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Back-merge documentation updates from master

Draft development guidelines, link from README
minor readme polish
add hardware notes to installation
outline pull request etiquette
polish doc build and deploy and allow other remotes
fix path for mnist leveldb creation
fix examples shell scripts: too many dollar signs, not enough coffee
fix formatting + notebook url of 8c245b5
update detection example post re-arrangement in #124

Draft development guidelines, link from README

minor readme polish

Merge pull request #181 from chyojn/absolute_path_of_script

use absolute path in parselog script

Merge pull request #125 from sguada/concat_layer

Concat layer

use absolute path in script

Splited concat_layer into .cpp and .cu, cleaned lint errors

Fixed test to pass and don't exhaustive search since it takes too long

Added Tests for Concat Layer, and passed

Added concat_dim to caffe.proto and ConcatLayer to set of layers

Code for concat_layer for concat along num and channels dimensions

fix include order for pycaffe on osx, override lint

add hardware notes to installation

outline pull request etiquette

Merge pull request #176 from jeffdonahue/osx-make-lint-fix

Fix 'make lint' in OSX

fix 'make lint' in OSX:
seems that NONGEN_CXX_SRCS wasn't getting populated in OSX due to some
disagreement in the regex formatting in find...give up on that and use
an ugly but reliable chain of -name ... -or -name ...

Merge pull request #172 from erictzeng/split_cuda

Split source files between CUDA and CPU code. Pave the way for #3 and #122.

polish doc build and deploy and allow other remotes

fix path for mnist leveldb creation

fix examples shell scripts: too many dollar signs, not enough coffee

fix formatting + notebook url of 8c245b5

update detection example post re-arrangement in #124

Splitting source files between CUDA and CPU code.

Merge pull request #168 from jeffdonahue/fix-lint-bugs

Fix bugs introduced by lint

fix python/matlab wrapper bugs introduced by lint; change linter->lint
in Makefile

make lint will not rerun if successful and no source files have been
changed; saves output to build/cpp_lint.log (or build/cpp_lint.error_log
on failure)

Merge pull request #163 from jeffdonahue/linter

Lint C++ (suffer for fashion)

cpplint.py -> cpp_lint.py and NOLINT_NEXTLINE -> NOLINT_NEXT_LINE

add new tools dir to linted dir list

fix linter errors in examples

add examples, python, matlab to NONGEN_CXX_SRCS so they are linted as
well

fix compiler warning for test_hdf5data_layer

fix post-rebase linter errors

long -> int64_t; all linter errors fixed. woohoo!

handle linter stream errors

allow TODO without username

make test_gradient_check_util methods use pointers for non-const inputs
(also change EXPECT_LT and EXPECT_GT pair to EXPECT_NEAR)

fix most linter errors

add NOLINT_NEXTLINE to suppress linter errors on nextline

exclude proto generated files from lint

add hpp to valid cpplint extensions

fix matcaffe and pycaffe linter errors

suppress linter errors due to not including the directory when naming .h
files

Reverse the order of hdf5_hl hdf5 as LIBRARIES in Makefile

add cpplint.py and "make lint" to run on all c source files

Merge pull request #147 from sergeyk/hdf5_data

HDF5DataLayer: read matrix of features and labels from HDF5 file as input

name blobs and params for their layers in python wrapper

note that pairs of params with the same layer name are the
params & bias

minor comment edit

HDF5DataLayer, with test.

Adding GPU coverage to the DataLayer test.

Merge pull request #128 from mavenlin/pad-im2col

im2col and col2im learn to pad and padding layer is obsolete

remove cuda_timer as is no longer needed

remove padding_layer and its test

unified to padding aware version

remove test code (no longer needed and won't compile)

remove padding layers in imagenet definitions

remove the pad=0 case in conv_layer and im2col_layer

add code to measure timing

add test code to test the padding aware im2col col2im functions

implemented padding aware im2col and col2im functions

Merge pull request #167 from BVLC/next

So be it.

Define split layer (merge trick)

Originally authored by Jeff Donahue, but this commit was needed for
historical reasons.

Merge pull request #129 from jeffdonahue/dags-by-split

Welcome to the model of forking paths.

minor cleanup; only get blob_name if needed

add idempotence test

add imagenet no split insertion test

fix split layer insertion bug with in-place layers

remove unnecessary include

eliminate some cruft by relying on std::map default initializations

get rid of messy snprintf string concatenation

get_split_blob_name returns a string to remove some verbosity

remove redundant add_bottom (immediately cleared and then re-added)

add test for layer with two tops that are inputs to multiple layers

fix comment typo

remove pointlessly duplicated CheckGradientExhaustive calls (I screwed
up when merging, I think)

change \" in test_split_layer to ' for readability

allow in place computation of SplitLayer 0th top blob

give first top split blob same name as bottom blob

change \n's to less distracting spaces in hard-coded proto strings

eliminate redundant code with get_split_blob_name method

some cleanup

add split layer insertion tests; move split insertion code to util file

add split layer tests

add split layer tests

make split_layer backward obey propagate_down

Merge pull request #116 from aravindhm/tanh

Added a test for the tanh layer.

Added tanh activation function layer.

Merge pull request #142 from shelhamer/data-aux

Sort out models, data, examples, and tools

bring imagenet docs back to reality

- fix paths
- replace shell command blocks with scripts
- file ipython notebooks in examples
- proofread

bring mnist docs back to reality

fix + rename lenet training script

harmonize imagenet example, name caffe reference model CaffeNet

fix mnist, add deploy net example

TODO cifar example

everything in its right place

include model checksum, you never know these days

fetch caffe_reference_imagenet_model

swap ilsvrc data with fetch script

explain ignore, and ignore data, models, and examples

Data, models, and examples should not be versioned by default. Reference
versions of these are not to be casually committed.

Plus this makes for a better playground in examples without having to
worry about data, intermediate files, or experiments being accidentally
tracked.