Merge pull request #1473 from longjon/pytest

Python testing

hdf5_save_nd_dataset takes a const string& (instead of const string)

Back-merge fixes + docs

and other fixes and documentation updates.

Merge pull request #1756 from jeffdonahue/max-total-bytes-limit

Max out the protobuf file read size limit

SetTotalBytesLimit to the max (2 GB minus 1 byte)

Merge pull request #1747 from yosinski/doc-up

Updated doc to suggest boost 1.57

Updated doc to suggest boost 1.57

Merge pull request #1434 from pcampr/patch-1

fixed filename in build_docs.sh

Make comments for sparse GaussianFiller match actual behavior

(Fixes #1497 reported by @denizyuret)

Update interfaces.md file

Proofread and update the /docs/tutorial/interfaces.md file.

Merge pull request #1388 from rohitgirdhar/cifar_docu_bug

[docs] run CIFAR10 example from caffe root

Merge pull request #1704 from longjon/friendlier-link-messages

Makefile: friendlier messages for link commands

[docs] OpenCV version >= 2.4

Merge pull request #1705 from longjon/origin-rpath

Makefile: specify RPATH using $ORIGIN

Merge pull request #1686 from longjon/net-const

Improve const-ness of Net

Merge pull request #1662 from seanbell/fix-python-resize_image

Fix caffe.io.resize_image for the case of constant images

Merge pull request #1728 from shelhamer/pycaffe-mode-phase-device

Change Python interface for mode, phase, and device

check for enough args to convert_imageset

(this might better be handled by making all args flags...)

Merge pull request #1236 from mlapin/legacy_nvcc_support

Drop OpenCV includes from NVCC code for legacy reasons.

Merge pull request #1740 from shelhamer/yosemite-makefile

Support OS X Yosemite / 10.10

lint internal thread

Merge pull request #1335 from ryotat/master

Fix leaking thread and groom internal thread implementation.

support OS X Yosemite / 10.10

- pick libstdc++ for OS X (regardless of version)
- make gtest rely on its own tuple to not conflict with clang
  (thanks @pluskid!)
- 10.10 has Accelerate while 10.9 has vecLib for BLAS
  (thanks @leonardt and @drdan14)

set mode, phase, device in pycaffe; fix #1700

Attach mode, phase, and device setters to caffe module itself
so that these can be set before making nets. This is needed to properly
initialize layers with the right device and phase configuration.

Update examples to new usage.

Merge pull request #1724 from pannous/wtf

Tell users to go to the caffe-users mailing list

Message: Please ask usage questions and how to model different tasks on the caffe-users mailing list

[build] specify RPATH using $ORIGIN

Currently, when dynamically linking against libcaffe (right now, only
done for tests), RPATH is specified relative to the caffe source root.
This commit fixes RPATH using the special $ORIGIN variable to be
relative to the executable itself, so that there is no dependence on the
working directory.

[build] more meaningful messages for link commands

fix typo in layer_factory.cpp

improve const-ness of Net

BVLC models are for unrestricted use (follow-up to #1650)

[pycaffe] basic, partial testing of Net and SGDSolver

[travis] run pytest

[travis] remove unneeded Makefile.config sed hacking

Make allows variable redefinition, so sed brittleness can be avoided.

add "make pytest" for running Python tests

Merge pull request #1228 from longjon/solver-step

Refactor Solver to allow interactive stepping

[pycaffe] expose SGDSolver.step

break out Step from Solver

Merge pull request #1650 from shelhamer/unrestricted-bvlc-models

Open release of BVLC model weights

fixed resize_image for the case of constant images

Merge pull request #1661 from longjon/init-test-labels

Fix sketchy label initialization in NetTest

[tests] don't use Gaussian labels in NetTest's TinyNet

Previously, labels were being nonsensically filled with a zero-mean
Gaussian. Now they are just set to constant zero. Note that this is not
necessary for TrickyNet, neither forward nor backward are ever called.

Merge pull request #1658 from jeffdonahue/make-everything-tweaks

'make everything' tweaks

don't do runtest as part of 'make everything'

only build matcaffe as part of 'make everything' if MATLAB_DIR is set

Merge pull request #1656 from longjon/fix-softmax-loss-stubs

Fix an error made in removing the SoftmaxLossLayer GPU stubs

Merge pull request #1449 from mprat/patch-1

add pyyaml requirement for python

remove SoftmaxLossLayer CPU_ONLY stubs, since there is no GPU version

Merge pull request #1655 from longjon/softmax-loss-todo

Move softmax loss GPU todo comment from .cu file to header file

move softmax loss GPU todo comment to header file

There's no need to have GPU stubs just for a comment, and the absence of
a GPU-specific implementation is made more obvious by the nonexistence
of the .cu file.

Merge pull request #1648 from longjon/find-warnings

Fix find warnings in upload_model_to_gist.sh

[docs] open release of BVLC models for unrestricted use

See BVLC model license details on the model zoo page.

[docs] groom model zoo intro + list

Merge pull request #1561 from longjon/pretty-build

Pretty up the build

[scripts] fix find warnings in upload_model_to_gist.sh

Better instructions for updating Homebrew after modifying formulae

Previous instructions glossed over how to deal with OpenCV-related update problems

Merge pull request #1612 from sguada/googlenet_master

BVLC GoogLeNet

Merge pull request #1645 from longjon/remove-get-layer

Remove unused GetLayer function (replaced by LayerRegistry::CreateLayer)

remove unused GetLayer function (replaced by LayerRegistry::CreateLayer)

pretty the build with the Q variable

Unset Q (in the environment) to see full commands, or edit in
Makefile.config.

Merge pull request #1472 from longjon/incremental-build

Makefile improvements: rule consolidation, dependency generation

automatic dependency generation

Merge pull request #1636 from longjon/get-layer-gone

Holiday merge - Update use of GetLayer to new registry function

update use of GetLayer -> LayerRegistry::CreateLayer

Merge pull request #1585 from longjon/check-malloc

Check host malloc result

Warning of fallback only the first time for cudnn_pooling_layer

Merge pull request #1607 from kjkjava/master

Use valid MathJax delimiters.

Added credits and bvlc_googlenet to model_zoo.md

Added credits for training bvlc models

Added bvlc_googlenet prototxt and weights

Fix init current_step

Adapt lenet_multistep_solver.prototxt to current solvers

Added Multistep, Poly and Sigmoid learning rate decay policies

Conflicts:
include/caffe/solver.hpp
src/caffe/proto/caffe.proto
src/caffe/solver.cpp

Display averaged loss over the last several iterations

Merge pull request #1608 from sguada/added_credits

Add credits for training BVLC Models

Added credits and bvlc_googlenet to model_zoo.md

Added credits for training bvlc models

Merge pull request #1598 from sguada/bvlc_googlenet

Added bvlc_googlenet prototxt and weights

Added bvlc_googlenet prototxt and weights

Fix minor typos in strings.

Use valid MathJax delimiters.

MathJax does not support $ as a delimiter by default, so math was not
displayed properly on the “Forward and Backward” page.

Merge pull request #1551 from schenker/fix_image_data_layer_segfault

Add CHECKs to prevent segfault for incorrect IMAGE_DATA layers.

Add CHECKs to prevent segfault for incorrect IMAGE_DATA layers.

Incomplete IMAGE_DATA layers cause a segmentation fault, e.g.:

layers {
  name: "mnist"
  type: IMAGE_DATA
  top: "data"
  top: "label"
  image_data_param {
    batch_size: 100
  }
  include: { phase: TRAIN }
}

or

layers {
  name: "mnist"
  type: IMAGE_DATA
  top: "data"
  top: "label"
  data_param {
    source: "./data/train.txt"
    batch_size: 100
  }
  include: { phase: TRAIN }
}

Also empty image list files cause a segfault.
This is fixed by adding 3 CHECK instructions.

check host malloc result

Merge pull request #1558 from hojonathanho/hdf5_error_msg

Check input line count in HDF5 data layer

move cuda output from build/.../.cuo -> build/cuda/.../.o

This will allow nvcc's -M dependency generation option to work
harmoniously, since it assumes that output will have a .o extension.

automatic discovery of source directories

consolidate build rules for object files

remove extra blank line

Check input line count in HDF5 data layer

Merge pull request #1384 from CellScope/log-parser-python

Python log parser

Store data in lists of dicts and use csv package

Output format is unchanged (except that csv.DictWriter insists on writing ints as 0.0 instead of 0)

Take train loss from `Iteration N, loss = X` lines

Was previously using `Train net output #M: loss = X` lines, but there may not be exactly one of those (e.g., for GoogLeNet, which has multiple loss layers); I believe that `Iteration N, loss = X` is the aggregated loss.

If there's only one loss layer, these two values will be equal and it won't matter. Otherwise, we presumably want to report the aggregated loss.

Created parse_log.py, competitor to parse_log.sh

Merge pull request #1406 from CellScope/matcaffe-osx-fix-crash-on-error

Prevent Matlab on OS X from crashing on error

Merge pull request #1516 from drdan14/update-homebrew-install-instructions

Better instructions for updating Homebrew after modifying formulae

Merge pull request #1527 from drdan14/classify-py-mean-dims

Update mean file help

clarify #endif comment

compile for compute capability 5.0

Update mean file help

Numpy array dimensions should be [Channels x Height x Width], NOT [Height x Width x Channels]

If an image mean file is supplied with channels as the last dimension, classify.py throws errors like:

ValueError: operands could not be broadcast together with shapes (3,227,227) (256,0,225) (3,227,227)