fix examples path in mnist leveldb sh

Merge pull request #332 from jeffdonahue/share-trained-layers

add ShareTrainedLayersWith method and use for test net in solver

add ShareTrainedLayersWith method and use for test net in solver

Merge pull request #330 from jeffdonahue/mnist-autoencoder-example

MNIST autoencoder example

change to correct next layer id for merge

clear sigmoid top vec at initialization

add sigmoid cross ent layer unit tests

mnist_autoencoder_solver cleanup

change lenet dir to 'mnist' in docs

make solver able to compute and display test loss

mnist autoencoder test proto bugfix: add sigmoid layer before loss

enable DataLayer to output unlabeled data

add mnist autoencoder example necessities (sigmoid cross entropy loss
layer, sparse gaussian filler)

rename lenet dir to mnist

Give choice of ATLAS, MKL, and OpenBLAS (with option to override paths)

- configure build for ATLAS, MKL, or OpenBLAS on Linux and OSX
- allow overriding of the include or lib dirs
- replace magic numbers with BLAS names (atlas, mkl, open)

Follow-up from #305 and #325.

rename python include config var to match lib

Merge pull request #325 from AlOa/OpenBlas

Add possibility to use OpenBlas

Add possibility to use OpenBlas

Merge pull request #318 from jeffdonahue/blob-copy-by-reference

add Share{Data,Diff} methods to blobs to enable "virtual" copies

- reduce operations by not copying values
- spare memory by shared_ptrs
- simplify SplitLayer logic

Merge pull request #319 from jeffdonahue/sigmoid-optimization

sigmoid layer backward pass optimization: don't recompute forward pass

sigmoid layer backward pass optimization: don't recompute forward pass

change Adopt -> Share as suggested by kloudkl

add Adopt{Data,Diff} methods to blobs to enable "virtual copying"

add unit tests for cpu/gpu copy functions

change some unnecessary TYPED_TESTs to TEST_Fs

fix lint errors by adding 'explicit' to new single arg pycaffe
constructors

polished ignore

Back-merge docs and example image changes from `master` to `dev`

Merge pull request #310 from jeffdonahue/clang-test-power-layer-fixes

clang fixes for test_power_layer

add using std::isnan and use this-> when calling Test{For,Back}ward

fix osx 10.9 condition in Makefile

include vecLib BLAS dir on osx

Merge pull request #286 from longjon/pycaffe-solver

Expose SGDSolver to pycaffe, switch from inheritance to overriding for caffe.Net

change true_std to intended bernoulli_std

Merge pull request #297 from jeffdonahue/rng-bug

Fix persistence of random state with Boost RNG

more rng test cleanup

re-time imagenet example on k20, instead of my laptop

change *Plus* tests to *Times* tests because the Plus tests don't
actually check for uncorrelated RNG results

add analogous caffe_gpu_rng_* functions for gaussian and uniform, and
add test cases

have rng_stream initialize RNG if not already initialized

make RNG function outputs the last argument per Google C++ style guidelines

make RNG function names more similar to other caffe math function names

gpu_hamming_distance fails unit test with fixed RNG; mark it NOT_IMPLEMENTED
with TODO to fix and disable its unit test

cleanup RNG unit tests

make rng_ a private member of Generator

cleanup test_math_functions

comment to explain the purpose of Caffe::set_generator

fix bernoulli*bernoulli test, now all pass

call caffe_set_rng at the end of each vRng function to maintain state

add bernoulli*bernoulli test

cleanup log messages

add analogous test for uniform instead of gaussian

add test demonstrating weird boost RNG issue when sampling from a
gaussian followed by a bernoulli

Merge pull request #305 from shelhamer/install-doc-blas-platform

Document BLAS install, tailor Makefile and Makefile.config to platform

Merge pull request #309 from shelhamer/comment-matlab-config

Comment out MATLAB by default in Makefile.config

Comment out MATLAB by default in Makefile.config

Otherwise the Makefile tries to determine the MATLAB SO extension even
if MATLAB doesn't exist, breaking `make`.

rename doc deploy script for better tab completion

Drop Lena image in favor of a cute cat photo

Social progress.

auto-configure linux/osx build differences

- set cxx as needed (clang++ on os x)
- set stdlib flag for os x 10.9 (CUDA libc++ workaround)
- link ATLAS properly for non-MKL installation whether linux or os x

trivial makefile grooming

Merge pull request #273 from jeffdonahue/lrn-map-layer

Within-channel LRN layer

update proto field IDs from placeholder values

cleanup power layer test suite

minor unit test cleanup

cleanup extra LRN method names

don't recompute pre_pad

remove unnecessary local variables from EltwiseProductLayer

minor polishing

replace old cifar full with within channel LRN (per cuda-convnet
layers-18pct) -- slightly slower (5000 iters now takes 6:57; took 6:43
previously), but slightly more accurate (exactly 82% test accuracy; got
81.65% before)

merge LRNMapLayer into LRNLayer with norm_region proto field

fix some param bugs

add cifar example using LRN_MAP (just like the cuda-convnet layers-18pct
architecture) instead of LRN

use bvlc copyright

use split layer in LRNMapLayer

bug fix: average pooling already divides by N^2

add padding for average pooling

use average pool instead of conv

add unit tests for new layer types

add LRN within map layer and dependencies (eltwise product and power)

blas install docs, other install polish

Back-merge documentation and fixes

format installation docs, add links
Add hdf5 requirements to 10.9 notes, drop cmake (not linked)
fix im2col height/width bound check bug (issue #284 identified by @kmatzen)
strip confusing confusing comment about shuffling files
add /etc/rc.local hint for boot configuration of gpus
Include k40 images per day benchmark
drop caffe presentation in favor of dropbox link
make build_docs.sh script work from anywhere
proofread, fix dead link, standardize NVIDIA capitalization
Added Link in index.md to perfomance_hardware.md
Added Performance and Hardware Tips
imagenet fix: ilvsrc -> ilsvrc

format installation docs, add links

Add hdf5 requirements to 10.9 notes, drop cmake (not linked)

fix im2col height/width bound check bug (issue #284 identified by
@kmatzen)

Merge pull request #298 from jeffdonahue/im2col-nonsquare-bug

Fix im2col nonsquare bug (#284)

Merge pull request #302 from sguada/protobuf_limit

Double protobuf size limit

Doubled protobuf Bytes Limit

fix im2col height/width bound check bug (issue #284 identified by
@kmatzen)

separate CPU from GPU ConvolutionLayerTests

make height/width of input dims in conv layer tests more different to
expose bug (GPU tests now fail due to the bug)

pycaffe: expose SGDSolver.solve

pycaffe: introduce CheckFile helper

pycaffe: expose SGDSolver.net

switch from inheritance to directly overriding methods for caffe.Net

Also, internally drop the "Caffe" prefix for classes exported by the
internal _caffe module. This change means that SGDSolver will
automatically return a Net with the "nice" Python interface rather than
the internal one, (and avoids the extra layer of method wrapping that
results from switching to composition).

make Solver::net return a shared_ptr rather than a raw pointer

This makes it possible to manage the Net pointer externally (e.g., from
the Python interface) using a shared_ptr. No existing code is affected.

pycaffe: expose SGDSolver

add string constructor to Solver (analogous to Net)

strip confusing confusing comment about shuffling files

Revert "Fix segfault." (python)

Revert 88507032de1eb675539d91a1d79c221f3faf5d99 from #287.

The call to `Py_Initialize()` is unnecessary and masked a build
configuration issue.

Merge pull request #277 from jeffdonahue/makefile-improvements

Makefile improvements