[TravisCI] - build protobuf3 GA

Merge pull request #4589 from sungjunhong/master

Correct a minor mistake in statements

Merge pull request #4605 from shelhamer/osx-cudnn-dylib

[build] Help CMake Find cuDNN on OS X

make cmake find cuDNN on Mac OS

dylib instead of so on OS X

Merge pull request #4604 from shelhamer/fix-elcap-blas

[build] make: set default BLAS include for OS X 10.11

[build] set default BLAS include for OS X 10.11

the latest hunt for the ever-elusive vecLib/Accelerate

Merge pull request #3272 from ixartz/master

[cmake] OSX 10.10 (and more) use Accelerate Framework instead of veclib

Merge pull request #4247 from jklontz/master

[cmake] Fix vecLib search order

Merge pull request #4596 from keskarnitish/master

[examples] fix comment typo In Sigmoid CIFAR-10 example

Fixing Typo In Sigmoid CIFAR-10 Examples

There was a mismatch between the iterations interval in the comment and the actual code.

Correct a mistake on math notation

Merge pull request #4379 from alicanb/master

add default value to rms_decay and fix documentation

Merge pull request #4559 from fyu/loss_reshape

Fix Label Shape Check in LossLayer::Reshape

num in blob is deprecated

Merge pull request #4516 from intelfx/BVLC-work

CMake: link with ${HDF5_HL_LIBRARIES}

Merge pull request #4523 from delftrobotics/cmake-atlas

Fix search for Atlas on arch.

Fix search for Atlas on arch.

CMake: link with ${HDF5_HL_LIBRARIES}

Fixes issue #3224.

Merge pull request #4474 from lukeyeager/bvlc/travis-cache

Stop setting cache timeout in TravisCI

Stop setting cache timeout in TravisCI

It refers to the caching command timeout, not how long before the caches
expire as I had thought.

Merge pull request #4459 from lukeyeager/bvlc/example-scripts

Add "set -e" and $@ to example scripts

Merge pull request #4455 from ShaggO/spaceSupportILSVRC12MNIST

Support spaces in path when downloading ILSVRC12 and MNIST

Add "set -e" and $@ to example scripts

Support spaces in path when downloading ILSVRC12 and MNIST

Merge pull request #4343 from nitnelave/python/top_names

improve top_names and bottom_names in pycaffe

Merge pull request #4451 from ShaggO/cifar10space

Support for spaces in directories when downloading cifar10

add test for top/bottom names

improve top_names and bottom_names in pycaffe

Support for spaces in directories when downloading cifar10

Merge pull request #4351 from nitnelave/python/set_random_seed

[pycaffe] add set_random_seed to the python interface

Merge pull request #4448 from lalelale/patch-2

Fix comment error in parse_log.py

Update parse_log.py

Aligned output description in docstring with actual output returned by parse_log

add set_random_seed to the python interface

Merge pull request #4359 from ibmsoe/fix-EmbedLayerTest

fix equality check in EmbedLayer test

Fix for a random failure in this test due to floating point comparison. So, instead of exact match, used EXPECT_FLOAT_EQ that tolerates some precision while comparing two floats

Merge pull request #4348 from nitnelave/python/clear_params

Add clear_param_diffs to the python net interface

Merge pull request #2984 from marco-c/dont_squeeze

No need to squeeze the output of the network in detector.py

Merge pull request #4433 from lukeyeager/bvlc/cmake-install-python

Fix Python installation with CMake install target

Merge pull request #4408 from cdoersch/draw_net_phase

Add phase support for draw net

Merge pull request #3863 from lukeyeager/bvlc/expose-all-netstate-options

Expose all netstate options (for all-in-one nets)

Fix Python installation with CMake install target

Add phase support for draw net

corrected rmsprop documentation

add default value for rms_decay

add unit test for clear_param_diffs

add clear_param_diffs to the python net interface

Merge pull request #3020 from philkr/python_solver_callback

Exposing solver callbacks to python

Exposing solver callbacks to python

Add level and stages to pycaffe

Uses Boost.Python's pattern matching to differentiate between
constructors
Also adds Python tests for all-in-one nets

Add phase, level and stages to tools/caffe

Adds command-line flags for phase, level and stage

train -- override level and stages for test_state from solver
test -- set level and stages
time -- set phase, level and stages

Add level and stages to Net constructor

This internal functionality will be exposed through the various
interfaces in subsequent commits
Also adds C++ tests for all-in-one nets

Merge pull request #4227 from philkr/save_hdf5

[pycaffe] expose saving/loading nets as hdf5 to python

Exposing load_hdf5 and save_hdf5 to python

Merge pull request #4259 from chuckcho/fixing-typo

Fixing a typo

Fixing a typo

Merge pull request #4254 from lukeyeager/bvlc/travis-caching

[build] Cache protobuf3 build in TravisCI

Merge pull request #3948 from jeffdonahue/recurrent-layer

RNN + LSTM Layers

Add LSTMLayer and LSTMUnitLayer, with tests

Add RNNLayer, with tests

Add RecurrentLayer: an abstract superclass for other recurrent layer types

Cache protobuf3 build in TravisCI

Fix vecLib search order for clients with both the old vecLib framework and the new Accelerate framework

Merge pull request #4236 from CDLuminate/fix-spelling-error

fix spelling error in memory_data_layer.cpp

Merge pull request #4218 from malreddysid/master

Resolve SIGSEGV error in image_data_layer.cpp

fix spelling error in memory_data_layer.cpp

Check for non-empty ImageData filelist.

Merge pull request #4214 from lukeyeager/bvlc/remove-comment-in-tests

Remove misleading comment from a test file

Remove misleading comment from a test file

Merge pull request #4207 from lukeyeager/bvlc/travis-overhaul

[testing] Overhaul TravisCI

Overhaul TravisCI

* Run on Ubuntu 14.04
* Test cuDNN builds
* Build with OpenBLAS

NOTE: Python3 build only works with CMake

Merge pull request #4059 from crazytan/master

handle spaces in image file names

Thanks @bchu for an earlier implementation.

handle image names with spaces

Merge pull request #4070 from crazytan/ipython

fix problems in net_surgery.ipynb

Merge pull request #4146 from yalesong/fix-makefile-osx-yosemite

Fix Makefile CUDA_VERSION extraction on OSX Yosemite

Merge pull request #4148 from bobpoekert/window_data_nonzero_check

Window data foreground/background nonzero check

Merge pull request #4159 from flx42/cudnn_v5_support

Add cuDNN v5 support, drop cuDNN v3 support

Update supported cuDNN version in the documentation

Update Dockerfile to cuDNN v5

Add cuDNN v5 support, drop cuDNN v3 support

cuDNN v4 is still supported.

add check for background and foreground window size > 0 in WindowData layer

Merge pull request #4144 from millskyle/python_io_typo

[bug] typo in io.py

Fix Makefile CUDA_VERSION extraction on OSX Yosemite

fixed typo in io.py

Merge pull request #4128 from gdh1995/master

a comment misses a space char

a comment misses a space char

Merge pull request #4121 from rayglover-ibm/cmake

[build] CMake customisable version/soversion

[build] (CMake) customisable Caffe version/soversion

Merge pull request #4117 from lukeyeager/bvlc/fix-lmdb-pr

[bug] Catch MDB_MAP_FULL errors from mdb_txn_commit

Catch MDB_MAP_FULL errors from mdb_txn_commit

Merge pull request #2079 from longjon/parameter-layer

Add parameter layer for learning any bottom

Merge pull request #4101 from erictzeng/reshape_zero

Allow reshaping blobs to size 0.

Allow reshaping blobs to size 0.

Also add a test that reshapes a blob to shape (0, 5).

fix problems in net_surgery.ipynb

add parameter layer for learning any bottom

Merge pull request #4094 from shelhamer/make-clean-clears-distribute

Note that `make clean` clears build and distribute dirs

[build] note that `make clean` clears build and distribute dirs

Merge pull request #4048 from achalddave/python_plot_exit_properly

(Minor) Exit on error and report argument error details

Merge pull request #3995 from ZhouYzzz/python-phase

Allow the python layer have attribute "phase"

Merge pull request #4082 from flx42/pin_base_docker_image

Pin the base image version for the GPU Dockerfile

Fix typo (indecies->indices)