Merge pull request #4979 from davidbrai/allow-parse_log-to-skip-lines

Support solver resumes in parse_log.py

Merge pull request #4986 from shelhamer/sigce-ignore

Sigmoid Cross-Entropy Loss: ignore selected targets by `ignore_label`

sigmoid cross-entropy loss: normalize loss by different schemes

sig-ce loss handles all the same normalizations as the softmax loss;
refer to #3296 for more detail.

this preserves the default normalization for sig-ce loss: batch size.

Merge pull request #4993 from shelhamer/bitfusion-ami

docs: include installation pointer to AWS AMI

docs: include AWS AMI pointer

docs: Guillaume Dumont is the Windows maintainer

sigmoid cross-entropy loss: ignore selected targets by `ignore_label`

sig-ce learns to ignore by zeroing out the loss/diff at targets equal to
the configured `ignore_label`.

n.b. as of now the loss/diff are not properly normalized when there are
ignored targets. sig-ce loss should adopt the same normalization options
as softmax loss.

support solver resumes in parse_log.py

Currently parse_log.py skips all non timestamped lines
only once. When resuming a solver and appending to the
same log file, it creates more non timestamped log lines.
This change allows the script to silently skip those lines.

Merge pull request #4971 from williford/docs-installation-add-quotes

Put quotes around titles in YAML front matter of installation docs to remove errors

Put quotes around titles in YAML front matter.

The colon produces errors unless the title is in quotes. This causes the minor
issue of the HTML title not being set.

See:
https://github.com/jekyll/jekyll/issues/549

Merge pull request #4914 from williford/issue_template

Add GitHub issue template to curb misuse

Add Github issue template to curb misuse.

For information on Github issue templates, see:
https://github.com/blog/2111-issue-and-pull-request-templates

The template has been revised according to discussion with @shelhamer
and @willyd on pull request BVLC/caffe#4914.

Merge pull request #4941 from karas84/caffe-pr

corrected typo in accuracy_layer.hpp: MaxTopBlos -> MaxTopBlobs

Merge pull request #4937 from nihui/patch-1

add the missing star in comment

corrected typo in accuracy_layer.hpp: MaxTopBlos -> MaxTopBlobs

add the missing star in comment

a trival commit which adds the missing star ;)

Merge pull request #4908 from shelhamer/sigce-gpu

Sigmoid Cross-Entropy Loss: add GPU forward for full GPU mode speed-up

sigmoid cross-entropy loss: add GPU forward for full GPU mode

close #3004

Merge pull request #4813 from Shamanoid/patch-1

Fix: docs/yum_install.md glog broken link

Merge pull request #4812 from wk910930/fix-typo

fix typo in pascal_multilabel_datalayers.py

Fix: docs/yum_install.md glog broken link

fixes the broken glog link in yum_install.md which is currently returning a 404.

fix typo in pascal_multilabel_datalayers.py

Merge pull request #4793 from cypof/cudnn_path

NV changed path to cuDNN

NV changed path to cudnn

Merge pull request #4785 from bwilbertz/slightly_relax_batch_norm_check

slightly relax batch norm check

slightly relax batch norm check

Merge pull request #4779 from shelhamer/ignore-visualstudio

Ignore Visual Studio Metadata

Ignore Visual Studio Code files.

Merge pull request #4769 from lukeyeager/bvlc/travis-protobuf3-url

[TravisCI] google/protobuf renamed the 3.0 branch

[TravisCI] google/protobuf renamed the 3.0 branch

Merge pull request #4600 from bwilbertz/fix_scale_layer

fix layerSetUp of scale_layer to not add bias blob when already present

Merge pull request #4704 from shelhamer/groom-batch-norm

Batch Norm: Further Documentation and Simplified Definition

Merge pull request #4728 from mlloreda/patch-1

[examples] Fixed typos in examples/cpp_classification/readme

Fixed typos in examples/cpp_classification/readme

batch norm: auto-upgrade old layer definitions w/ param messages

automatically strip old batch norm layer definitions including `param`
messages. the batch norm layer used to require manually masking its
state from the solver by setting `param { lr_mult: 0 }` messages for
each of its statistics. this is now handled automatically by the layer.

batch norm: hide statistics from solver, simplifying layer definition

batch norm statistics are not learnable parameters subject to solver
updates, so they must be shielded from the solver. `BatchNorm` layer now
masks its statistics for itself by zeroing parameter learning rates
instead of relying on the layer definition.

n.b. declaring `param`s for batch norm layers is no longer allowed.

[docs] identify batch norm layer blobs

Merge pull request #4705 from shelhamer/ubuntu-cuda-version

Document that Ubuntu 16.04 Requires CUDA 8

[docs] note CUDA 8 requirement for Ubuntu 16.04

[docs] clarify handling of bias and scaling by BiasLayer, ScaleLayer

A bias/scaling can be applied wherever desired by defining the
respective layers, and `ScaleLayer` can handle both as a memory
optimization.

Merge pull request #4702 from cypof/timer_sync_on_read

Benchmarking should not impact perf until timer is read

Benchmarking should not impact perf until timer is read

fix layerSetUp of scale_layer to not add bias blob when already present

Merge pull request #4647 from ClimbsRocks/patch-3

changes "c++" to "C++" for consistency

Merge pull request #4646 from ClimbsRocks/patch-2

fixes typo- duplicate "a a"

Merge pull request #4645 from ClimbsRocks/patch-1

updates tense in docs

Merge pull request #4655 from lukeyeager/bvlc/protobuf3-build-fix

[TravisCI] build protobuf3 GA

[TravisCI] - build protobuf3 GA

changes "c++" to "C++" for consistency

fixes typo- duplicate "a a"

updates tense in docs

"could" seems to imply for some reason that something is blocking one from calling the registered layers. "can" lays out more directly that a user can choose to do this.

Merge pull request #4589 from sungjunhong/master

Correct a minor mistake in statements

Merge pull request #4605 from shelhamer/osx-cudnn-dylib

[build] Help CMake Find cuDNN on OS X

make cmake find cuDNN on Mac OS

dylib instead of so on OS X

Merge pull request #4604 from shelhamer/fix-elcap-blas

[build] make: set default BLAS include for OS X 10.11

[build] set default BLAS include for OS X 10.11

the latest hunt for the ever-elusive vecLib/Accelerate

Merge pull request #3272 from ixartz/master

[cmake] OSX 10.10 (and more) use Accelerate Framework instead of veclib

Merge pull request #4247 from jklontz/master

[cmake] Fix vecLib search order

Merge pull request #4596 from keskarnitish/master

[examples] fix comment typo In Sigmoid CIFAR-10 example

Fixing Typo In Sigmoid CIFAR-10 Examples

There was a mismatch between the iterations interval in the comment and the actual code.

Correct a mistake on math notation

Merge pull request #4379 from alicanb/master

add default value to rms_decay and fix documentation

Merge pull request #4559 from fyu/loss_reshape

Fix Label Shape Check in LossLayer::Reshape

num in blob is deprecated

Merge pull request #4516 from intelfx/BVLC-work

CMake: link with ${HDF5_HL_LIBRARIES}

Merge pull request #4523 from delftrobotics/cmake-atlas

Fix search for Atlas on arch.

Fix search for Atlas on arch.

CMake: link with ${HDF5_HL_LIBRARIES}

Fixes issue #3224.

Merge pull request #4474 from lukeyeager/bvlc/travis-cache

Stop setting cache timeout in TravisCI

Stop setting cache timeout in TravisCI

It refers to the caching command timeout, not how long before the caches
expire as I had thought.

Merge pull request #4459 from lukeyeager/bvlc/example-scripts

Add "set -e" and $@ to example scripts

Merge pull request #4455 from ShaggO/spaceSupportILSVRC12MNIST

Support spaces in path when downloading ILSVRC12 and MNIST

Add "set -e" and $@ to example scripts

Support spaces in path when downloading ILSVRC12 and MNIST

Merge pull request #4343 from nitnelave/python/top_names

improve top_names and bottom_names in pycaffe

Merge pull request #4451 from ShaggO/cifar10space

Support for spaces in directories when downloading cifar10

add test for top/bottom names

improve top_names and bottom_names in pycaffe

Support for spaces in directories when downloading cifar10

Merge pull request #4351 from nitnelave/python/set_random_seed

[pycaffe] add set_random_seed to the python interface

Merge pull request #4448 from lalelale/patch-2

Fix comment error in parse_log.py

Update parse_log.py

Aligned output description in docstring with actual output returned by parse_log

add set_random_seed to the python interface

Merge pull request #4359 from ibmsoe/fix-EmbedLayerTest

fix equality check in EmbedLayer test

Fix for a random failure in this test due to floating point comparison. So, instead of exact match, used EXPECT_FLOAT_EQ that tolerates some precision while comparing two floats

Merge pull request #4348 from nitnelave/python/clear_params

Add clear_param_diffs to the python net interface

Merge pull request #2984 from marco-c/dont_squeeze

No need to squeeze the output of the network in detector.py

Merge pull request #4433 from lukeyeager/bvlc/cmake-install-python

Fix Python installation with CMake install target

Merge pull request #4408 from cdoersch/draw_net_phase

Add phase support for draw net

Merge pull request #3863 from lukeyeager/bvlc/expose-all-netstate-options

Expose all netstate options (for all-in-one nets)

Fix Python installation with CMake install target

Add phase support for draw net

corrected rmsprop documentation

add default value for rms_decay

add unit test for clear_param_diffs

add clear_param_diffs to the python net interface

Merge pull request #3020 from philkr/python_solver_callback

Exposing solver callbacks to python

Exposing solver callbacks to python

Add level and stages to pycaffe

Uses Boost.Python's pattern matching to differentiate between
constructors
Also adds Python tests for all-in-one nets

Add phase, level and stages to tools/caffe

Adds command-line flags for phase, level and stage

train -- override level and stages for test_state from solver
test -- set level and stages
time -- set phase, level and stages