HDF5_DATA + MEMORY_DATA refuse loudly to transform

These layers are meant for generic inputs so they do not do
transformations. As `transform_param` was pulled out of data layers'
proto definitions for reuse, these layers silently ignored
transformation parameters until now instead of signalling their refusal.

Merge pull request #1416 from mtamburrano/matVector

Feed cv::Mats to MemoryDataLayer and set batch size on-the-fly.

groom #1416

- keep current `DataTransformer` check so that datums can be transformed
  into a blob incrementally
- standardize check messages
- include opencv where needed, drop unneeded OS X guards

TODO these tests need to be de-duped

removed needs_reshape_ and ChangeBatchSize is now set_batch_size

small fixes

MemoryDataLayer now correctly consumes batch_size elements

MemoryDataLayer now accepts dynamic batch_size

Added opencv vector<Mat> to memory data layer with tests

Merge pull request #1789 from SaganBolliger/softmax_loss_gpu

GPU version of SoftmaxWithLossLayer

Added GPU implementation of SoftmaxWithLossLayer.

Merge pull request #1837 from shelhamer/image-fail-die

Die on inputs that fail to load

Merge pull request #1840 from shelhamer/fix-power-test

Fix PowerLayer gradient check failures by reducing step size

reduce step size in PowerLayer gradient checks: fix #1252

The gradient checker fails on certain elements of the PowerLayer checks,
but only 1-3 sometimes fail out of the 120 elements tested. This is not
due to any numerical issue in the PowerLayer, but the distribution of
the random inputs for the checks.

boost 1.56 switched the normal distribution RNG engine from Box-Muller
to Ziggurat.

build with libc++ on Yosmite with CUDA 7

Merge pull request #1836 from jeffdonahue/loss-param-upgrade-fix

fix for layer-type-str: loss_param in V1LayerParameter

fix for layer-type-str: loss_param and DECONVOLUTION type should have
been included in V1LayerParameter, get upgraded

die on inputs to IMAGE_DATA that fail to load

It's better to know than march silently on.

Merge pull request #1694 from jeffdonahue/layer-type-str

Layer type is a string

Upgrade existing nets using upgrade_net_proto_text tool

Restore comments afterwards

start layer parameter field IDs at 100

(always want them printed at the end, and want to allow more fields to
be added in the future, so reserve fields 10-99 for that purpose)

get rid of NetParameterPrettyPrint as layer is now after inputs
(whoohoo)

add message ParamSpec to replace param name, blobs_lr, weight_decay, ...

add test that all V1 layer type enum values upgrade to valid V2 string
types

add v1 to v2 upgrade tests

restore test_upgrade_proto to dev version

automagic upgrade for v1->v2

restore upgrade_proto

'layers' -> 'layer'

Add unit test for LayerRegistry::CreateLayer

DataLayer and HDF5OutputLayer can be constructed and destroyed without
errors

Layer type is a string

fix Nesterov typo found by @bamos

fixed small bug: output label_file -> label_filename

add space after "Loading mean file from"

fix GoogLeNet license overwritten by back-merge (see #1650)

Merge pull request #1615 from longjon/deconv-layer

Add deconvolution layer with refactoring of convolution layer to share code

Merge pull request #1748 from longjon/db-wrappers

Simple database wrappers

Merge pull request #1794 from shelhamer/no-dump-net

drop dump_network tool

Merge pull request #1654 from longjon/softmax-missing-values

Add missing value support to SoftmaxLossLayer

Merge pull request #1753 from jeffdonahue/enhance-debug-info

Enhance debug info

debug_info in NetParameter so it can be enabled outside training

debug_info: print param (and gradient) stats for whole Net after Backward

Add BlobMathTest with unit tests for sumsq and asum

Blob: add sumsq_{data,diff} methods

Enhancements for debug_info to display more information.

Now displays for:
-net inputs
-test nets
-params in ForwardDebugInfo

[test] gradient checks for softmax ignore_label and normalize: false

document the loss_param options to SoftmaxWithLossLayer

[test] simple test for DeconvolutionLayer

document DeconvolutionLayer

Merge pull request #1555 from drdan14/draw-net-improvements

Improvements to network drawing via draw_net.py

Merge pull request #1632 from 7hil/cifar_lmdb

switch cifar10 example to lmdb

Merge pull request #1746 from dj1989/mat_hdf5_demo

Matlab demo for Caffe-compatible HDF5 read/write

Merge pull request #1755 from jeffdonahue/softmax-optimization

SoftmaxLayer GPU optimization

[pycaffe] de-dupe imports

[example] lenet early stopping -> mnist examples

Merge pull request #1754 from jeffdonahue/softmax-loss-fix

SoftmaxWithLossLayer: use CreateLayer

drop dump_network tool

Nets are better serialized as a single binaryproto or saved however
desired through the Python and MATLAB interfaces.

Merge pull request #1787 from shelhamer/pytest-caffe-set

[fix] align pytest for solver with #1728

[fix] align pytest for solver with #1728

Merge pull request #1786 from xianjiec/dev

fix bugs by adding const

fix bugs by adding const

Merge pull request #1473 from longjon/pytest

Python testing

hdf5_save_nd_dataset takes a const string& (instead of const string)

SoftmaxWithLossLayer: use CreateLayer so that a CuDNNSoftmaxLayer
is created if available

Back-merge fixes + docs

and other fixes and documentation updates.

Unroll kernels in SoftmaxLayer...from terrible performance to mediocre
performance.

Merge pull request #1756 from jeffdonahue/max-total-bytes-limit

Max out the protobuf file read size limit

SetTotalBytesLimit to the max (2 GB minus 1 byte)

gut dataset wrappers

test db wrappers

use db wrappers

add db wrappers

Merge pull request #1747 from yosinski/doc-up

Updated doc to suggest boost 1.57

Updated doc to suggest boost 1.57

Matlab demo for Caffe-compatible HDF5 read/write

Merge pull request #1434 from pcampr/patch-1

fixed filename in build_docs.sh

Make comments for sparse GaussianFiller match actual behavior

(Fixes #1497 reported by @denizyuret)

Update interfaces.md file

Proofread and update the /docs/tutorial/interfaces.md file.

Merge pull request #1388 from rohitgirdhar/cifar_docu_bug

[docs] run CIFAR10 example from caffe root

Merge pull request #1704 from longjon/friendlier-link-messages

Makefile: friendlier messages for link commands

[docs] OpenCV version >= 2.4

Merge pull request #1705 from longjon/origin-rpath

Makefile: specify RPATH using $ORIGIN

Merge pull request #1686 from longjon/net-const

Improve const-ness of Net

Merge pull request #1662 from seanbell/fix-python-resize_image

Fix caffe.io.resize_image for the case of constant images

Merge pull request #1728 from shelhamer/pycaffe-mode-phase-device

Change Python interface for mode, phase, and device

check for enough args to convert_imageset

(this might better be handled by making all args flags...)

Merge pull request #1236 from mlapin/legacy_nvcc_support

Drop OpenCV includes from NVCC code for legacy reasons.

Merge pull request #1740 from shelhamer/yosemite-makefile

Support OS X Yosemite / 10.10

lint internal thread

Merge pull request #1335 from ryotat/master

Fix leaking thread and groom internal thread implementation.

support OS X Yosemite / 10.10

- pick libstdc++ for OS X (regardless of version)
- make gtest rely on its own tuple to not conflict with clang
  (thanks @pluskid!)
- 10.10 has Accelerate while 10.9 has vecLib for BLAS
  (thanks @leonardt and @drdan14)

set mode, phase, device in pycaffe; fix #1700

Attach mode, phase, and device setters to caffe module itself
so that these can be set before making nets. This is needed to properly
initialize layers with the right device and phase configuration.

Update examples to new usage.

Merge pull request #1724 from pannous/wtf

Tell users to go to the caffe-users mailing list

Message: Please ask usage questions and how to model different tasks on the caffe-users mailing list

add DeconvolutionLayer, using BaseConvolutionLayer

rewrite ConvolutionLayer to use BaseConvolutionLayer helpers

add CPU_ONLY ifdef guards to BaseConvolutionLayer

add BaseConvolutionLayer

This provides a common place for code used by ConvolutionLayer and
DeconvolutionLayer, simplifying the implementations of both.

[build] specify RPATH using $ORIGIN

Currently, when dynamically linking against libcaffe (right now, only
done for tests), RPATH is specified relative to the caffe source root.
This commit fixes RPATH using the special $ORIGIN variable to be
relative to the executable itself, so that there is no dependence on the
working directory.

[build] more meaningful messages for link commands