restored vituals in solver.hpp

Solver switching support & implementation of Nesterov's accelerated gradient and AdaGrad

use LMDB in mnist autoencoder examples

make no GPU error in CPU-only mode a little clearer

include comment on CPU mode fine-tuning for Flickr example

Merge pull request #1014 from longjon/cleaner-pycaffe

Clean up pycaffe core

Merge pull request #1008 from mohomran/mnist_with_lmdb

convert MNIST demo to lmdb, fixes

Merge pull request #1015 from mohomran/fixing_parse_log_script

fix for tools/extra/parse_log.sh

parse_log.sh adapted to new training log format + fixed typos and updated description

updated lenet_train_test.prototxt + minor correction to create_mnist.sh

minor changes to variable names and error messages + set default backed in convert_mnist_data.cpp to lmdb

data now written to backend in batches

mnist demo now works with lmdb and leveldb (set parameter in create_mnist.sh), switched around includes

[pycaffe] expose Blob.Reshape

While this function should never be called in the current interface, it
will be necessary to have when embedding Python.

[pycaffe] remove name property from PyBlob and PyLayer

Attaching names to pycaffe Blobs and Layers isn't necessary anymore,
since they are now accessed by name. This change brings PyBlob and
PyLayer closer to their C++ counterparts, and makes it easier to pass
around blobs without knowing their names, e.g., when embedding Python
in a layer.

[pycaffe] declare the _caffe module init function

[pycaffe] split _caffe into source and header files

This brings pycaffe more in line with usual C++ style, and will allow
the wrapper classes to be used within caffe when embedding Python.

[pycaffe] make PyBlob a template over Dtype

We will not actually support double nets in Python with this commit, but
this change will be necessary to create layers that embed Python.

[pycaffe] make PyNet a class, not a struct

[pycaffe] use a namespace alias instead of using directives for boost::python

[pycaffe] live in caffe namespace instead of opening it

[pycaffe] use class names of the form Py* instead of Caffe*

remove residual pthread references, but restore in build for gtest

gtest depends on pthread in Ubuntu 14.04

ignore leveldb extension: ldb

Merge pull request #1004 from kloudkl/ignore

Ignore leveldb more thoroughly

fix up leveldb ignore

Merge pull request #1010 from qipeng/boost-thread-with-nvcc

Fix boost-CUDA trouble in OS X build.

Makefile: fix boost::thread linking, drop pthread, sort

fix up renaming

renaming && typo fix

Merge pull request #1012 from shelhamer/pr-policy

new PR policy: send master fixes + docs to master

[docs] new PR policy: send master fixes + docs to master

To address fixes and documentation updates to master between official
releases from `dev` to `master` PRs will be accepted to `master`.

All new development must still branch off and PR to `dev`.

fix data_transformer param_name

Merge pull request #1011 from YS-L/dev

Fix norm_region param in cifar10 deployment net

xcode compiler complaints (warnings)...

patch MacOS NVCC boost::thread issue

Fix norm_region param in cifar10 deployment net

back-merge

  [docs] Several documentation fixes
  Explain how to fix homebrew to allow updates after editing formulae

Merge pull request #997 from ozancaglayn/dev

  [docs] Several documentation fixes

[docs] Several documentation fixes

- Fix a typo and a path in MNIST tutorial
- Rework instructions about Fedora installation

Merge pull request #1001 from drdan14/homebrew-git-repair

  Explain how to fix homebrew to allow updates after editing formulae

Explain how to fix homebrew to allow updates after editing formulae

Ignore LevelDB files

Merge pull request #970 from sergeyk/dev

Fine-tuning tutorial: adapt CaffeNet to Flickr Style data

[example] edit fine-tuning and train on ~2000 images, 1557 / 382 split

- further detail merits of fine-tuning: less starving for itme and data
- set random seed for reproducing the tutorial
- 1557 train / 382 test split is more indicative of training quality
  than splits of 200 images

[example] finetuning CaffeNet on Flickr Style data

Merge pull request #1003 from shelhamer/examples-from-root

Standardize examples

set examples paths relative to root

ignore caffe generated files and stop ignoring examples

- ignore models and snapshots, means, and input databases
- excluding exceptions to commits is easier than including exhaustively

Merge pull request #1000 from kloudkl/boost-thread

Replace pthread with boost::thread

Back-merge to dev for doc fixes + cherry-picks

Back-merge these doc fixes:

  clarify project origin
  [docs] fix citation bibtex

All other changes are spurious commits from cherry-picking.

The return value of WaitForInternalThreadToExit has reversed

Add boost thread in the travis install script

Replace pthread with boost::thread

[docs] Update installation docs to include Fedora

- All the instructions mentioned for CentOS/RHEL are also valid for Fedora Linux so add it.
- The package name for atlas is atlas-devel not libatlas-devel for CentOS/RHEL/Fedora so fix it.
- Add 'sudo' prefix to missing places to be consistent with the rest of the document.
- Add instructions for installing python headers in Fedora into the python support section.
- Update Linux installation section to reflect Fedora, refactor a bit.

clarify project origin

Merge pull request #857 from netheril96/gflags

Use gflags to parse command line arguments for convert_imageset

create_imagenet.sh updated to new syntax

Merge pull request #993 from Yangqing/sweep

fix layer_factory.cpp bug: there should be no ifdefs

fix layer_factory.cpp bug: there should be no ifdefs

Merge pull request #977 from ozancaglayan/patch-1

[docs] Update installation docs to include Fedora

Merge pull request #984 from shelhamer/drop-curand-reset

Drop obsolete CURAND reset for CUDA 6.5 compatibility

default ilsvrc solving to GPU

default ilsvrc solving to GPU

FIX drop obsolete CURAND reset for CUDA 6.5 compatibility

Drop the legacy CURAND initialization steps; these are unnecessary and
cause dramatic slowdowns for CUDA 6.5. This does no harm for K20 usage
counter to the note at least for CUDA 6.5 and 5.0.

clarify project origin

FIX web_demo upload was not processing grayscale correctly

FIX web_demo upload was not processing grayscale correctly

Merge pull request #981 from jeffdonahue/fix-eltwise-product

Make eltwise product gradient stabler (fixes issues with WITHIN_CHANNEL LRN in cifar_full example)

remove warning about LRN layers in CPU mode

Add "stable_prod_grad" option (on by default) to ELTWISE layer to
compute the eltwise product gradient using a slower but stabler formula.

Merge pull request #980 from jeffdonahue/fix-memory-used

fix memory_used_ by computing after SetUp

fix memory_used_ by computing after SetUp

Merge pull request #979 from jeffdonahue/caffe-test-output

'caffe test' computes and prints all scores and their names

'caffe test' prints all scores and their names

fix bug for resizing images.

Merge pull request #976 from alfredtofu/dev

fix image resizing dimensions for IO

[docs] Update installation docs to include Fedora

- All the instructions mentioned for CentOS/RHEL are also valid for Fedora Linux so add it.
- The package name for atlas is atlas-devel not libatlas-devel for CentOS/RHEL/Fedora so fix it.
- Add 'sudo' prefix to missing places to be consistent with the rest of the document.
- Add instructions for installing python headers in Fedora into the python support section.
- Update Linux installation section to reflect Fedora, refactor a bit.

fix bug for resizing images.

[example] add fully-convolutional efficiency note + confidence map

- spell out fully-convolutional efficiency
- add confidence map
- fix input size: 451 x 451 is correct for an 8 x 8 output map by the
  equation input size = 227 + 32(d-1) for output map dimension of d

[example] add fully-convolutional efficiency note + confidence map

- spell out fully-convolutional efficiency
- add confidence map
- fix input size: 451 x 451 is correct for an 8 x 8 output map by the
  equation input size = 227 + 32(d-1) for output map dimension of d

fix internal thread interface confusion

thanks @ronghanghu for pointing this out in #964

move {InnerProduct,Eltwise}Layer to common instead of vision

fix parameter for transformation in ImageDataLayer constructor

Merge pull request #963 from shelhamer/fix-transform-param

Make data transformations backwards-compatible and upgrade models

upgrade model definitions for transformation params

upgrade net parameter data transformation fields automagically

Convert DataParameter and ImageDataParameter data transformation fields
into a TransformationParameter.

compact net parameter upgrade

restore old data transformation parameters for compatibility

Merge pull request #954 from geenux/dev-redundant-data

Refactor data layers to avoid duplication of data transformation code

If specified, --gpu flag overrides SolverParameter solver_mode.

Merge pull request #961 from jeffdonahue/gpu-flag-overrides-solver-mode

If specified, --gpu flag overrides SolverParameter solver_mode.

Updated installation docs for OS X 10.9 brew install protobuf as well

Updated documentation to include instructions to install protobuf with Python support on Mac OS X

[docs] fix citation bibtex

If specified, --gpu flag overrides SolverParameter solver_mode.

Merge pull request #942 from yosinski/doc-update

protobuf should be installed with Python support on Mac

Merge pull request #956 from longjon/clean-signbit

Clean up CPU signbit definition

Refactor ImageDataLayer to use DataTransformer

specialize cpu_strided_dot before instantiation to fix clang++ build