fix problems in net_surgery.ipynb

Merge pull request #4033 from HeGaoYuan/master

there is a very very small mistake in the LeNet MNIST tutorial

Merge pull request #3731 from lukeyeager/lmdb-map-full

dynamically set LMDB map size (double when full)

Fixed #4029: test the network every 500 iterations, not 1000 iterations

Update MNIST example to use new DB classes

Print to stderr for example LMDB code

Don't set map_size=1TB in util/db_lmdb

Instead, double the map size on the MDB_MAP_FULL exception.

Merge pull request #4024 from achalddave/finetune-flickr-style-tutorial

[docs] explicitly point out -weights flag in fine-tuning tutorial

Merge pull request #3749 from lukeyeager/bvlc/array_to_datum-default-label

Don't force datum.label=0 in array_to_datum

Explicitly point out -weights flag in tutorial

The -weights flag is somewhat easy to miss as it's only in one command,
but is the crucial thing that anyone searching for 'how to finetune' is
looking for. Hopefully this more clearly points out the '-weights' flag,
which might otherwise be overlooked in this tutorial.

Merge pull request #4007 from lukeyeager/bvlc/docs-typo

[docs] typo in docs/installation.md

Typo in docs/installation.md

Merge pull request #3993 from shelhamer/fix-crop

Fix Crop layer dimension checking to only check cropped dimensions

CropLayer: groom comments

[fix] CropLayer: check dimension bounds only for cropped dimensions

check only the dimensions to be cropped for compatible sizes and offsets

[test] CropLayer: test dimensions check to reveal bounds checking bug

Merge pull request #3988 from shelhamer/install-docs

bring install docs up-to-date and better highlight included details

[docs] install: include more lab tested hardware

[docs] install: be more firm about compute capability >= 3.0

[docs] install: include latest versions and platforms, highlight guides

Caffe runs on Ubuntu, OS X, and RHEL (+ company) in master
with branches for OpenCL and Windows.

Docker is a nice route to out-of-the-box brewing.

[docs] install: CUDA 7+ and cuDNN v4 compatible

Latest CUDA versions are all compatible, and
Caffe has been compatible with cuDNN v4 since PR #3439

Merge pull request #3982 from mnogu/fix-typo-model-option

[docs] typo in help text for "-model" option

Fix typo in help text for "-model" option

Merge pull request #3937 from emaggiori/exp

Issue with the exp layer when the base is e

Solving issue with exp layer with base e

Merge pull request #3942 from jeffdonahue/propagate-down-true

Set propagate_down=true to force backprop to a particular bottom

Net: setting `propagate_down: true` forces backprop

test_net.cpp: add TestForcePropagateDown

Merge pull request #3891 from danielgordon10/pycaffe-multi-instantiation-fix

Use lazy initialization to reuse ordered dict/list creations to save…

Use lazy initialization to reuse orderd dict/list creations to save time on repeated calls.

Merge pull request #3821 from jreniecki/mkl

[bulid] correct MKL_DIR to MKLROOT

Update Makefile: Changed MKL_DIR to MKLROOT

MKLROOT variable is set by MKL scripts, so it also should be used in Makefile.

Merge pull request #3797 from shelhamer/travis-rm-conda

Fix Travis-CI conda/boost issue by workaround: remove conda dir

[build] travis: remove existing conda dir

there seems to be a caching issue at the moment;
this is a temporary fix for #3786

Merge pull request #3292 from dgolden1/log-parse-no-test

parse_log.py bugfix: don't attempt to write CSV if there are no lines to write

Merge pull request #3590 from junshi15/GPUUtilities

Add functions to check and grab GPU

Merge pull request #3588 from junshi15/P2psyncPrepare

Refine P2PSync

Merge pull request #3613 from longjon/py-coord-map

Python/net spec coordinate map and crop offset computation

Merge pull request #3570 from BlGene/crop-nd

ND Crop layer

split p2psync::run()

Crop: more tests and test tuning.

Changes are:
  reduce test blob dims for speed
  use standard Gaussian filler,
  polish formatting and rename tests,
  test HW crop and 5D crop,
  standard gradient checks

Crop: fixes, tests and negative axis indexing.

Extend Crop to N-D, changed CropParameter.

add CropLayer: crop blob to another blob's dimensions with offsets

configure offset(s) through proto definition.

add check and find GPU device utilities

[pycaffe] test coord_map

- test known mappings: conv-pool-deconv stack, ReLU and 1x1 conv
- test effects of padding
- test rectangular/anisotropic coordinate mapping, test N-D
- catch error cases: negative crop, scale mismatch, tops that are not
  spatially connected

[pycaffe] align coord_map and #3570 Crop layer

- crop -> offset
- adjust crop axis by 1

[pycaffe] document, style, and complete coord_map

- document by docstring and comment
- pep8
- add latest layers and alphabetize
- respect default crop params
- handle graphs with compositions of crops by walking only the
  first, cropped bottom of Crop layers
- make python3 happy by replacing arg tuple unpacking

Merge pull request #3770 from BlGene/lint_fix

Removed lint script reference to non-existant caffe_memcpy function.

[pycaffe] add coord_map.py for computing induced coordinate transform

This provides a framework for automatically aligning different layers of
a net despite up/downsampling, padding, and output size rounding.

Merge pull request #3773 from longjon/travis-protobuf3-fix

Travis: force protobuf 3.0.0b2 for Python 3

[travis] force protobuf 3.0.0b2 for Python 3

This is temporary measure to avoid an apparent upstream issue with
protobuf 3.0.0b2.post1.

Removed lint script reference to non-existant caffe_memcpy function.

Merge pull request #3575 from errord/fix-boost-shared_ptr-caffe-Blob-float-no-register

[pycaffe] fix boost 1.60 compatibility issue; close #3494

Merge pull request #3716 from ttdt/master

Use six library to ensure pycaffe.py python3 compliance

Merge pull request #3759 from vivkul/patch-1

minor mistakes removed

minor mistakes removed

[example] groom multilabel notebook title, order

Merge pull request #3755 from shelhamer/fix-upgrade-proto

Fix Upgrade Net Tools

Merge pull request #3471 from beijbom/clean-datalayer-tutorial

[example] tutorial on python data layers and multilabel classification

Merge pull request #3756 from intelcaffe/mkl-cosmetic-imprvmnts

[build] MKL support improvements

- doc and cmake update MKL related

- cosmetic change to mkl related doc

refuse to upgrade net with layer/layers inconsistency

die loudly if a net definition (prototxt) mixes proto formats by
defining both `layer` and `layers` fields instead of complaining but
discarding and continuing.

fix #3381

fix input field -> input layer net upgrade: only convert full defs

convert inputs in legacy definitions (prototxt), but simply strip inputs
from legacy weights (caffemodel).

fix #3750

check all net upgrade conditions

check all conditions all the time; V0 -> V1 and V1 -> V2 do not suffice.

output all logging from upgrade net tools

output info, warnings, and errors for fuller description of the upgrade

Finalized tutorial. Removed asyncronous layer.

Refactor and improve code style.

Fix some typos. Correct imports. Refactor data layers. Apply PEP8 formatting.

Added tutorial on how to use python datalayers and multilabel classification.

Don't force datum.label=0 in array_to_datum

Merge pull request #3747 from Nerei/master

[pycaffe] NetSpec: set tops by attribute or dictionary

NetSpec: allow setting blob names by string

Use 'six' library to ensure python3 compliance.
Use '//' instead of '/' for entire division.

Merge pull request #3725 from shaibagon/drop_nd_blobs

supporting N-D Blobs in Dropout layer Reshape

supporting N-D Blobs in Dropout layer Reshape

fixing lint errors

Merge pull request #3740 from shelhamer/fix-docker-flags

Fix flags for nvidia-docker from #3518

fix flags in #3518 for nvidia-docker

nvidia-docker requires long args with equal sign as of docker 1.10:
see https://github.com/BVLC/caffe/pull/3518#issuecomment-189576419

Merge pull request #3518 from zalando/feature/docker_images

[build] Add docker images for running caffe out-of-the-box (caffe:cpu, caffe:gpu)

Add Dockerfiles for creating Caffe executable images.

These can be used as direct replacements for the Caffe executable.

Merge pull request #3211 from shelhamer/input-layer

Add Input Layer to Replace `input`s

Deprecate ForwardPrefilled(), Forward(bottom, loss) in lieu of dropping

Relax removal of `Forward()` variations by deprecating instead.

[examples] switch examples + models to Input layers

collect Net inputs from Input layers

Restore the list of net inputs for compatibility with the
pycaffe and matcaffe interfaces and downstream C++.

drop Net inputs + Forward with bottoms

Drop special cases for `input` fields, the `Net` input members,
and the `Net` interface for Forward with bottoms along with
Forward() / ForwardPrefilled() distinction.

deprecate input fields and upgrade automagically

add InputLayer for Net input

Create an input layer to replace oddball Net `input` fields.

Merge pull request #3612 from kashefy/tied_weights_ip_transpose

Tied weights with transpose flag for InnerProduct layer

Merge pull request #3715 from olesalscheider/master

CMake: Do not include "${PROJECT_BINARY_DIR}/include" with SYSTEM option

Merge pull request #3703 from shaibagon/pycaffe_nd_blobs

[pycaffe] make pycaffe support N-D blobs throughout

Merge pull request #3719 from shelhamer/new-tutorial-notebooks

[example] Improve Tutorial Notebooks on Classification, Learning LeNet, and Fine-tuning

CMake: Do not include "${PROJECT_BINARY_DIR}/include" with SYSTEM option

This is important for the include order. Without this patch, a
previously installed caffe.pb.h might be included instead of the one
that is generated during the build.

[example] improve brewing logreg notebook

- create solvers inline through python protobuf
- drop manually written solver prototxt
- remove ordering prefix, since there is no real sequencing constraint
  for this example

[example] improve fine-tuning notebook

- add headings and text detail
- make nets by net spec
- define solvers inline through python protobuf
- do two-stage fine-tuning (first last layer alone, then end-to-end)
- show sample results

[example] improve learning LeNet notebook

- add subheadings and list steps for structure
- edit text and comments for clarity
- switch paths and use chdir for idempotency of scripts [shelhamer]
- title accuracy plots, rename ip -> fc to fit common naming, and
  rename output layer -> score [shelhamer]
- add experimentation section [shelhamer]

[data] get_mnist.sh rewrite; prevents prompt in tutorial notebooks

[example] improve classification notebook

- add subheadings and list steps
- edit text, add comments, and try to make the code more understandable
- add new section for summary and encouragement to try your own image

removing all references to Blob.num property (that assumes Blob is 4D). Replacing it with accessing Blob.shape[0] - for Blobs with num_axes() != 4

Merge pull request #3696 from shelhamer/fix-osx-install-name

fix library install name on OS X for @rpath linking

Merge pull request #3695 from shelhamer/fix-osx-elcap-cuda-link

Fix OS X El Capitan linking for CUDA

Fix OSX El Capitan CUDA incompatibility, by adding lib to rpath