[docs] replace intro slides with caffe tutorial

Merge pull request #997 from ozancaglayn/dev

  [docs] Several documentation fixes

[docs] Several documentation fixes

- Fix a typo and a path in MNIST tutorial
- Rework instructions about Fedora installation

Merge pull request #1001 from drdan14/homebrew-git-repair

  Explain how to fix homebrew to allow updates after editing formulae

Explain how to fix homebrew to allow updates after editing formulae

Merge pull request #977 from ozancaglayan/patch-1

[docs] Update installation docs to include Fedora

default ilsvrc solving to GPU

clarify project origin

FIX web_demo upload was not processing grayscale correctly

fix bug for resizing images.

[docs] Update installation docs to include Fedora

- All the instructions mentioned for CentOS/RHEL are also valid for Fedora Linux so add it.
- The package name for atlas is atlas-devel not libatlas-devel for CentOS/RHEL/Fedora so fix it.
- Add 'sudo' prefix to missing places to be consistent with the rest of the document.
- Add instructions for installing python headers in Fedora into the python support section.
- Update Linux installation section to reflect Fedora, refactor a bit.

[example] add fully-convolutional efficiency note + confidence map

- spell out fully-convolutional efficiency
- add confidence map
- fix input size: 451 x 451 is correct for an 8 x 8 output map by the
  equation input size = 227 + 32(d-1) for output map dimension of d

If specified, --gpu flag overrides SolverParameter solver_mode.

Updated installation docs for OS X 10.9 brew install protobuf as well

Updated documentation to include instructions to install protobuf with Python support on Mac OS X

[docs] fix citation bibtex

[example] set phase test for fully-convolutional model

[example] include imports in net surgery

Tried to clarify function of `include' lines and train vs. test network differences

Updated ImageNet Tutorial to reflect new merged train+val prototxt format. Also corrected 4,500,000 iterations  -> 450,000 iterations.

[docs] update docs generation for notebook metadata

[example] change notebook name metadata to avoid conflict

see https://github.com/ipython/ipython/issues/5686

[example] fix plt commands in detection

use plt namespace for imshow in filter_visualization.ipynb

Fixed the GPU implementation of EuclideanLoss to report the loss to the top layer

[examples] fix links in feature extraction

[docs] ‘maximally accurate’ in the web demo explanation. closes #905

[docs] [fix] closes #899

[docs] sorting of examples. if doesn’t work for you, update jekyll.

default raw_scale in python scripts to ImageNet model value

[docs] fix example links from install guide

output loss for caffenet and alexnet train/val models

Fix the gflags namespace issue

[example] fix example names

Merge pull request #880 from BVLC/next

Next: 0.9999

[docs] fix find complaint in example gathering script

[example] fix broken links in ImageNet recipe

Back-merge documentation and fixes

Merge pull request #872 from shelhamer/caffe-tool

Improve caffe tool

consolidate gpu and device_id args in caffe tool

update cli usage in examples

fix deprecation warnings

consolidate test into caffe cli

comment caffe cli

check required caffe cli args

rename caffe cli args and revise text

give usage message for caffe cli

- call format
- commands
- flags

output INFO from caffe cli to stderr by default

consolidaet GPU flag for caffe cli

rename tools

Painless binary mean conversion to matlab matrices.

Merge pull request #868 from shelhamer/license-copyright

Clarify the license and copyright terms of the project

lint for copyright

[docs] detail attribution, license, and copyright for development

LICENSE governs the whole project so strip file headers

clarify the license and copyright terms of the project

As has been the case, contributions are copyright their respective
contributors and the project is BSD-2 licensed. By contributing to the
project, contributors release their contributions under these copyright
and license terms as declared in LICENSE.

Merge pull request #816 from shelhamer/pycaffe-labels-grayscale-attrs-examples

Improve and polish pycaffe

drop np.asarray() in favor of declaration (~1.75x speedup)

fix pycaffe context cropping with or without mean

take array in pycaffe `Net.set_mean()` instead of file path

fix pycaffe input processing

- load an image as [0,1] single / np.float32 according to Python convention
- fix input scaling during preprocessing:
  - scale input for preprocessing by `raw_scale` e.g. to map an image
    to [0, 255] for the CaffeNet and AlexNet ImageNet models
  - scale feature space by `input_scale` after mean subtraction
  - switch examples to raw scale for ImageNet models
  - fix #525
- preserve type after resizing.
- resize 1, 3, or K channel images with special casing between
  skimage.transform (1 and 3) and scipy.ndimage (K) for speed

[example] include prediction in classification, time on GTX 770

[example] fix example outputs

With the right input processing, the actual image classification output
is sensible.

- filter visualization example's top prediction is "tabby cat"
- net surgery fully-convolutional output map is better

Fix incorrect class names too.

[example] add caffe to pythonpath in all examples

define caffe.Net input preprocessing members by boost::python

define `Net.{mean, input_scale, channel_swap}` on the boost::python side
so that the members always exist. drop ugly initialization logic.

Merge pull request #856 from jeffdonahue/lint-tweaks

add header alphabetization to lint checks

Merge pull request #859 from beam2d/fix-cifar-lrn-region

Fix conflict on setting of LRN layers between train/test net and deploy net

Fix conflict on setting of LRN layers between train/test net and deploy net

Fix header alphabetization lint errors.

Enable the 'build/include_alpha' rules to make lint check that the
includes are correctly alphabetized.

Add "lintclean" target to remove current lint outputs -- forces lint to
be run again next time "make lint" is run.

Changed path in description to point to parse_log.sh

It seems that parse_log.sh has moved from /path/to/caffe/scripts/ to /path/to/caffe/tools/extra. The edit changes the description to reflect this change. Nothing major really.

Merge pull request #855 from jeffdonahue/sgd-solver-test

SGDSolver tests

Add (momentum) SGD solver tests to check that learning rate, weight
decay, and momentum are implemented properly on a least squares problem.

Add 'snapshot_after_train' to SolverParameter to override the final
snapshot.

modified test_concat_layer.cpp

Merge pull request #848 from netheril96/random

Fix and improve multiple places about random number generation and shuffling

Fix and improve multiple places about random number generation and
shuffling

Merge pull request #834 from qipeng/dev

Included cmath in common.hpp to avoid isnan complaints from the xcode co...

Merge pull request #840 from jeffdonahue/fix-net-speedtest

Fix speed test tool (and possibly others); add script to speedtest imagenet

Fix speedtest (and possibly other tools) by setting the net phase to the
current Caffe::phase() unless explicitly specified in the state.

Add tests for phase filtering according to Caffe singleton phase
(currently failing as FilterNet ignores the singleton phase).

Add script to speedtest imagenet (currently broken as FilterNet ignores
Caffe::phase()).

Merge pull request #839 from jeffdonahue/test-dropout-ratio

Test that DropoutLayer obeys dropout_ratio

Test that DropoutLayer obeys dropout_ratio.

fix compiler complaint in matcaffe

fixed unnecessary conversions in test_solver, and rearraged common.hpp a bit

lint

the compiler complains about solver tests using pointers as bool

turns out you need using::isnan too

Included cmath in common.hpp to avoid isnan complaints from the xcode compiler

[example] fix imagenet classification typo

Merge pull request #825 from shelhamer/mailing-list

Announce caffe-users mailing list

[example] include image dimensions for oversampling

[docs] announce caffe-users

[example] standardize imagenet leveldb names

[fix] adding requirements.txt for web_demo. Closes #704

[docs] contact us on webpage

link OpenBLAS as blas

OpenBLAS is most easily configured by `update-alternatives` or other
symlink strategies.

See https://github.com/BVLC/caffe/issues/314#issuecomment-40703048

[docs] install update: dependencies, CPU-only, Ubuntu 14.04

- update dependency versions
- document CPU-only build
- add Ubuntu 14.04 details
- include LMDB
- warn about defective CUDA driver series 331.*