Merge pull request #4070 from crazytan/ipython

fix problems in net_surgery.ipynb

Merge pull request #4146 from yalesong/fix-makefile-osx-yosemite

Fix Makefile CUDA_VERSION extraction on OSX Yosemite

Merge pull request #4148 from bobpoekert/window_data_nonzero_check

Window data foreground/background nonzero check

Merge pull request #4159 from flx42/cudnn_v5_support

Add cuDNN v5 support, drop cuDNN v3 support

Update supported cuDNN version in the documentation

Update Dockerfile to cuDNN v5

Add cuDNN v5 support, drop cuDNN v3 support

cuDNN v4 is still supported.

add check for background and foreground window size > 0 in WindowData layer

Merge pull request #4144 from millskyle/python_io_typo

[bug] typo in io.py

Fix Makefile CUDA_VERSION extraction on OSX Yosemite

fixed typo in io.py

Merge pull request #4128 from gdh1995/master

a comment misses a space char

a comment misses a space char

Merge pull request #4121 from rayglover-ibm/cmake

[build] CMake customisable version/soversion

[build] (CMake) customisable Caffe version/soversion

Merge pull request #4117 from lukeyeager/bvlc/fix-lmdb-pr

[bug] Catch MDB_MAP_FULL errors from mdb_txn_commit

Catch MDB_MAP_FULL errors from mdb_txn_commit

Merge pull request #2079 from longjon/parameter-layer

Add parameter layer for learning any bottom

Merge pull request #4101 from erictzeng/reshape_zero

Allow reshaping blobs to size 0.

Allow reshaping blobs to size 0.

Also add a test that reshapes a blob to shape (0, 5).

fix problems in net_surgery.ipynb

add parameter layer for learning any bottom

Merge pull request #4094 from shelhamer/make-clean-clears-distribute

Note that `make clean` clears build and distribute dirs

[build] note that `make clean` clears build and distribute dirs

Merge pull request #4048 from achalddave/python_plot_exit_properly

(Minor) Exit on error and report argument error details

Merge pull request #3995 from ZhouYzzz/python-phase

Allow the python layer have attribute "phase"

Merge pull request #4082 from flx42/pin_base_docker_image

Pin the base image version for the GPU Dockerfile

Fix typo (indecies->indices)

Reformat to fit in 79 columns

Remove trailing spaces

Exit on error and report argument error details.

The statement 'exit' has no effect in Python scripts. Use 'sys.exit()'
instead.

Add test for attribute "phase" in python layer

Merge pull request #3977 from tpwrules/master

Fix protobuf message generation

Merge pull request #4040 from ebadawy/master

Read the data as a binary

Merge pull request #4056 from wk910930/fix-ReshapeParameter-example

Fix an error in the example of ReshapeParameter.

Merge pull request #4065 from drewabbot/master

avoid non-integer array indices

Merge pull request #4075 from szha/osx_makefile_fix

fix CUDA version detection in Makefile to accomodate OS X's grep

Pin the base image version for the GPU Dockerfile

The previous Dockerfile can break if image nvidia/cuda:cudnn is updated to any of the following:
- Ubuntu 16.04 LTS (already released)
- cuDNN v5 (soon)
- CUDA 8.0 (soon)

Merge pull request #4071 from mnogu/optional-name

draw_net: accept prototxt without name

fix grep in CUDA version detection to accomodate OSX's grep (and other grep that doesn't support \d extension)

draw_net: accept prototxt without name

Fixes #3819

Merge pull request #4069 from seanbell/pycaffe-boost-warnings-fix

suppress boost registration warnings in pycaffe (based on #3960)

Suppress boost registration warnings in pycaffe (Based on #3960)

avoid non-integer array indices

Merge pull request #4051 from samster25/master

fix typo in download script command cpp_classification

Fix an error in the example of ReshapeParameter.

* this small mistake may confuse newer.

fixed typo in download script command cpp_classification

Merge pull request #4033 from HeGaoYuan/master

there is a very very small mistake in the LeNet MNIST tutorial

Merge pull request #3731 from lukeyeager/lmdb-map-full

dynamically set LMDB map size (double when full)

Read the data as a binary

Appending 'b' in the file mode as hashlib functions require to pass in bytes

Fixed #4029: test the network every 500 iterations, not 1000 iterations

Update MNIST example to use new DB classes

Print to stderr for example LMDB code

Don't set map_size=1TB in util/db_lmdb

Instead, double the map size on the MDB_MAP_FULL exception.

Merge pull request #4024 from achalddave/finetune-flickr-style-tutorial

[docs] explicitly point out -weights flag in fine-tuning tutorial

Merge pull request #3749 from lukeyeager/bvlc/array_to_datum-default-label

Don't force datum.label=0 in array_to_datum

Explicitly point out -weights flag in tutorial

The -weights flag is somewhat easy to miss as it's only in one command,
but is the crucial thing that anyone searching for 'how to finetune' is
looking for. Hopefully this more clearly points out the '-weights' flag,
which might otherwise be overlooked in this tutorial.

Merge pull request #4007 from lukeyeager/bvlc/docs-typo

[docs] typo in docs/installation.md

Typo in docs/installation.md

Allow the python layer have attribute "phase"

Merge pull request #3993 from shelhamer/fix-crop

Fix Crop layer dimension checking to only check cropped dimensions

CropLayer: groom comments

[fix] CropLayer: check dimension bounds only for cropped dimensions

check only the dimensions to be cropped for compatible sizes and offsets

[test] CropLayer: test dimensions check to reveal bounds checking bug

Merge pull request #3988 from shelhamer/install-docs

bring install docs up-to-date and better highlight included details

[docs] install: include more lab tested hardware

[docs] install: be more firm about compute capability >= 3.0

[docs] install: include latest versions and platforms, highlight guides

Caffe runs on Ubuntu, OS X, and RHEL (+ company) in master
with branches for OpenCL and Windows.

Docker is a nice route to out-of-the-box brewing.

[docs] install: CUDA 7+ and cuDNN v4 compatible

Latest CUDA versions are all compatible, and
Caffe has been compatible with cuDNN v4 since PR #3439

Merge pull request #3982 from mnogu/fix-typo-model-option

[docs] typo in help text for "-model" option

Fix typo in help text for "-model" option

Fix protobuf message generation

The latest versions of protobuf do not reveal empty message fields with dir(). This uses the documented way of determining all of a message's fields and so is compatible with past and future versions of protobuf.

Merge pull request #3937 from emaggiori/exp

Issue with the exp layer when the base is e

Solving issue with exp layer with base e

Merge pull request #3942 from jeffdonahue/propagate-down-true

Set propagate_down=true to force backprop to a particular bottom

Net: setting `propagate_down: true` forces backprop

test_net.cpp: add TestForcePropagateDown

Merge pull request #3891 from danielgordon10/pycaffe-multi-instantiation-fix

Use lazy initialization to reuse ordered dict/list creations to save…

Use lazy initialization to reuse orderd dict/list creations to save time on repeated calls.

Merge pull request #3821 from jreniecki/mkl

[bulid] correct MKL_DIR to MKLROOT

Update Makefile: Changed MKL_DIR to MKLROOT

MKLROOT variable is set by MKL scripts, so it also should be used in Makefile.

Merge pull request #3797 from shelhamer/travis-rm-conda

Fix Travis-CI conda/boost issue by workaround: remove conda dir

[build] travis: remove existing conda dir

there seems to be a caching issue at the moment;
this is a temporary fix for #3786

Merge pull request #3292 from dgolden1/log-parse-no-test

parse_log.py bugfix: don't attempt to write CSV if there are no lines to write

Merge pull request #3590 from junshi15/GPUUtilities

Add functions to check and grab GPU

Merge pull request #3588 from junshi15/P2psyncPrepare

Refine P2PSync

Merge pull request #3613 from longjon/py-coord-map

Python/net spec coordinate map and crop offset computation

Merge pull request #3570 from BlGene/crop-nd

ND Crop layer

split p2psync::run()

Crop: more tests and test tuning.

Changes are:
  reduce test blob dims for speed
  use standard Gaussian filler,
  polish formatting and rename tests,
  test HW crop and 5D crop,
  standard gradient checks

Crop: fixes, tests and negative axis indexing.

Extend Crop to N-D, changed CropParameter.

add CropLayer: crop blob to another blob's dimensions with offsets

configure offset(s) through proto definition.

add check and find GPU device utilities

[pycaffe] test coord_map

- test known mappings: conv-pool-deconv stack, ReLU and 1x1 conv
- test effects of padding
- test rectangular/anisotropic coordinate mapping, test N-D
- catch error cases: negative crop, scale mismatch, tops that are not
  spatially connected

[pycaffe] align coord_map and #3570 Crop layer

- crop -> offset
- adjust crop axis by 1

[pycaffe] document, style, and complete coord_map

- document by docstring and comment
- pep8
- add latest layers and alphabetize
- respect default crop params
- handle graphs with compositions of crops by walking only the
  first, cropped bottom of Crop layers
- make python3 happy by replacing arg tuple unpacking

Merge pull request #3770 from BlGene/lint_fix

Removed lint script reference to non-existant caffe_memcpy function.

[pycaffe] add coord_map.py for computing induced coordinate transform

This provides a framework for automatically aligning different layers of
a net despite up/downsampling, padding, and output size rounding.

Merge pull request #3773 from longjon/travis-protobuf3-fix

Travis: force protobuf 3.0.0b2 for Python 3