fix post-rebase param bugs

convert existing models to new format (used tools/upgrade_net_proto with
no manual editing)

LayerType enum

put inputs before layers in the proto so they print in that order

add test for input/input_dim and fix bug, wasn't copying input

add upgrade_net_proto tool

fix insert_splits for new layer param format

add test which includes upgraded params

add imagenet upgrade test and fix bug in upgrade_proto

more padding layer upgrade tests

imagenet padding upgrade test

set correct bottom blob name in upgraded conv layer

function to upgrade padding layers

make solver use upgrade_proto (by constructing net with a string) and
fix upgrade_proto bugs

add deprecated protos to PROTO_OBJS in makefile so things compile; other
minor cleanup of includes etc

make ReadProtoFromTextFile not die on parse failure; add
ReadProtoFromTextFileOrDie which has the old functionality

add V0NetParameter and UpgradeV0Net

caffe.proto: layer->layers

add v0->v1 'bridge' proto and add util that uses it

move caffe.proto.v0 -> deprecated/caffe.v0.proto and add separate target
makefile target for it

update tests for new proto format; now they compile

changes to layers etc to make 'make all' run successfully under new
caffe.proto

add duplicated params from InnerProductParam to ConvolutionParam and
PoolingParam etc, create InfogainLossParam

HDF5DataParameter message and concat_param

NetParameter.layers -> layer

remove LayerConnection from proto, bottom and top now in LayerParameter

move LayerParameter and individual layer param messages to bottom of
caffe.proto

move individual layer parameters to individual proto messages

create file caffe.proto.v0 which duplicates current caffe.proto

fix caffe.proto style bugs

Merge pull request #266 from longjon/toomanyargs

Passing too many args to tool binaries is an error

Merge pull request #268 from longjon/debug

Add DEBUG option to Makefile/Makefile.config.example

add DEBUG option to Makefile/Makefile.config.example

This allows debugging to be toggled without dirtying the tree.

tools should have nonzero error exit codes

passing too many args to tool binaries is an error

Merge pull request #265 from jeffdonahue/hdf5-output-tmpfile-fix

Change hdf5 output layer test output file to use tmpnam

change hdf5 output layer test output file to a tmpnam rather than
hard-coded path

installation proofreading, split parallel compilation

Merge pull request #255 from shelhamer/copyright-credit

Standardize copyright, add root-level CONTRIBUTORS credit, note copyright assignment

note copyright assignment in development guide

Standardize copyright, add root-level CONTRIBUTORS credit

Merge pull request #260 from kloudkl/fix_doc_typos

Fix doc typos

removing lena in favor of cat

Add packages installation command for CentOS/RHEL

Fix imagenet pretrained links

Add in doc how to remove leveldb dir if existed

Fix feature extraction reference model path and file list command bugs

fixed compilation error on window_data_layer.cu in 10.8

Add headers to build on OS X

Separate WindowDataLayer::Forward_gpu into a cu file

Separate ImagesLayer::Forward_gpu into a cu file

Merge pull request #201 from kloudkl/more_math_functions

Add more convenience math functions and all tests pass

Merge pull request #252 from kloudkl/hdf5_output_layer

Hdf5 output layer

Separate HDF5OutputLayer::Forward_gpu/Backward_gpu into cu file

Fixed CPPLint errors related to math funtions

Rename signbit in macros to sgnbit to avoid conflicts with std::signbit

Add signbit math func, simplify GPU defs & instantiations with a macro

Add and test non-in-place scale math functions for CPU and GPU

Use macro to simplify element wise cpu math functions

Add and test element wise abs math functions for CPU and GPU

Instantiate caffe_cpu_sign for float and double

Add and test element wise sign math funtions for CPU and GPU

Add and test sum of absolute values math functions for CPU and GPU

Rebase and change the HDF5OutputLayer::Forward/Backward signatures

Add HDF5OutputLayer to the layer factory

Implement and test HDF5OutputLayer

Implement HDF5 save dataset IO utility function

Merge pull request #165 from BVLC/boost-eigen

MKL/non-MKL Reconciliation

Caffe no longer requires MKL. By default it builds without it, relying on atlas and cblas instead. Set the `USE_MKL` var in your Makefile.config accordingly.

Set copyright to BVLC and contributors.

The exact details of the contributions are recorded by versioning.

Hide boost rng behind facade for osx compatibility

Split boost random number generation from the common Caffe singleton and
add a helper function for rng. This resolves a build conflict in OSX
between boost rng and nvcc compilation of cuda code.

Refer to #165 for a full discussion.

Thanks to @satol for suggesting a random number generation facade rather
than a total split of cpp and cu code, which is far more involved.

lint

clean up residual mkl comments and code

The FIXMEs about RNG were addressed by caffe_nextafter for
uniform distributions and the normal distribution concern is surely a
typo in the boost documentation, since the normal pdf is correctly
stated elsewhere in the documentation.

Added extern C wrapper to cblas.h include

This ensures that it works with ATLAS's header file, which doesn't include such
a guard itself (whereas the reference version from Ubuntu's libblas-dev does)

Fixed order of cblas and atlas linker flags

They were the wrong way round, causing linking to fail in some cases

comment out stray mkl includes

make MKL switch surprise-proof

rewrite MKL flag note, polish makefile

add MKL dirs conditioned on USE_MKL
include libraries before making LD_FLAGS

major refactoring allow coexistence of MKL and non-MKL cases

Replace atlas with multithreaded OpenBLAS to speed-up on multi-core CPU

issue: #79

fix bernoulli generator bug

add bernoulli rng test to demonstrate bug (generates all 0s unless p ==
1)

change all Rng's to use variate_generator for consistency

use boost variate_generator to pass tests w/ boost 1.46 (Gaussian filler
previously filled in all NaNs for me, making many tests fail)

make uniform distribution usage compatible with boost 1.46

mean_bound and sample_mean need referencing with this

nextafter templates off one type

relax precision of MultinomialLogisticLossLayer test

Fix math funcs, add tests, change Eigen Map to unaligned for lrn_layer

[shelhamer: removed math function tests, since they were merged via
other branches]

Fix test stochastic pooling stepsize/threshold to be same as max pooling

Fixed FlattenLayer Backward_cpu/gpu have no return value

Fixed uniform distribution upper bound to be inclusive

compile caffe without MKL (dependency replaced by boost::random, Eigen3)

- examples, test and pycaffe compile without problem (matcaffe not tested)
- tests show some errors (on cpu gradient tests), to be investigated
- random generators need to be double checked
- mkl commented code needs to be removed

Merge pull request #247 from jeffdonahue/loss-in-forward-window-data-layer

Loss in forward pass fix for window data layer

loss in forward pass fix for window data layer

Merge pull request #209 from jeffdonahue/loss-in-forward-pass

Compute loss in the forward pass

Back-merge documentation and script fixes

fix script path incantation
convert css indentation to spaces
fix cifar10 leveldb creation path
wget without checking certificate for dropbox (dodge complaint on linux)
docs: added list of contributors
minor style update of docs

fix script path incantation

convert css indentation to spaces

fix cifar10 leveldb creation path

wget without checking certificate for dropbox (dodge complaint on linux)