merge errors for number only mode

Add Julien's suggestions

[ minor edits ]

suggestions:

1) combine Illegal Error and Info Error as one number in the SUMMARY

2) give % values in addition in the SUMMARY, something like: 203 (.01%)

First try to get a nice script to analyze the LAPACK testing.

Below is the help that goes with it.
Please send feedback. I tired to include several levels of output and several kind of errors
So far, I just tested it on my machine, that has no major problems.
I just tested "numerical errors", not "illegal error" neither "info error".

The goal is to have our nightly testing use it and also users.

TO DO:
  - Test other kinds of errors on machines
  - See to include it in ctest and buildbot (need to contact Don and Brad/Chuck)
  - See if a type of error option is required.

./lapack_testing.py [-h|--help] [-s |--short] [-f |--file] [-e |--error] [-p p |--prec p] [-t test |--test test] [-n | --number]
     - h is to print this message
     - f is to use directly the output of the LAPACK testing (.out files). By default, the script will run all the LAPACK tests
 LEVEL OF OUTPUT
     - x is to print a detailed summary
     - e is to print only the error summary
     - s is to print a short summary
     - n is to print the numbers of failing tests (turn on summary mode)
 SECLECTION OF TESTS:
     - p [s/c/d/z] is to indicate the PRECISION to run:
            s=single
            d=double
            c=complex
            z=double complex
            x=all [DEFAULT]
     - t [lin/eig/mixed/rfp/all] is to indicate which TEST FAMILY to run:
            lin=Linear Equation
            eig=Eigen Problems
            mixed=mixed-precision
            rfp=rfp format
            all=all tests [DEFAULT]
 EXAMPLES:
     ./lapack_testing.py -n -f
            Will return the numbers of failed tests by analyzing the LAPACK output
     ./lapack_testing.py -n -f -p s
            Will return the numbers of failed tests in REAL precision by analyzing the LAPACK output
     ./lapack_testing.py -n -f -p s -t eig
            Will return the numbers of failed tests in REAL precision by analyzing only the LAPACK output of EIGEN testings
Written by Julie Langou (June 2011)

Added N*N to LWEDC (and LRWEDC for complex cases) to reflect updated LWORK requirements (see commit r984 in SRC).

Update the name change (rev 985) for the CMAKE build

Following Yana Gurieva (INTEL) 's comment
"Why does Lapack have the routines named ?la_rpvgrw if they are intended for general matrices? Should not their names be ?la_gerpvgrw instead?"

THIS IS THUS A CHANGE IN INTERFACE

added an additional "N*N" to xSTEDC workspace "WORK" to correct problem with LWORK being too small in some cases in the 'V' option when eigenvectors are computed for the dense matrix.

Summer cleanup
Cleanup some codes, like unused variables.
Used -Walls to detect problems.

Added IF statement to prevent potential out of range errors with "K+1" indices.

For Yana Gurieva (Intel), see forum post 2508 on Tue Jun 7th, 2011.

Typo in the description of cla_porcond_c and cla_porcond_x.
( zla_porcond_c and zla_porcond_x are good, just the c versions have the typos.)

See post on the forum 2501 of Yana Gurieva from Intel.  This fixes some typos
in the comments about the **T and **H.  Proof that it was a good idea to make
clear what this $#@! "A'" meant. (In this case it was used to mean either A**T
in the case of cgtsv or A**H in the case of claqsb.)

Correct a workspace requirement comment in cbdsqr and zbdsqr
For case 1, the routine will call DLASCL that requires a 4*N workspace.

Following a bug report from Hatem:

I am calling this function to only compute the singular
values from the bidiagonal matrix I just got after the 2nd stage.
The function comments say that the workspace should be
case 1: 2*N if NCVT = NRU = NCC = 0 (basically no singular vectors computed)
case 2: 4*N-4 otherwise.
I allocated the corresponding size for work in my program (i.e. 2*N) and
call the lapackE interface of this function (LAPACKE_zbdsqr_work).
And I get a "double free or corruption (!prev)" when I deallocate
work.
When I call instead LAPACKE_zbdsqr (I let the wrapper
now doing the allocation of work), it passes.
I looked inside LAPACKE_zbdsqr to check the size of work and
it seems to be 4*N across the board (for both cases 1 and 2).
Now, if I call back LAPACKE_zbdsqr_work and I allocate work
using 4*N, it passes.
Is it a bug?
Thanks for your time,
Hatem

Correction for Tobias.
To get the manpages correcty generated.

From Tobias:
|RPMLINT prints the following warning - and I think it is correct that
Fortran's .NOT. is misread as NOT. macro.

Tobias

RPMLINT report:
===============
lapack-man.noarch: W: manual-page-warning
/usr/share/man/man3/slaqr3.3.gz 351: warning: macro `NOT.BULGE' not defined
lapack-man.noarch: W: manual-page-warning
/usr/share/man/man3/dlaqr3.3.gz 351: warning: macro `NOT.BULGE' not defined
lapack-man.noarch: W: manual-page-warning
/usr/share/man/man3/lsametst.3.gz 53: warning: macro `NOT.LSAME(' not
defined
lapack-man.noarch: W: manual-page-warning
/usr/share/man/man3/slaqr2.3.gz 317: warning: macro `NOT.BULGE' not defined
lapack-man.noarch: W: manual-page-warning
/usr/share/man/man3/dlaqr2.3.gz 317: warning: macro `NOT.BULGE' not defined
This man page may contain problems that can cause it not to be formatted as
intended.|

fixed problems with zero matrix and scan

Apply Sebastien Fabbro patch for the cmake build.

"Two more fixes for the cmake files of lapack-3.3.1:
1) syntax consistency for BLAS_LIBRARIES
2) link lapack with xblas when xblas is enabled"

Update the comment of ABSTOL according to Sven's recommendation

Update ilaver and make.inc to 3.3.1

Update Version Number in CMAKE

Update README for 3.3.1

Upadte header for the modified routine for the 3.3.1 release

Second and hopefully last pass to homgenize notation for transpose (**T) and conjugate transpose (**H)
Corresponds to bug0024

Please take a look and let me know if you find some old notation of transpose.
I am going to close bug0024.
Julie

decreased EPS by a factor of 0.9 to correct problem with orthogonality of U in certain cases

Correct bug0077 : [DS]GESVD Minimum Worksize comments need clarification
Depending on the PATH, the minimum workspace is not the same.

First pass for BLAS to homgenize notation for transpose (**T) and conjugate transpose (**H)
Corresponds to bug0024

First pass to homgenize notation for transpose (**T) and conjugate transpose (**H)
Corresponds to bug0024

While looking if bug0022 was corrected, found that some comments were not updated
bug0022 was indeed corrected by Zlatko

Remove GO TO STATEMENT in DROTMG/DROTM and SROTMG/SROTM.

Incorporate OLD Testings from ACM Collected algorithms : algorithm 539
for:
   - DROTMG/SROTMG
   - DROTM/SROTM
   - DSDOT / SDSDOT

All BLAS routines are now tested.
Now up to us to change the BLAS but at least this is consistent.

Remove the easy GO TO statments....still 13 to remove in drotm.f and 36 in drotmg.f

Formating code, use of * for comment, and follow other LAPACK style

Added missing Further Details description of V (copied from xLARFT)

Remove multiple definition of cpotrs

Added compiler options needed for HP Fortran

- Chuck Atkins (Kitware)

Correct bug 0076 reported by Intel Team on lapack forum
Problem in ?(sy/he)tri2 was found.

For matrices with small N subroutine pass parameter NBMAX to ?(sy/he)tri2x which could be large than N.
In test for this functionality this is hide. Local test subroutine ilaenv.f pass proper values of NB. But if use ordinary ilaenv we will get mistake.

If we implemented

IF ( NBMAX .GE. N ) THEN
MINSIZE = N
ELSE
MINSIZE = (N+NBMAX+1)*(NBMAX+3)
END IF

and will call

IF( NBMAX .GE. N ) THEN
CALL SSYTRI( UPLO, N, A, LDA, IPIV, WORK, INFO )
ELSE
CALL SSYTRI2X( UPLO, N, A, LDA, IPIV, WORK, NBMAX, INFO )
END IF

the problem will be solved.

Some other minor changes on workspace query.

Correct Workspace Query to make sure we return the max of LWORKOPT and LWORKMIN

Correct and Add Error exit tests for *errtz
Test the case where N=M (Workspace should be 1), so put LWORK at 0 to make it failed
Test the case where N!=M (Workspace should be more than MAX(1,M)), so put M=2, N=3 ans LWORK at 1 to make it failed

Correct some typos in [dz]drgsx testings.

One more workspace problem fixed...

The c generated code should be better now

Fix some workspace query problems found with the new interface

replaced "do/exit" scan logic with do while loop
fixes bug0075 and bug0035

Added warning suppressions for the Intel compiler on Windows

- Chuck Atkins (Kitware)

Wrapped lines that extended past 72 columns

- Chuck Atkins (Kitware)

Corrected a typo in the output message when setting optimization level

- Chuck Atkins (Kitware)

Re-worked type-size checks to search for differnt sizes for different types

- Chuck Atkins (Kitware)

Added a status message when using the supplied NETLIB BLAS

- Chuck Atkins (Kitware)

Recude RELEASE optimization level from O>3 to O2

- Chuck Atkins (Kitware)

changed matrix norm to 'M' (max) from 'I' (inf) for scaling of input matrix
and added check for zero norm in xSTERF (the xSTEQR already had this check)
this fixes the issue reported in bug0036

removed confusing comments about JMAX, resolves bug0034

removed confusing comments about JMAX, resolves bug0034

fixes bug0027: removed incorrect description of output of H (they are not in standard form)

Correct precision generation problem

Fix bug 0074

Post from Alexander Kobotov (INTEL)
In LAPACK 3.3 ?(SY/HE)SV are updated to use TRS2.
The TRS2 requires WORK(N) to operate, whereas in SV requirements for LWORK just to be >=1.
There is no any check in SV if LWORK>=N, the array WORK just passed as it is to TRS2.
So if LWORK<N a crash could occur while executing TRS2 due to overuse of allocated workspace.

I guess for the case of LWORK<N just previsous Level2 based ?(SY/HE)TRS should be used.

Fix Bug 0073: [Re] Add dummy routine in timer to avoid compiler problem

Bug reported by John Tellefson to LAPACK Mailing List on February 7th.
Dummy routine was removed in LAPACK 3.3.0 because it seems it was working on all machines.
[Re] Incorporation of the dummy routine and incorporate John's suggested cosmectic changes to allow
an easier change in number of operation to perform.

"modified secondtst.f from lapack-3.2.2 with the old
code that makes it reliably report timing loop results. I also added a
variable TOTAL to simplify changes in setting array size and iterations
which affect total flops and made few other changes.

Move CMake files to a subdirectory

- Brad King (Kitware)

Link tmglib test library to lapack

The library uses symbols from lapack and so should link to it.
Previously this was not noticed because static libraries do not
really link and the test executables link to lapack anyway.

- Brad King (Kitware)

Organize binaries into bin and lib directories

Put executables under 'bin' and libraries under 'lib'.  This is needed
on Windows with shared library builds to put the .dll and .exe files
together for running tests without setting PATH.

- Brad King (Kitware)

Restore CMake packaging removed in r858

- Brad King (Kitware)

Revert "Restore CMake packaging removed in r858"

This reverts commit e725dc754dd87ed45f21ba6981fca6dbc0530aa3.

Revert "Organize binaries into bin and lib directories"

This reverts commit e3b5f531553c176a009f41b6a312b0c11b955fd6.

Revert "Link tmglib test library to lapack"

This reverts commit 5070d8d0b7690496561a26f5849d6f80a8727d93.

Revert "Move CMake files to a subdirectory"

This reverts commit bc425c443232cf9737afcce38753f79963d31e0a.

Move CMake files to a subdirectory

Link tmglib test library to lapack

The library uses symbols from lapack and so should link to it.
Previously this was not noticed because static libraries do not
really link and the test executables link to lapack anyway.

Organize binaries into bin and lib directories

Put executables under 'bin' and libraries under 'lib'.  This is needed
on Windows with shared library builds to put the .dll and .exe files
together for running tests without setting PATH.

Restore CMake packaging removed in r858

Fix bug 0072 reported by Inge Gutheil on February 3rd 2011

From Inge:
In the tests,
TESTING/EIG/cchkhs.f (similar in zchkhs.f) in line 492 N = NN ( JSIZE )
is set. If NN( JSIZE ) is zero, CCOPY (N-1,....) gives an error message
and the test breaks. In the real versions dchkhs after N = NN ( JSIZE )
there is
IF ( N .EQ. 0 ) GO TO 270, so there DCOPY does not exit with an error
message.
I think the same statement should be added in the complex version to
avoid copying -1 element.

Change from Christof (Voemel) sent on Mon, 31 Jan 2011.

*********************************************************************
change
         IF( USEDQD ) THEN
*           The initial SIGMA was to the outer end of the spectrum
*           the matrix is definite and we need not retreat.
            TAU = SPDIAM*EPS*N + TWO*PIVMIN
         ELSE
into
         IF( USEDQD ) THEN
*           The initial SIGMA was to the outer end of the spectrum
*           the matrix is definite and we need not retreat.
            TAU = SPDIAM*EPS*N + TWO*PIVMIN
            TAU = MAX( TAU,TWO*EPS*ABS(SIGMA) )
         ELSE

that is, with an added line to prevent TAU from becoming zero
            TAU = MAX( TAU,TWO*EPS*ABS(SIGMA) )
*********************************************************************

Thanks Christof!

Fix bug0070 :  IWORK dimension is incorrect
  bug report sent by nmozarto on Jan 27th
  see forum topic 2156

From Brian:
 The correct dimension is (M-R), in which R is the smallest of P, M-P, Q, and M-Q.
 An M-by-M matrix is partitioned into a 2-by-2 block structure. The
 dimensions of the blocks are P-by-Q, P-by-(M-Q), (M-P)-by-Q, and
 (M-P)-by-(M-Q). IWORK is involved in the permutation of rows or
 columns of these blocks, and it is the largest block, in terms of
 number of rows or columns, that determines the size of IWORK.

Correct bug0069
Bug was sent by nmozarto on Jan 27th (see forum topic 2156)

Problem in new function ?SYTRI2 was found: the part of A below the diagonal is changed in the case UPLO='U' .
But in the description of arguments
If UPLO = 'U', the upper triangular part of the
inverse is formed and the part of A below the diagonal is not
referenced; if UPLO = 'L' the lower triangular part of the
inverse is formed and the part of A above the diagonal is
not referenced.

These elements zeroized after calling ?GEMM function in ?SYTRI2X.
CALL SGEMM('T','N',NNB,NNB,CUT,ONE,A(1,CUT+1),LDA,
$ WORK,N+NB+1, ZERO, A(CUT+1,CUT+1), LDA)

Same for hetrs2 routines

Follow-up: fix for new routines to handle LDA
See bug0067

1) Je viens de modifier le fichier timer_dsytri2.c de telle sorte a ce qu'il
traite les matrices avec des lda.
Exemple:

> gfortran timer_dsytri2.c /Users/langou/Documents/lapack-dev-trunk.svn/lapack_LINUX.a -framework vecLib
> ./a.out -U -lda 1079 -n 100
DSYTRI2 info=0, check=1.891597e-14
Dispo dans ldlt.git. Marche bien. Upper ou Lower. LDA different de N ou pas. Le
check est
|| A . inv(A) - I || / || A ||
(Je pense que il faut diviser par || A || * || inv(A) ||, pas tres important.)

2) Du coup, dans ce commit, je rectifie tous les codes. Cela compile. Je n'ai
pas verifie les testings. Je n'ai pas ecrit de driver pour verifier. (Le driver
n'est que pour la version DOUBLE.)

JL

bon maintenant, ca compile ... (desole)

J'ai lu le code vite fait. Comme ca, ca devrait marcher. Je n'ai pas verifie.
Je n'ai meme pas essaye de compiler en fait. En gros mettre LDA en parametre,
definir A comme etant A( LDA, N ) et pour l'increment du swap mettre LDA a la
place de N quand tu travailles sur les lignes. Donc c'est tout con.

Donc il faut ecrire un driver qui teste ca avec une LDA differente de N ... Et
appliquer les modifications aux autres routines CHE, CSY, ZHE, ZSY et SSY.

Sinon pourquoi dans DSYSWAPR, est ce que tu utilises DSWAP de temps en temps,
et de temps en temps tu le fais a la main?  Je n'ai pas regarde les details.

JL.

Include Zlatko changes following Paul Roberts from NAG report

Message from Zlatko:

The following changes are made in the
current version of the code:

1. in dgejsv, sgejsv:

- a typo in checking the parameters LSVEC.OR.LSVEC
  has been changed to LSVEC.OR.RSVEC
- the length of WORK, LWORK, its description
  and the minimal length for different JOBs
  have been revised and corrected
- in a call to xGESVJ with WORK(N+1), the length
  of the workspace is set to the correct value of
  LWORK-N, instead of the incorrect LWORK
- a missing RETURN after a call to XERBLA
  has been inserted
- In the case of zero matrix on input, IWORK(3)
  is set to ZERO, to correspond to the description
  of IWORK in other nontrivial cases
2. in all routines
- simple editing so that the single and
  the corresponding double routines have matching
  lines in the source codes.

Correct multiple definition in the lapack lib (See forum topic 2099 - Bruno)

Adding new hetri routines

Remove the last compiler directive

Remove outdated compiler directives

Suppress warning because of undefined variable

Suppress a warning from SUN compilers when building exclusively for your native
platform.

- Chuck Atkins (Kitware)

Suppress harmless linker warnings on IRIX + MIPSpro

- Chuck Atkins (Kitware)

Removed output truncation on ctest submissions.

- Chuck Atkins (Kitware)

Fix object needed for targets in CMAKE build

minor fix following compiler warnings: remove unused variable and change digit output format

minor fix: add comment to warn that vector and matrix arguments are not referenced when N = 0, or M = 0

Re-worked the type size check to be much more compact

- Chuck Atkins (Kitware)

Added acml_mv to the ACML link libraries

- Chuck Atkins (Kitware)

1.  Adjusted regex checks in CheckLAPACKCompilerFlags.cmake to be more compact
2.  Added CheckFortranIntSize.cmake to auto-determine the default integer size
3.  Added more auto-detection features using integer size and compiler checks in FindBLAS.cmake

- Chuck Atkins (Kitware)

Display the test's output to stdout after a run so it can be viewed on the dashboard.

- Chuck Atkins (Kitware)

1.  Fixed a typo in FindBLAS for SGI (SCCL should have been SCSL) and 2.  Fixed compiler flag check for SunPro to use ftrap=%none instead of ftrap=none.

- Chuck Atkins (Kitware)

1.  Added support for both IBM XL Fortran and IBM VisualAge Fortran
2.  Added libblas to ESSL libs to cover missing functionality from ESSL
3.  Renamed ESSL_6464, ESSL_SMP, and ESSL_SMP_6464 to ESSL6464, ESSLSMP, and ESSLSMP6464 respectively to mimic the actual library names.
4.  Added copyright notice to CheckLAPACKCompilerFlags

- Chuck Atkins (Kitware)

Fixed a bug in the IBM compiler options (-ffixed-form -> -qfixed).

- Chuck Atkins (Kitware)

Added checks disable floating point exceptions for GNU, Intel, Sun, and IBM compilers and to enforce fixed-form for IBM compilers.

- Chuck Atkins (Kitware)

Fixed FindBLAS for Sun Performance Library

- Chuck Atkins (Kitware)

Added a CTestCustom.cmake file to filter unwanted files from code coverage and suppress harmless warnings on the dashboard.

- Chuck Atkins (Kitware)

Adding Peng Du's name in the authors of the variants.

1.  Corrected the way linker flags from FindBLAS are being used
2.  Changed LOOK_FOR_OPTIMIZED_BLAS to USE_OPTIMIZED_BLAS per CMake convention
3.  Changed BLAS_VENDORS to use library names instead of manufacturer names:
    From: BLAS_VENDORS=AMD;IBM;INTEL;HP;SUN etc
      To: BLAS_VENDORS=ACML;ESSL;MKL;VECLIB;PERFLIB
    This seems to be a more intuitive interface
4.  Added support for Intel MKL single dynamic library

- Chuck Atkins (Kitware)

 Merge some of Sebastien Fabbro's patch for CMAKE

Added compiler flags from FindBLAS.