use layer_param instead of layers_[layer_id]->layer_param()

Fix Makefile warning error message.

[example] elaborate net surgery description

fix choice of clang++ in OS X build

Merge pull request #698 from jeffdonahue/softmax-layer-test-devices-fix

Fix SoftmaxLayerTest: forgot to change this one to use DtypesAndDevices;

Fix SoftmaxLayerTest: forgot to change this one to use DtypesAndDevices;
was causing Travis build to randomly fail if a previous test had set the
mode to GPU (which no test that is run by 'make runtestnogpu' should, so
I guess there's another bug somewhere).

Merge pull request #696 from rbgirshick/matlab_2014a_fix

Fix bug that breaks MATLAB 2014a compilation

fix bug that breaks MATLAB 2014a compilation

Merge pull request #694 from jeffdonahue/travis-tweaks

Travis tweaks -- make --keep-going; build on all branches; replace CUSTOM_CXX <eom>

Add blank lines between fields for readability.

Replace CUSTOM_CXX env var to specify non-default C++ compiler.

Run Travis build on all branches (remove whitelist from .travis.yml).

Add --keep-going flag to first make so that any targets that can be
built are built; write out full -j flag as --jobs for clarity.

fix Makefile comment about library names

Merge pull request #685 from jeffdonahue/seed-hinge-loss-test

Seed HingeLossLayerTest; bad values can cause test (and therefore Travis build) to fail

Seed HingeLossLayerTest; bad values can cause test (and therefore Travis
CI build) to fail

Merge pull request #681 from BVLC/travisci

continuous integration for build, test, and lint by Travis CI

Travis build failure wasn't working for lint/warn because they didn't
exit with a non-zero code -- this fixes that.

@jeffdonahue's tweaks to .travis.yml config:
-Add (CPU-only) test, lint, warn and parallel (-j 4) to travis CI build.
-Add /usr/local/lib to travis config (seems needed for LMDB).
-Put export in "before_script"; disable clang build -- doesn't work on Linux.
-Cache Ubuntu apt packages.
-Install bc package to hopefully suppress "bc: not found" errors
-Get apt packages before_install as suggested by Travis official docs
-Remove specified email address and IRC notifications (emails are sent
to the committer by default; others can view build results in public
Travis feed, on pull requests, etc.).

-Override the default compiler by specifying a CXX in
Makefile.config instead of CUSTOM_CXX, as Travis exports CXX
as the compiler env variable name.
-Change TEST_HDFS -> TEST_HXX_SRCS.

@huyng's .travis.yml integration configuration file to install and test Caffe.

Move test headers to include/.
Add a test param to test both CPU and GPU (with both float and double
Dtypes).

back-merging [docs] changes and web demo [example] addition; updating
net_surgery example to new format

Conflicts:
docs/getting_pretrained_models.md
docs/index.md

Merge pull request #679 from sergeyk/master

[example] image classification web demo

[example] image classification web demo

Merge pull request #675 from sergeyk/master

Revamped docs system

[docs] shelhamer's minor suggestions

[docs] updated instructions for contributing documentation

[docs] moved example md’s to examples/**/md’s and added script to gather
them for publication

[docs] cosmetic

fix link for caffe_rcnn_imagenet_model

Back-merge documentation and fixes

* master:
  host materials on dl.caffe.berkeleyvision.org
  fix caffe acm-mm paper link
  [docs] readme
  [docs] got rid of redundant README, updated development instructions
  [docs] reworked index page, got rid of publications page
  point to reference performance from installation, add GTX 770
  acknowledge BVLC PI Trevor Darrell for advising Caffe
  add latest CUDA arch to fix invalid device function errors
  switch language to "related publications"
  add publication section to homepage
  fix caffe paper link -- still hasn't appeared on arxiv yet
  Added top-1 and top-5 accuracy for the caffe networks to docs
  add skeleton of the Caffe publications page
  Update docs on building boost on OSX for the python wrappers
  fix OSX 10.9 homebrew CXX doc
  caffe.Net preprocessing members belong to object, not class
  10.9 install doc formatting

host materials on dl.caffe.berkeleyvision.org

fix caffe acm-mm paper link

Merge pull request #633 from kloudkl/cpu-only-memcpy

Support CPU only memcpy

Replace cudaMemcpy with caffe_gpu_memcpy in SyncedMemory per @longjon

Implement @Yangqing's solution to copy memory in the SyncedMemory

Switch to GPU mode when pointer is move to or from GPU in SyncedMemory

Check the GPU mode to decide which memcpy to use

Avoid using cudaMemcpy for memcpy when there is no GPU and CUDA driver

makefile hotfix

Merge pull request #661 from jeffdonahue/fix-error-output

Fix bug introduced by warning logs (errors didn't print)

fix bug introduced by warning logs: errors didn't print because they
are logged to the warnings file

[docs] readme

[docs] got rid of redundant README, updated development instructions

Makefile: cleanup lint/warn report logic (and make the two more consistent)

[docs] reworked index page, got rid of publications page

Merge pull request #649 from jeffdonahue/warnlog

"make warn" to print compilation warnings; "make lint" runs incrementally

Output a lint report for every source file linted; use to lint
incrementally

Dump compiler warnings to *.warnings.txt; use "make warn" to print them

Merge pull request #647 from jeffdonahue/nocleanlinecount

Don't make clean when running linecount

Don't make clean when running linecount

Merge pull request #614 from ronghanghu/rectangular_pooling

Rectangular pooling

added gradient check for non-square pooling

fixed style errors

Merge pull request #611 from shelhamer/makefile-config-cxx

Customize compiler setting in Makefile.config

add tests for rectangular pooling regions

fixing pooling SetUp() to allow default values for stride and pad

Update pooling_layer.cu

Replace pad_, kernel_size_, stride_ with pad_h_, pad_w_, kernel_size_h_, kernel_size_w_, stride_h_, stride_w_ to support pooling on rectangle regions.

Update pooling_layer.cpp

Replace pad_, kernel_size_, stride_ with pad_h_, pad_w_, kernel_size_h_, kernel_size_w_, stride_h_, stride_w_ to support pooling on rectangle regions.

Update vision_layers.hpp

Replace pad_, kernel_size_, stride_ with pad_h_, pad_w_, kernel_size_h_, kernel_size_w_, stride_h_, stride_w_ to support pooling on rectangle regions.

Update caffe.proto

Add pad_h, pad_w, kernel_size_h, kernel_size_w, stride_h, stride_w to support pooling on rectangle regions.

point to reference performance from installation, add GTX 770

customize compiler setting in Makefile.config

in case of issues with default compilers or exotic platforms.

Merge pull request #549 from jamt9000/fix-resize-crop-pil

Make resizing & cropping with PIL work

Merge pull request #555 from shelhamer/uva-memory

Switch to Unified Virtual Address memory copies

Merge pull request #602 from kloudkl/layers-in-order

Layers in order

fix casts (static for void*)

reduce caffe_copy to instantiations, split off caffe_memcpy for void*

replace all memset with caffe_set() / caffe_gpu_set()

...except for `SyncedMem` since it has no type.

replace all memcpy by caffe_copy

do all caffe_copy() as UVA mem copy, and drop caffe_gpu_copy()

Do all memory copies by `cudaMemcpy` in UVA mode so that the same
`caffe_copy()` interface works for all transfers.

`cudaMemcpy()` is used in lieu of BLAS copies because they do not
understand UVA.

Drop the now unnecessary `caffe_gpu_copy()` since location of the
pointers is now irrelevant to the interface.

replace softmax cudaMemcpy with caffe_gpu_copy

switch to unified virtual addressing CUDA memcpy

Host / device copies are distinguished by the virtual address of the
pointers instead of explicit memcpy modes.

report UVA in platform test

Merge pull request #609 from jeffdonahue/multiconv

Generalize CONVOLUTION layer to multiple inputs/outputs

ConvolutionLayer can take N bottom blobs and N top blobs

add EqualNumBottomTopBlobs() property for layers; use in
ConvolutionLayer

Organize the loss layers in alphabetical order

Arrange the data layers to be in alphabetical order

Separate layers relatively independent of images out of vision_layers

acknowledge BVLC PI Trevor Darrell for advising Caffe

fix uninitialized variable warnings in tools

Update Makefile.config.example

fix some typing error

Merge pull request #545 from jamt9000/im2col-kernel-test

Test for im2col kernel

lint

Merge pull request #502 from sguada/fix_dropout_backward

Fix dropout backward in TEST phase

Remove Cuda.major >= 2 check on Dropout test

Check that pointers are different before copying in caffe_copy and caffe_gpu_copy

Added test to Dropout to check gradients during Test phase

Fix var names in Dropout.cu

Modify Dropout to allow backward pass in TEST phase

Conflicts:
src/caffe/layers/dropout_layer.cpp
src/caffe/layers/dropout_layer.cu

Fix building tests with parallel make

The changes for .cu tests meant that creating
TEST_BUILD_DIR wasn't happening first

Merge pull request #510 from crizCraig/patch-1

Add comment to Makefile.config.example about DEBUG flag issue in OSX

Merge pull request #531 from flickr/dev-top-k-accuracy

Measure accuracy as top-k (default to top-1)

Comment-fix.

Update name of last added param.

Add unit test for accuracy layer.

Next LayerParameter proto id

Use vectors instead of arrays.