Back-merge documentation and script fixes

fix script path incantation
convert css indentation to spaces
fix cifar10 leveldb creation path
wget without checking certificate for dropbox (dodge complaint on linux)
docs: added list of contributors
minor style update of docs

fix script path incantation

convert css indentation to spaces

fix cifar10 leveldb creation path

wget without checking certificate for dropbox (dodge complaint on linux)

docs: added list of contributors

minor style update of docs

Fix to #161
- signficantly change the documentation file
- link to it from index.md
- remove the image resizing script, since (a) it does not work, (b) is obviated by using ImagesLayer
- add sample prototxt that uses ImagesLayer.

Merge pull request #161 from kloudkl/simplify_feature_extraction

Feature extraction, feature binarization and image retrieval examples

minor cleanup in rcnn-finetuning -- rcnn feature computation tested at
this commit (in addition to all caffe unit tests passing)

cleanup matlab demo

add initialization key for verifying state

demo on how to get net weights using the matlab interface

return model weights

keep DLOG (revert accidental switch to LOG)

file pascal finetuning prototxt examples and fix paths

set default to the best value

some cleanup

fix paths

support for tightest square mode while finetuning

10x learning rate for fine tuning makes a big difference

support for adding padding to windows in the window_data_layer

Code that was used to finetune with reasonable success

some major bug fixes (includes some to-be-removed debugging code)

adjustments to try to match the setup for fine tuning with cuda-convnet

define pascal finetuning models

add window data layer

Merge pull request #221 from jamt9000/fix-dump-network

Fix dump network

Merge pull request #242 from kloudkl/script

Fix shell scripts: current dir, wget output, and naming conventions

File naming convention requires that two words be split by a underscore

Wget should never be quiet

Fix shell script current dir bad substition errors

Explain how to get the mean image of ILSVRC

Change generate file list python script path in feature extraction doc

Removing feature binarization and image retrieval examples

Move binarize_features, retrieve_images to examples/feauture_extraction

Add documentation for the feature extraction demo

Add a python script to generate a list of all the files in a directory

Don't create a new batch after all the feature vectors have been saved

Fix cpplint errors for Net, its tests and feature related 3 examples

Use lowercase underscore naming convention for Net blob & layer getters

Move extract_features, binarize_features, retrieve_images to tools/

Save and load data correctly in feat extracion, binarization and IR demo

Change feature binarization threshold to be the mean of all the values
 rather than zero in the feature binarization example

Fix saving real valued feature bug in the feature extraction example

Fix bugs in the image retrieval example

Fix bugs of the feature binarization example

Enhance help, log message & format of the feature extraction example

Fix bugs in the feature extraction example

Add __builtin_popcount* based fast Hamming distance math function

Simplify image retrieval example to use binary features directly

Add feature binarization example

Add feature extraction example

Add image retrieval example

Add and test Net::HasLayer and GetLayerByName

Add and test Net::HasBlob and GetBlob to simplify feature extraction

Inspired by @kencoken's commit f36e715
https://github.com/kencoken/caffe/commit/f36e71569455c9fbb4bf8a63c2d53224e32a4e7b

Related issues:

Remove cudaSetDevice(1)

So it works when there is only one GPU

Merge pull request #231 from BVLC/next

0.99 release

arrange example images, update paths, bring back imagenet_pretrained

Merge pull request #236 from jeffdonahue/test-all-bin-makefile-deps

Add libcaffe.a to dependencies for TEST_ALL_BIN

also fix for runtest

add libcaffe.a to TEST_ALL_BIN dependencies in Makefile

Merge pull request #240 from jeffdonahue/rm-cuda-kernel-loop-comments

Fix minor issues related to CUDA_KERNEL_LOOP -- merging myself as I'm only adding/removing comments other than the addition of CUDA_KERNEL_LOOP to PaddingLayer (and checked that this passes all tests).

use CUDA_KERNEL_LOOP in padding layer

fix remaining lint errors

fix remaining issues related to CUDA_KERNEL_LOOP

Merge pull request #239 from jeffdonahue/fix-kernel-loop-macro

Fix CUDA_KERNEL_LOOP from @blackball

fix kernel loop bugs, compiles and passes all tests

addd CUDA_KERNEL_LOOP macro

lint, except for rand/rand_r

drop models/ in favor of examples/

Move the Caffe reference imagenet model and script to fetch it to
examples/imagenet.

Caffe bundles reference models, but it makes more sense to keep them
close to examples.

fix README links to presentation and development section

build_docs script

groom docs, move Caffe presentation to dropbox

Merge pull request #234 from sergeyk/updating_docs

removing notebooks in docs, updating instructions

minor fixes suggested by evan

removing notebooks in docs, updating instructions

minor fix to caffe model DL script

Merge pull request #230 from kloudkl/get_model_script

Improve caffe reference imagenet model downloader

Set phase to TRAIN when performing backward pass

Merge pull request #229 from kloudkl/minor_change

Display total num of processed files after computing image mean

Add support for md5 checksum on OS X

Avoid repeatedly downloading caffe reference imagenet model

Display total num of processed files after computing image mean

minor mnist example update

link draft CIFAR-10 example

sort layer factory's list alphabetically

fix style bugs in new layers' proto fields

Back-merge documentation and historical PRs to master

proofreading

Merge pull request #226 from longjon/imagenet-vis

Layer-by-layer visualization example

Draft CIFAR-10 doc and cleanup example

This is a work-in-progress. A full tutorial should be written up at
some point.

Merge pull request #228 from longjon/pycaffe-exceptions

Raise Python exception if input files don't exist for better interactivity

Raise Python exceptions if CaffeNet input files don't exist

This is for convenience only; if the input files are moved or deleted at
the wrong time, pycaffe could still crash (as it did before). However,
in most cases this will make interactive use easier.

Add comment explaining placement of system headers in C++ Python module

Merge pull request #227 from shelhamer/padding-deprecation

Bring back padding layer to ease release upgrade

Add the feature and filter visualization example (Lena) to docs

Add ImageNet Lena filter visualization example

style: line continuation spacing

bring back padding test and lint it