Included cmath in common.hpp to avoid isnan complaints from the xcode compiler

Merge pull request #825 from shelhamer/mailing-list

Announce caffe-users mailing list

[example] include image dimensions for oversampling

[docs] announce caffe-users

[example] standardize imagenet leveldb names

[fix] adding requirements.txt for web_demo. Closes #704

[docs] contact us on webpage

link OpenBLAS as blas

OpenBLAS is most easily configured by `update-alternatives` or other
symlink strategies.

See https://github.com/BVLC/caffe/issues/314#issuecomment-40703048

[docs] install update: dependencies, CPU-only, Ubuntu 14.04

- update dependency versions
- document CPU-only build
- add Ubuntu 14.04 details
- include LMDB
- warn about defective CUDA driver series 331.*

Merge pull request #823 from jeffdonahue/hdf5output-gpu-fix

Apply HDF5OutputLayer fix to GPU version

Also apply HDF5OutputLayer fix to GPU version.

Set correct solver_mode in SolverTest so Travis build doesn't randomly
fail.

fix some namespace with std::signbit

Merge pull request #710 from geenux/dev

Cleanup pthread code for data layers

Merge pull request #734 from jeffdonahue/all-in-one-net

All-in-one nets

Use unified train/test nets in examples.

Incorporate NetState{,Rule} into Solver/Net.  Net::FilterNet
includes/excludes layers based on whether the NetState meets each
layer's NetStateRule(s).

Add unit tests and skeleton code for Net/Solver filtering functionality.

Add NetState message with phase, level, stage; NetStateRule message with
filtering rules for Layers.

Merge pull request #820 from geenux/dev-fixmake

Fix choice of MKL directory from Makefile.config

Fix choice MKL directory from Makefile.config

Merge pull request #505 from shelhamer/non-square-filters

Non-square Filters and Separated Stride and Padding

test non-square filters by separable convolution of Sobel operator

Compute the G_x kernel of the Sobel operator as a full filter and as
separable filters to check the rectangular filter output.

fix GPU indexing

Thanks to @ejaz-izy's debugging in
https://github.com/BVLC/caffe/pull/505#issuecomment-50287608

test rectangular im2col

im2col + convolve non-square filters, padding, and stride

add h/w kernel size, stride, and pad for non-square filtering

while keeping everything working as-is.

[docs] compile gflags with -fPIC for linking

[docs] install glog first given incompatibility

[docs] fix missing glog install cd

Merge pull request #813 from sergeyk/dev

Fix for bug in HDF5 Output Layer

make "all" the default target

"all" is the right default since it builds the library itself.
define "everything" after it.

FIX: updating HDF5 input test for new test data

FIX: both data and label now copied correctly in HDF5 output layer

FIX: tests now catch bug reported in #750 (in HDF5 output layer)

Merge pull request #812 from Yangqing/sweep

gflags 2.1 bugfix (or rather a hack).

lint

Merge pull request #733 from longjon/pycaffe-tweaks

pycaffe fixes

fixing comment

gflags 2.1 bugfix (or rather a hack).

Merge pull request #805 from alfredtofu/dev

Update image_data_layer.cpp

Merge pull request #807 from qipeng/dev

relaxed timer test requirements

set_mode to CPU in ArgMaxLayerTest constructor to avoid random Travis
failures.

Merge pull request #806 from jeffdonahue/travis-minimal-cuda

speed up Travis build by installing only the CUDA subpackages necessary for building

Only install the minimal CUDA subpackages necessary for building.

Update image_data_layer.cpp

fix bug for getting new width

relaxed timer test requirements

Merge pull request #802 from jeffdonahue/caffe-bin-symlink

Symlink to tool bins without the .bin extension

Symlink to tool bins without the .bin extension

Merge pull request #800 from jeffdonahue/zero-indexed-train-iter

Make training iterations 0-indexed to display training loss in 0th iter

Move loss display before lr display in ComputeUpdateValue.

Make training iterations 0-indexed.

Fix my nonsensical variable names.

Merge pull request #796 from jeffdonahue/solver-debug-info

Print blob debug info during training if SolverParameter "debug_info" field is set

Print just the mean absolute value (no sum/l1norm)

Print blob L1 norms during forward/backward passes and updates if
new "debug_info" field in SolverParameter is set.

Merge pull request #789 from Yangqing/sweep

Consolidate tools.

LOG(ERROR)->LOG(FATAL), and misc script changes.

Merge pull request #793 from jeffdonahue/infogain-test

Add gradient checks for InfogainLossLayer

using caffe::string to be consistent with other string definition.

Add gradient checks for infogain loss layer, letting it take the
infogain matrix as the third bottom blob.

oops, wrong deprecation message (should have --)

lint

Adding new caffe binary that does everything in one binary; deprecating device_query, finetune_net, net_speed_benchmark, train_net

include benchmark.hpp

Merge pull request #776 from Yangqing/sweep

Gflags dependency & misc

travis: gflags still needs -fPIC, otherwise it makes caffe cry.

I am really bad at debugging travis.

turns out that glog does not compile with gflags 2.1 - compiling glog first and then gflags.

travis - does adding cflags help? want to keep minimal invasion into gflags installation.

travis

Cleanup pthread code for data layers

Get rid of the ugly "friend" thread function. Simplify the creation of the
thread by inheriting from a base class. Thus, defining the thread is as
simple as overriding a virtual function.

gflags should preferrably be installed before glog

add gflags dependency doc

add gflags dependency to caffe.

Merge pull request #773 from qipeng/lrelu

Leaky ReLU numerical stability improvement

numerical stability improvement

Merge pull request #766 from rbgirshick/matcaffe-cxx

Use the same CXX for matcaffe as for the rest of the build

Use the same CXX for matcaffe as for the rest of the build

Merge pull request #762 from rbgirshick/upgrade-pad-pooling-layers

Correctly apply padding to pooling layers when upgrading from V0

Merge pull request #760 from bhack/fix_loopcopy

Fix repeated field copy loop

Correctly apply padding to pooling layers when upgrading from V0

Fix repeated field copy loop

Fix lint algorithm include

Fix spaces

Merge pull request #755 from jeffdonahue/bhack-split_dim

Finishing touches on @bhack's SliceLayer (#680)

SliceLayer: post-rebase fixes, cleanup, etc. (some from changes
suggested by @sguada).  Test for both num & channels in forward &
backward; use GaussianFiller so that tests are non-trivial.

Add split dim layer

Differentiate top test blob vector size

Rename to SplitLayer
Add slicing points

Merge pull request #740 from qipeng/lrelu

Leaky ReLU

reduced multiplications & fixed unit test

leaky relu + unit test

Merge pull request #752 from Yangqing/sweep

reapply namespace change

Merge pull request #742 from longjon/direct-blob-buffers

Use Blob directly instead of shared_ptr for internal layer buffers

Merge pull request #743 from longjon/make-everything

Add an "everything" target to make for comprehensive build testing

Merge pull request #615 from kloudkl/top-k-argmax

remove unused includes in AccuracyLayer and ArgMaxLayer

Merge pull request #518 from longjon/fromto

Add From/To options for Forward and Backward

add an "everything" target to make for comprehensive build testing

The everything target builds all components, checks warnings, runs lint,
and runs tests.

use Blob directly instead of shared_ptr for WindowDataLayer buffers

use Blob directly instead of shared_ptr for ImageDataLayer buffers

use Blob directly instead of shared_ptr for DataLayer buffers

use Blob directly instead of shared_ptr for DropoutLayer::rand_vec_

This will simplify the implementation of Reshape by making allocation
automatic. There is no need for shared_ptr here, and this is more
uniform with buffers used by other layers.