Make tools/ for core binaries, stow scripts/ in tools/extra

Collect core Caffe tools like train_net, device_query, etc. together in
tools/ and include helper scripts under tools/extra.

file mnist

add imagenet mean file

move imagenet splits + synsets to data

Merge pull request #164 from t-abe/fix-typo

Fix error message typo in SoftmaxWithLossLayer

Merge pull request #154 from sguada/leveldb_max_open_files

Set leveldb options.max_open_files = 100. Fix #13 and #38

minor README fix

More comments in Makefile.config.example

more instructions on how to contribute

Merge pull request #157 from sergeyk/master

Moving gh-pages stuff to docs/ directory, with script to build and deploy to gh-pages.

Updated README with doc info

Safer docs/ build process: into own folder

improved docs-building script

Moving gh-pages docs to docs/ folder, with script to build them

Properly index windows in detector list mode

Fix iteration over single windows: whether one or more windows are
listed for an image, generate windows as a list.

fix detector's coordinate mapping for images smaller than IMAGE_DIM

Merge pull request #123 from longjon/master

don't pass LDFLAGS when only performing compilation (-c)

Revert "Merge pull request #114 from jeffdonahue/dags-by-split"

Revert dags-by-split merge because split layers were not quite ready.
Sorry for the bug!

We are adopting a `master`/`dev` split development
model, where new commits and pull requests will be merged to `dev` for
testing before integration to `master`. This will keep master clean and
stable.

This reverts commit d339d242b43ec5bec9dceb657ee0d665d524b1eb, reversing
changes made to 55198262d79944fa7382868f7ecd108ed4f238a2.

don't pass LDFLAGS when only performing compilation (-c)

This simplifies the compiler commands and suppresses warnings.

add contributing guide

Merge pull request #114 from jeffdonahue/dags-by-split

Support arbitrary DAGs with SplitLayer

remove unnecessary include

eliminate some cruft by relying on std::map default initializations

get rid of messy snprintf string concatenation

get_split_blob_name returns a string to remove some verbosity

remove redundant add_bottom (immediately cleared and then re-added)

add test for layer with two tops that are inputs to multiple layers

fix comment typo

remove pointlessly duplicated CheckGradientExhaustive calls (I screwed
up when merging, I think)

change \" in test_split_layer to ' for readability

allow in place computation of SplitLayer 0th top blob

give first top split blob same name as bottom blob

change \n's to less distracting spaces in hard-coded proto strings

eliminate redundant code with get_split_blob_name method

some cleanup

add split layer insertion tests; move split insertion code to util file

add split layer tests

add split layer tests

make split_layer backward obey propagate_down

add SplitLayer and Net::AddSplits to transform shared bottom blobs into
split layers

define by := (no need for re-expansion)

python requirements: don't fear the future

add shebang to python scripts

for executing in the shell without call to python. Follows the example
of @kloudkl .

add macro for numpy < 1.7

as suggested by @longjon
https://github.com/BVLC/caffe/issues/44#issuecomment-32832810

Merge pull request #106 from tdomhan/sigmoidlayer

Sigmoidlayer

fixed copyright

sigmoid layer cpu and gpu code

added sigmoid layer

Merge pull request #104 from sergeyk/master

Groom detection demo notebook, replace gflags with argparse in detector.py

selective_search_demo final updated version

detector.py refactored with argparse (was gflags)

Updated detection demo notebook.
- Works with new detector.py
- Everything is run automatically from cells.

git-ignoring ipython notebook checkpoints

moving selective_search_demo notebook to examples/

Update LICENSE

Removed the FreeBSD disclaimer (which should not be there) per http://opensource.org/licenses/BSD-2-Clause

Merge pull request #103 from Yangqing/master

bugfix regarding #100

bugfix regarding #100

Update net.cpp

Fixed bug raised by @tdomhan in issue #100.

Merge pull request #98 from kloudkl/check_data_size

fix size initialization in convert_imageset

Set data_size_initialized to true after data_size is initialized

add CXXFLAGS for libstdc++ on OS X 10.9

Merge pull request #94 from kloudkl/image_data_size

Ensure all the images are of the same size before creating leveldb

Add script to resize and crop images in parallel using mincepie

Check data size when converting images into leveldb

include pip requirements.txt for python deps

Merge pull request #91 from kloudkl/plot_training_log

plot training/test measures against iterations/time
create mnist leveldb as separate script

Remove trailing whitespace in example gnuplot script

Add python matplotlib example to plot the training log

Add gnuplot example to plot the training log

Update script to parse log format that contains test iteration

Print iteration along with every test score in Solver::Test

Extract elapsed seconds since the start of solving from training log

Extract learning rate from training log

replace bundled install instructions with link to site

Merge pull request #90 from sguada/parselog

Polish log parsing script

Use sed instead of awk to find the Iteration

Update parselog.sh

Removed parameters

Extract Iteration from log instead of computing it from parameters

Merge pull request #89 from sguada/parselog

Added bash script to parse log

Added bash script to parse log and extract training loss, and test loss and accuracy

Merge pull request #83 from sguada/net_speed

Add benchmarks

More detailed net_speed_benchmark

fix path problem in train_mnist.sh

Merge pull request #70 from petewarden/buffer-overflow

Fix for buffer overflow problem with long filenames when setting up the LevelDB

Merge pull request #72 from sguada/solver_device_id

Rename devicequery.cpp to device_query.cpp

Rename devicequery.cpp to device_query.cpp

Match filename and usage

Fix for buffer overflow problem with long filenames when setting up the LevelDB

Merge pull request #69 from sguada/solver_device_id

set device in solver config

Update solver.cpp

Added these two conditions before trying SetDevice
param_.solver_mode() && param_.has_device_id()

Update caffe.proto

Update devicequery.cpp

Changed Copyright

Added device_query.cpp to examples/ to get basic information about the current GPU device or other device_id

Added device_id to solver.prototxt and to solver.cpp

fix flatten layer backwards to dummy return

removing Makefile.config

os x installation instructions

Makefile.config removed in favor of .example file
with more verbose explanations of paths.

remove linking against mkl_intel_thread: unneeded
and gives hard-to-debug errors on os x