

Merge pull request #3378 from BonsaiAI/fix-temp-dir-creation-failure

Safely create temporary files and directories

Secure temporary file creation

Secure implementation of MakeTempDir

Merge pull request #3320 from BonsaiAI/disambiguate-dtype

Cast std::max args to Dtype

Merge pull request #2693 from AdamStelmaszczyk/patch-1

Deprecated OpenCV consts leading to compilation error

Merge pull request #3361 from BonsaiAI/avoid-snprintf

replace snprintf with a C++98 equivalent

Merge pull request #3352 from lukeyeager/bvlc/pytest-python-layer

Skip python layer tests if WITH_PYTHON_LAYER unset

Merge pull request #3389 from ronghanghu/remove-stepearly

Remove bogus stepearly in MNIST example

Remove bogus stepearly in MNIST example

This `examples/lenet/lenet_stepearly_solver.prototxt` is introduced in #190 by mistake, since stepearly is never actually merged.

replace snprintf with a C++98 equivalent

Merge pull request #3296 from cdoersch/normalize_batch

Better normalization options for SoftmaxWithLoss layer

Better normalization options for SoftmaxWithLoss layer.

Merge pull request #3363 from BonsaiAI/remove-opencv-include

Exclude core.hpp when building without OpenCV

Merge pull request #3362 from eelstork/patch-2

GetDB must return a value.

Exclude core.hpp when building without OpenCV

Function must return a value

Currently compilation will fail with some compilers when LevelDB and LMDB are disabled.
Very similar to a recently fixed issue.

Convert std::max args to Dtype

Merge pull request #3359 from ronghanghu/fix-accuracy-layer-top

Fix MaxTopBlobs in Accuracy Layer

Fix MaxTopBlobs in Accuracy Layer

Fix the typo "MaxTopBlos" to "MaxTopBlobs". This typo causes maximum top number to be incorrect.

Skip python layer tests if WITH_PYTHON_LAYER unset

Merge pull request #3321 from BonsaiAI/synced-mem-functions-will-return-a-value

In syncedmem.cpp, functions shall return a value

Merge pull request #3261 from kli-nlpr/patch-1

fix plot_training_log.py.example usage text

Merge pull request #3332 from alexlee-gk/master

[bug] fix outs and diffs being overwritten in forward_backward_all

Fix outs and diffs being overwritten in forward_backward_all.

Merge pull request #3299 from kkhoot/fix_bn

Update BatchNormLayer: more numerical stability and backward with global stats

Merge pull request #3323 from BonsaiAI/remove-unnecessary-includes

Remove un-necessary includes

Display and store cuDNN version numbers during cmake.

Merge pull request #3328 from w1res/patch-1

[doc] Add parentheses to backward_{cpu,gpu} method.

Add parentheses to backward_{cpu,gpu} method.

Make backward pass work when global stats is active for BatchNormLayer
including minor code cleaning

Update computation of variance and global stats in BatchNormLayer

Fix loss of last iteration when average_loss > 1

refactor duplicate code into separate update function for smoothed loss

fix naming convention