Merge branch 'tsqr' of git://github.com/sydha/lapack-1 into sydha-tsqr

Remove duplicate definitions

#67 by turboencabulator

Merge pull request #66 from turboencabulator/pkgconfig

Improve pkgconfig file generation

Merge pull request #73 from mgates3/latb4

make SY/HE imat match LAWN 41 (different than PO)

Merge pull request #78 from oamarques/patch-4

Update zheevr.f

Merge pull request #77 from oamarques/patch-3

Update ssyevr.f

Merge pull request #76 from oamarques/patch-2

Update dsyevr.f

Merge pull request #75 from oamarques/patch-1

Update cheevr.f

Update zheevr.f

Update ssyevr.f

Update dsyevr.f

Update cheevr.f

Tall skinny and short wide routines

Tall skinny and short wide routines

Merge pull request #72 from mgates3/larcm

Add [out] in docs

Add explicit "On entry/exit" in docs

E is output since its contents are modified (destroyed)

make SY/HE imat match LAWN 41 (different than PO)

E is output since its contents are modified (destroyed)

C is output

Merge pull request #64 from cconrads-scicomp/xORCSD2BY1-doc

Doc: describe 2-by-1 CSD identity matrix dimension
Close #27

Merge pull request #62 from cconrads-scicomp/doc-fixes

Doc fixes for xGEEQUB, xGBEQUB, and xPOEQUB

Merge pull request #61 from cconrads-scicomp/improve-xSYEQUB

Improve xSYEQUB/xHEEQUB

Adding Assen for SV, TRF, SV from @iyamazak@icl.utk.edu

Contribution by Ichitaro Yamazaki, University of Tennessee

Note: need to add corresponding LAPACKE routines

Improve pkgconfig file generation

The prefix and libdir lines at the top of the .pc files are variable
declarations.  Set these variables appropriately, reference them in the
rest of the file, and prevent cmake from expanding ${}-style references.
Switch back to @prefix@ and @libdir@ for compatibility with autoconf.

Make the descriptions consistent and update the URLs.

Doc: describe 2-by-1 CSD identity matrix dimension

Doc: fix typos in the xGBEQUB description

Doc: improve xPOEQUB description

- highlight difference to xPOEQU
- replace "symmetric" with "Hermitian" for {c,z}POEQUB

Doc: fix typos in the xGEEQUB description

Revert "Doc: highlight what xPOEQUB actually does"

This reverts commit 3c66ad2c7d6e2e73e369dbd919bba259b42e2f6d.

Doc: highlight what xPOEQUB actually does

Replace the function description taken from xPOEQU, highlight that
scaling factors computed by xPOEQUB do not introduce round-off errors,
and fix the function name in the description.

Reduce workspace size of xSYEQUB, xHEEQUB

- give correct minimum workspace size in the parameter description
- {s,d}SYEQUB, xHEEQUB: use WORK(N+1:2*N) instead of WORK(2N+1:3*N)

Fix xSYEQUB, xHEEQUB formatting

- use standard 7 + 3n indentation
- use scientific notation for real values
- fix spaces around brackets

Remove dead assignments in xSYEQUB, xHEEQUB

Merge pull request #55 from cconrads-scicomp/master

Doc: fix xyyEQUB documentation

Merge pull request #60 from vladimir-ch/fix-lapacke-dlarfb

LAPACKE: fix wrong direction in LAPACKE_?larfb_work

LAPACKE: fix wrong direction in LAPACKE_?larfb_work

Merge pull request #54 from zerothi/test-fail

bug: fixes always failing tests for *TREXC which was erroneous tests

test: added N<0 test for *TREXC

Per the previous commit and Julien, this commit came.

Also added documentation of how arguments are tracked in case N==0.

Signed-off-by: Nick Papior <nickpapior@gmail.com>

Doc: fix xyyEQUB documentation

- fix description of purpose, parameters
- cite the paper "Scaling by Binormalization"

bug: fixes always failing tests for *TREXC which was erroneous tests

There where checks for *TREXC for the argument of N = 0 with a return value
of -7. However, the documentation of the *TREXC routines specify that
N = 0 is a valid argument with instant return.

Hence the checks have been removed and the quick returns established in the
affected routines.

Also comments for [dz]errec.f files are fixed.

Signed-off-by: Nick Papior <nickpapior@gmail.com>

Merge pull request #53 from zerothi/test-unused

maint: removed unused variables in testing routines

maint: removed unused variables in testing routines

Several routines had unused variables

Signed-off-by: Nick Papior <nickpapior@gmail.com>

Merge pull request #51 from vladimir-ch/doc-trevc

?TREVC?: fix definition of left eigenvectors in docs

?TREVC?: fix definition of left eigenvectors in docs

Fix #35 reported by @brandimarte

Fix issue #8 reported by @matzeri on July 21st 2016

Issue was due to missing Doxygen group, and other Doxygen Group related
issue

Merge pull request #50 from zerothi/unused

maint: removed unused variables

maint: removed unused variables

Signed-off-by: Nick Papior <nickpapior@gmail.com>

Typos in comments in /SRC/cbbcsd.f (github issue #49)

See: https://github.com/Reference-LAPACK/lapack/issues/49

Mistake in the comments to CTREVC3 / ZTREVC3 (github issue #48)

See: https://github.com/Reference-LAPACK/lapack/issues/48

Unused var JDUM described in ./TESTING/EIG/serrgg.f

See: https://github.com/Reference-LAPACK/lapack/issues/46
Thanks Elena.
Note: The other three precisions do not have the issue.

Merge pull request #39 from antonio-rojas/master

Fix cblas and lapacke pkgconfig files

Merge pull request #45 from jschueller/testing

Testing

Add the flag `-assume protect_parens` for the Intel Fortran compiler

Suggestion from J. Kay Dewhurst, Max Planck Institute of Microstructure Physics
See: https://github.com/Reference-LAPACK/lapack/issues/43

Merge pull request #40 from zerothi/master

External definitions not called

doc: a missing P in dgeqr2p documention

Signed-off-by: Nick Papior <nickpapior@gmail.com>

bug: external definitions not called, removed

A couple of routines where defining external routines,
but they where never called. These have been removed

Signed-off-by: Nick Papior <nickpapior@gmail.com>

Update lapacke.pc.in

Update cblas.pc.in

Merge pull request #36 from eugenechereshnev/fix-trevc3-bug

Fix incorrect call to GEMM in ctrevc3.f and ztrevc3.f: alpha should have complex type

Fix incorrect call to GEMM in ctrevc3.f and ztrevc3.f: alpha should have complex type

Fix global options definition

Enable CBLAS tests in Travis

Fix CBLAS testing

Merge pull request #33 from vladimir-ch/fix-doc-laqr2

?LAQR2: fix documentation about updated block of Z

Merge pull request #31 from vladimir-ch/lapacke-trexc-ldq-check

LAPACKE_?trexc_work: check ldq conditionally on compq

LAPACKE_?trexc_work: check ldq conditionally on compq

?LAQR2: fix documentation about updated block of Z

Merge pull request #28 from vladimir-ch/fix-trexc-n0

?TREXC: fix range checks for IFST and ILST

?TREXC: fix range checks for IFST and ILST

Merge pull request #24 from vladimir-ch/master

?TREXC: fix documentation for LDQ parameter

Merge pull request #21 from hjmjohnson/AddLAPACKETMGTesting

ENH: Add LAPACKE_WITH_TMG to default testing

Merge pull request #20 from hjmjohnson/FixNightlyTests

Fix nightly tests

?TREXC: fix documentation for LDQ parameter

ENH: Add LAPACKE_WITH_TMG to default testing

In order to maximize code testing options, turn
LAPACKE_WITH_TMG=ON for travis builds.

COMP: Ignore nfs future file modification warning

Many NFS mount points are slightly out of sync with
the build computer.  This cuases warnings that are
not related to the actual codebase.

ENH: Only run python summary tests with compatible versions

The summary tests python script requires features that are
only available in python 2.7 and greater.  If the python
version is insufficient, simply disable the summary tests.

This was identified on a nightly dashboard build zoot.icl.utk.edu
where the python version found is 2.4.

Merge pull request #19 from hjmjohnson/ImproveTravisNaming

Improve travis naming

Merge pull request #15 from hjmjohnson/PreventBadBuildConfigs

Prevent bad build configs

ENH: Improving the travis dashboard name

When submitting to the dashboard, it is nice to have
the patch set name included.

Thanks to:
http://graysonkoonce.com/getting-the-current-branch-name-during-a-pull-request-in-travis-ci/

COMP: Prevent insource builds and inbuild installs

With cmake is best to require out-of-source builds,
and to avoid intalling into the same directory as the
build was performed.

Both of these situations can cause very confusing situations
that can frustrate new users of the software package, so
check for and provide guidance to the end-users.

These files were initially contributed to the ITK
(www.itk.org) project and have been widely re-used
by many other projects.

NOTE: This patch is dependant on pull request #16

ENH: Fix travis build pathing

The travis builds were attempting to be done
inside the source tree.  This is generally considered
bad form since it is possible for dynamically created
files to overwrite static files, and because the
files manages by git should not be confouded with
build files.

COMP: Let travis CI builds submit to the dashboard

The my.cdash.org build reporting site can accept
build reports from the travis build environment.

These reports can assist with identifying problems
with a given pull request.

Merge pull request #13 from hjmjohnson/DefaultToRelease

ENH: Set default build type to "Release"

Merge pull request #12 from hjmjohnson/MoveToGit

Move to git

ENH: Update default ctest configuration options

Testing should be done with Release build configuration
Testing should be done with CBLAS option turned on

COMP: Move to git for cdash testing

This commit resolves #11 by providing ctest script
that pulls from github for running the nightly dashboards
that are displayed at

http://my.cdash.org/index.php?project=LAPACK

ENH: Set default build type to "Release"

One of the most common reasons for using lapack & blas is to
provide efficient computations.

In my experience of working with newcomers to software bulding, I
find that their first experience (and often their first year of
experience) is with the most default build possible.  It is
very common that the first impressions of the software are based on whatever is
produced by "mkdir –p PKG-build; cmake ../PKG; make".

This proposal aims to improve initial impressions of the package by making the
defaults such that the "mkdir –p PKG-build; cmake ../PKG; make" builds
PKG in "Release" mode.

Rational for Release:  It has more support in differnt IDE's by default.
As a default it should be the supportive of those with little or no
software development experience.  Those developers who need debugging
information will likely have the experience needed to know how to change
from the default.  Developers should be smart enough to build
with Debug, but the typical new user is often not educated enough to
change to Release.

Merge pull request #9 from vladimir-ch/master

?LALN2: fix doc for the D2 parameter

?LALN2: fix doc for the D2 parameter

Making FORTRAN compilers happy. Replacing STEMP by STEMP(1) in some subroutine
calls.  Reported by Hans Johnson. Thanks Hans.  Julien.

Merge branch 'hjmjohnson-FixInstalledPathingWithLib64'

Pull request by Hans Johson.  Change some of the relative paths (`lib`) to
absolute paths (`${LIBRARY_DIR}`) in CMAKE.

Merge branch 'hjmjohnson-FixInstalledPathingWithLib64'

Merge branch 'FixInstalledPathingWithLib64' of https://github.com/hjmjohnson/lapack into hjmjohnson-FixInstalledPathingWithLib64

Pull request from Hans Johnson. Move command directives from upper case to
lower case.  Remove replications of conditionals in the "else" "end" parts of
code blocks.

Merge branch 'hjmjohnson-UpdateCMakeSyntax'

Remove CMake-language block-end command arguments

Ancient versions of CMake required else(), endif(), and similar block
termination commands to have arguments matching the command starting the
block.  This is no longer the preferred style.

NOTE: MUST USE GNU compliant version of sed
Run the following shell code:

for c in else endif endforeach endfunction endmacro endwhile; do
    echo 's/\b'"$c"'\(\s*\)(.\+)/'"$c"'\1()/'
done >convert.sed \
&& git ls-files -z -- bootstrap '*.cmake' '*.cmake.in' '*CMakeLists.txt' \
   | xargs -0 gsed -i -f convert.sed \
&& rm convert.sed

STYLE: Convert CMake-language commands to lower case

Ancient CMake versions required upper-case commands.  Later command
names became case-insensitive.  Now the preferred style is lower-case.

Run the following shell code:
NOTE: MUST USE GNU compliant version of sed

cmake --help-command-list \
| grep -v "cmake version" \
| while read c; do
    echo 's/\b'"$(echo $c | tr '[:lower:]' '[:upper:]')"'\(\s*\)(/'"$c"'\1(/g'
  done >convert.sed \
&& git ls-files -z -- bootstrap '*.cmake' '*.cmake.in' '*CMakeLists.txt' \
   | xargs -0 gsed -i -f convert.sed \
&& rm convert.sed

Merge pull request #5 from hjmjohnson/RemoveEndOfLineSpaces

Remove end of line spaces

STYLE: Remove trailing whitespace in Fortran files

This is mostly a long term maintenance improvement.

Many coding styles require elimination of trailing whitespace, and
many editors and source code management configurations automatically
gobble up whitespace. When these tools gobble up whitespace, it
complicates reviewing the meaningful code changes.

By removing whitespace on one patch, it makes future
code reviews much easier.

=SCRIPT====================================================================

if which tempfile &>/dev/null; then
  TEMPMAKER=tempfile
elif which mktemp &>/dev/null; then
  TEMPMAKER=mktemp
else
  echo "Cannot find tempfile program." 2>&1
  exit 1
fi

MYTEMP=$($TEMPMAKER)
trap 'rm -f $MYTEMP' SIGINT SIGTERM

stripit() {
  echo "stripping $1"
  sed 's/[ \t]*$//' "$1" > $MYTEMP
  cp $MYTEMP "$1"
}

if [ $# -gt 0 ]; then
  while [ "$1" != "" ]; do
    stripit $1
    shift
  done
else
  while read -t 2; do
    stripit $REPLY
  done
fi

rm $MYTEMP
=================================================

STYLE: Remove trailing whitespace in MISC files

This is mostly a long term maintenance improvement.

Many coding styles require elimination of trailing whitespace, and
many editors and source code management configurations automatically
gobble up whitespace. When these tools gobble up whitespace, it
complicates reviewing the meaningful code changes.

By removing whitespace on one patch, it makes future
code reviews much easier.

=SCRIPT====================================================================

if which tempfile &>/dev/null; then
  TEMPMAKER=tempfile
elif which mktemp &>/dev/null; then
  TEMPMAKER=mktemp
else
  echo "Cannot find tempfile program." 2>&1
  exit 1
fi

MYTEMP=$($TEMPMAKER)
trap 'rm -f $MYTEMP' SIGINT SIGTERM

stripit() {
  echo "stripping $1"
  sed 's/[ \t]*$//' "$1" > $MYTEMP
  cp $MYTEMP "$1"
}

if [ $# -gt 0 ]; then
  while [ "$1" != "" ]; do
    stripit $1
    shift
  done
else
  while read -t 2; do
    stripit $REPLY
  done
fi

rm $MYTEMP
=================================================