Merge pull request #5 from hjmjohnson/RemoveEndOfLineSpaces

Remove end of line spaces

STYLE: Remove trailing whitespace in Fortran files

This is mostly a long term maintenance improvement.

Many coding styles require elimination of trailing whitespace, and
many editors and source code management configurations automatically
gobble up whitespace. When these tools gobble up whitespace, it
complicates reviewing the meaningful code changes.

By removing whitespace on one patch, it makes future
code reviews much easier.

=SCRIPT====================================================================

if which tempfile &>/dev/null; then
  TEMPMAKER=tempfile
elif which mktemp &>/dev/null; then
  TEMPMAKER=mktemp
else
  echo "Cannot find tempfile program." 2>&1
  exit 1
fi

MYTEMP=$($TEMPMAKER)
trap 'rm -f $MYTEMP' SIGINT SIGTERM

stripit() {
  echo "stripping $1"
  sed 's/[ \t]*$//' "$1" > $MYTEMP
  cp $MYTEMP "$1"
}

if [ $# -gt 0 ]; then
  while [ "$1" != "" ]; do
    stripit $1
    shift
  done
else
  while read -t 2; do
    stripit $REPLY
  done
fi

rm $MYTEMP
=================================================

STYLE: Remove trailing whitespace in MISC files

This is mostly a long term maintenance improvement.

Many coding styles require elimination of trailing whitespace, and
many editors and source code management configurations automatically
gobble up whitespace. When these tools gobble up whitespace, it
complicates reviewing the meaningful code changes.

By removing whitespace on one patch, it makes future
code reviews much easier.

=SCRIPT====================================================================

if which tempfile &>/dev/null; then
  TEMPMAKER=tempfile
elif which mktemp &>/dev/null; then
  TEMPMAKER=mktemp
else
  echo "Cannot find tempfile program." 2>&1
  exit 1
fi

MYTEMP=$($TEMPMAKER)
trap 'rm -f $MYTEMP' SIGINT SIGTERM

stripit() {
  echo "stripping $1"
  sed 's/[ \t]*$//' "$1" > $MYTEMP
  cp $MYTEMP "$1"
}

if [ $# -gt 0 ]; then
  while [ "$1" != "" ]; do
    stripit $1
    shift
  done
else
  while read -t 2; do
    stripit $REPLY
  done
fi

rm $MYTEMP
=================================================

STYLE: Remove trailing whitespace in C files

This is mostly a long term maintenance improvement.

Many coding styles require elimination of trailing whitespace, and
many editors and source code management configurations automatically
gobble up whitespace. When these tools gobble up whitespace, it
complicates reviewing the meaningful code changes.

By removing whitespace on one patch, it makes future
code reviews much easier.

=SCRIPT====================================================================

if which tempfile &>/dev/null; then
  TEMPMAKER=tempfile
elif which mktemp &>/dev/null; then
  TEMPMAKER=mktemp
else
  echo "Cannot find tempfile program." 2>&1
  exit 1
fi

MYTEMP=$($TEMPMAKER)
trap 'rm -f $MYTEMP' SIGINT SIGTERM

stripit() {
  echo "stripping $1"
  sed 's/[ \t]*$//' "$1" > $MYTEMP
  cp $MYTEMP "$1"
}

if [ $# -gt 0 ]; then
  while [ "$1" != "" ]; do
    stripit $1
    shift
  done
else
  while read -t 2; do
    stripit $REPLY
  done
fi

rm $MYTEMP
=================================================

STYLE: Remove trailing whitespace in CMake files

This is mostly a long term maintenance improvement.

Many coding styles require elimination of trailing whitespace, and
many editors and source code management configurations automatically
gobble up whitespace. When these tools gobble up whitespace, it
complicates reviewing the meaningful code changes.

By removing whitespace on one patch, it makes future
code reviews much easier.

Merge pull request #3 from hjmjohnson/FixFindPackgePaths

BUG: Fix pathing to include files

Merge pull request #2 from hjmjohnson/ImproveCMakeBuilding

Improve c make building

COMP: Improve introspection and header configuration

Use CMake capabilities to test if the specified fortran
and C compilers are compatible.  Fail early if they are
determined to be incompatible.

Use CMake capabilities to generate platform specific
header files, If CMake FortranCInterface_HEADER function
fails to identify FortranCInterface_GLOBAL_FOUND or
FortranCInterface_MODULE_FOUND, then fall back to the
statically generated file that is used by Makefiles.

BUG: Fix pathing to include files

During building of external packages, only the build tree or install
tree files should be used (the source tree may not be available from
the binary package).  Set to use the build tree locations for the
configuration files.

STYLE: Change source template files to .in extension

The cblas_mangling_with_flags.h and lapacke_mangling_with_flags.h
are template files that are not used directly.  They need to be
configured (i.e. copied) to lapacke_mangling.h and cblas_mangling.h
header files that are used.  These renamings make the intent of
these files more clearly reported.

The file LAPACKE/include/lapacke_mangling.h should not be stored in the
repository because it should be generated (copied from above) at build
time.

Description: Fix various typos
Author: Sébastien Villemot <sebastien@debian.org>
Forwarded: yes, by email to lapack@cs.utk.edu on 2016-06-26

Update date, version for 3.6.1 release

Adding *trevc3 routines to CMakefile.txt file + fix lapacke.h

Fix *syswapr definition

From compiler warning.

Patch from Tim Hopkins sent by email on March 14th, 2016
(merge from Julien on June 17th, 2016)

SLASD1 and DLASD1: IDXQ should be [in,out]

Reported by Eugene Chereshnev on April 4th 2016
See:
http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/posting.php?mode=reply&f=13&t=4941

ZGEJSV: coding style unification - DOUBLE COMPLEX

Reported by Eugene Chereshnev on April 4th 2016
See:
http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/posting.php?mode=reply&f=13&t=4943

CGESVDX and ZGESVDX contain double assignment to ALLS and INDS variables

reported by Eugene Chereshnev on April 4th 2016
See:
http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/posting.php?mode=reply&f=13&t=4942

SBDSVDX and DBDSVDX routines contain wrong name in description of INFO parameter:

reported by Eugene Chereshnev on April 4th 2016
See:
http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/posting.php?mode=reply&f=13&t=4945

Missing verbatim tags in ILAVER, CGESVJ, CGEJSV, ZGEJSV

reported by Eugene Chereshnev on April 4th 2016
See:
http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/posting.php?mode=reply&f=13&t=4946

In LAPACKE interfaces for ?GGSVD3, ?GGSVP3 in LWORK query all *_t matrices should be replaced with ones without _t.

reported by Alex Zotkevich, Intel Co. on april 11th 2016
See http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4950

Update Descriptions for IL, IU, VL and VU

reported by Alex Zotkevich, Intel Co. on april 11th 2016
See http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4951

?LAQR5, ?LASQ3, ?LASQ4: some fixes in doc

reported by Alex Zotkevich, Intel Co. on april 11th 2016
See http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4953

Align definition of DIFR on *lasd8

Reported by Alex Zotkevich, Intel Co. on april 11th 2016
See http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4954

For some reason, my `git` does not like the spaces that were at the start of
the gitignore command *.[oa]. I removed the spaces and my `git` follows the
.gitignore. Better for me now.

Fix from Vladimir Chalupecky.
See: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4975
In dlasy2.f, INFO = 1 needs to be inserted before line 442.

Fix Compile error with ifort -warn all - Contributed by Orion Poplawski

Compiling current lapack svn trunk with ifort -warn all results in
errors like:

ifort -O3 -fp-model strict -warn all -c sorcsd2by1.f -o sorcsd2by1.o
sorcsd2by1.f(350): error #6633: The type of the actual argument differs
from
the type of the dummy argument.   [0]
           CALL SORBDB1( M, P, Q, X11, LDX11, X21, LDX21, THETA, 0, 0,
------------------------------------------------------------------^
sorcsd2by1.f(350): error #6633: The type of the actual argument differs
from
the type of the dummy argument.   [0]
           CALL SORBDB1( M, P, Q, X11, LDX11, X21, LDX21, THETA, 0, 0,
---------------------------------------------------------------------^
sorcsd2by1.f(351): error #6633: The type of the actual argument differs
from
the type of the dummy argument.   [0]
    $                    0, 0, WORK, -1, CHILDINFO )
--------------------------^
sorcsd2by1.f(351): error #6633: The type of the actual argument differs
from
the type of the dummy argument.   [0]
    $                    0, 0, WORK, -1, CHILDINFO )
-----------------------------^

ifort -O3 -fp-model strict -warn all -c cgesdd.f -o cgesdd.o
cgesdd.f(343): error #6633: The type of the actual argument differs
from the
type of the dummy argument.   [CDUM]
           CALL CGEBRD( M, N, CDUM(1), M, CDUM(1), DUM(1), CDUM(1),
-------------------------------------------^

blocked back-transformation for the non-symmetric eigenvalue problem - Contribution from Mark Gates (UTK)

From mark:
It blocks NB gemv calls into one gemm call inside trevc. To do that, it
needs a new routine, trevc3, because unfortunately the lwork was not
passed into trevc. (I highly recommend all new routines always pass
lwork and lrwork, where applicable, to enable future upgrades & to
catch lwork bugs.)

Merge pull request #1 from jschueller/testing

Adding Julien Schueller's fox for CBLAS cmake

Add Travis config file

Fix empty cmake replace

Adapt lapack_testing.py to work on both Python 2 and Python 3

Contributed by Julien Schueller

Sent to Julie on May 8th 2016
Correspond to SVN rev 1748.

Bug report 2/2 from Lawrence Mulholland (NAG)
See: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4970
Posted on Wed May 25th

From Lawrence
=============
In zhbgvd.f (chbgvd.f)
Line 312: LRWMIN = N
Line 374: Call ZHBGST(....,RWORK(INDWRK), IINFO)
INDWRK = N+1 and ZHBGST requires RWORK(N)

Therefore either
i. line 312 should be LWMIN = 2*N; or,
ii. line 374 should use RWORK(INDE)

From Julien
===========

Let us go with fix (ii) then.
Note: I simply used "RWORK", not "RWORK(INDE)

Bug report 1/2 from Lawrence Mulholland (NAG)
See: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4970
Posted on Wed May 25th

From Lawrence
=============
In dsbgvd.f (ssbgvd.f)

with the case WANTZ = .False.
LWMIN = 2*N (line 282)

But, (line 140)

Call dsbgst(.....,work(INDWRK), iinfo)

where INDWRK = N+1 and dsbgst requires a workspace of 2*N

Therefore either
i. line 282 should be LWMIN = 3*N; or,
ii. line 140 should use WORK(INDE)

From Julien
===========

Let us go with fix (ii) then.
Note: I simply used "WORK", not "WORK(INDE)"

apply 1742, 1743 and 1744

------------------------------------------------------------------------
r1744 | langou | 2016-04-29 15:39:17 -0600 (Fri, 29 Apr 2016) | 15 lines

See post of Nathan Whitehead on the forum (4/29/2016)
http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4958

Addressing second comment (out of two):

"For GELSS, there is a DUM dummy argument but it is complex, [CZ]GEBRD expects
a real array as 6th argument. I added a "REAL DUMMY(1)" in local arrays, then
passed DUMMY for 6th argument of [CZ]GEBRD."

(Use the array S instead of creating a REAL DUMMY(1) array.)

(Update the thank-you file.)

------------------------------------------------------------------------
r1743 | langou | 2016-04-29 15:12:04 -0600 (Fri, 29 Apr 2016) | 4 lines

( minor: re-indent the file zgges3.f )

------------------------------------------------------------------------
r1742 | langou | 2016-04-29 15:11:31 -0600 (Fri, 29 Apr 2016) | 14 lines

See post of Nathan Whitehead on the forum (4/29/2016)
http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4958

Addressing first comment (out of two):

"For CGGES3, there is an argument that is complex where a real array is expected.
SRC/cgges3.f:397
I changed WORK to RWORK in the second to last argument to CHGEQZ."

(Update the thank-you file.)

Fix CUNCSD: Illegal use of integer for array argument - [Forum 4956, reported by nathanw]

In the CUNCSD function I saw an illegal use of an integer for an array argument.
To fix I replaced 0 with U1 in 4th argument of CUNGQR and CUNGLQ to be consistent with ZUNCSD.
SRC/cuncsd.f:491,496

From Mark Gates (UTK) - Fix Bug 157 - Various bugs in SVD routines (*gesdd, *gesvd, and *bdsdc).
Items are labelled (a) through (m), omitting (l).
Several are not bugs, just suggestions.

Most bugs are in *gesdd.

There's one bug (g) in *bdsdc. This is the underlying cause of LAPACK bug #111.

There's one bug (m) in [cz]gesvd. I also added an INT() cast in these
assignments to silence compiler warnings. Changed:
    LWORK_ZGEQRF=CDUM(1)
to:
    LWORK_ZGEQRF = INT( CDUM(1) )

Where possible, I ran a test showing the wrong behavior, then a test showing the
corrected behavior. These use a modified version of the MAGMA SVD tester
(calling LAPACK), because I could adjust the lwork as needed. The last 3 columns
are the lwork type, the lwork size, and the lwork formula. The lwork types are:

    doc_old  as documented in LAPACK 3.6.
    doc      as in the attached, updated documentation.
    min_old  minwrk, as computed in LAPACK 3.6.
    min      minwrk, as computed in the attached, updated code.
    min-1    minimum - 1; this should cause gesdd to return an error.
    opt      optimal size.
    max      the maximum size LAPACK will take advantage of;
             some cases, the optimal is n*n + work, while the max is m*n + work.
    query    what gesdd returns for an lwork query; should equal opt or max.

After the lwork, occasionally there is a ! or ? error code indicating:
Error codes:  !  error:  lwork < min. For (min-1), this ought to appear.
              ?  compatability issue:  lwork < min_old, will fail for lapack <= 3.6.

I also tested the update routines on a wide variety of sizes and jobz, with
various lwork.

Besides fixing the bugs below, I made two significant changes.

1)  Changed *gesdd from computing each routine's workspace using, e.g.:
         N*ilaenv(...)
    to querying each routine for its LWORK, e.g.:
                CALL ZGEBRD( M, N, CDUM(1), M, CDUM(1), DUM(1), CDUM(1),
         $                   CDUM(1), CDUM(1), -1, IERR )
                LWORK_ZGEBRD_MN = INT( CDUM(1) )

    This matches how *gesvd was changed in LAPACK 3.4.0.

2)  Changed the Workspace: comments, which were incredibly deceptive.
    For instance, in Path 2 before dbdsdc, it said
        Workspace: need N + N*N + BDSPAC
    since dbdsdc needs the [e] vector, [U] matrix, and bdspac.
    However, that ignores that the [tauq, taup] vectors and [R] matrix
    are also already allocated, though dbdsdc doesn't need them.
    So the workspace needed at that point in the code is actually
        Workspace: need N*N [R] + 3*N [e, tauq, taup] + N*N [U] + BDSPAC
    For clarity, I added in [brackets] what matrices or vectors were allocated,
    and the order reflects their order in memory.

    I may do a similar change for *gesvd eventually. The workspace comments in
    MAGMA's *gesvd have already been updated as above.

================================================================================
a)  Throughout, to simplify equations, let:

    mn = min( M, N )
    mx = max( M, N )

================================================================================
b)  [sdcz]gesdd Path 4 (m >> n, job="all") has wrong minwrk formula in code:
        minwrk = bdspac + mn*mn + 2*mn + mx
               = 4*mn*mn + 6*mn + mx
    This is an overestimate, needlessly rejecting the documented formula:
        doc    = 4*mn*mn + 7*mn
    In complex, the correct min fails, but the doc matches the wrong minwrk.
    Solution: fix code to:
        minwrk = mn*mn + max( 3*mn + bdspac, mn + mx )
               = mn*mn + max( 3*mn*mn + 7*mn, mn + mx )

     Test cases:
        m=40, ..., 100;  n=20;  jobz='A'

    See bug (d) showing documentation is also wrong.
    Also, see bug (i), complex [cz]gesdd should return -12 instead of -13.

================================================================================
bt) transposed case
    [sd]gesdd Path 4t (n >> m, job="all") has a different wrong minwrk; see bug (c).
    [cz]gesdd Path 4t exhibits same bug as Path 4.

    Test cases:
        m=20;  n=40, ..., 100;  jobz='A'

================================================================================
c)  [sd]gesdd Path 4t (n >> m, job="all") has wrong minwrk formula in code,
    different than bug (b):
        minwrk = bdspac + m*m + 3*m
               = 4*mn*mn + 7*mn
    This formula lacks any dependence on N, so the code will fail (without
    setting info; orglq calls xerbla) if N is too large, N > 3*M*M + 6*M.
    Bug does not occur in complex.

    Test cases:
        m=20;  n = 1320;  jobz='A'  ok    with documented lwork
        m=20;  n > 1320;  jobz='A'  fails with documented lwork

    Solution: as in bug (b), fix code to:
        minwrk = mn*mn + max( 3*mn + bdspac, mn + mx )
               = mn*mn + max( 3*mn*mn + 7*mn, mn + mx )

    See bug (d) showing documentation is also wrong.

================================================================================
d)  [sd]gesdd documentation lists the same minimum size for jobz='S' and 'A':
        If JOBZ = 'S' or 'A', LWORK >= min(M,N)*(7 + 4*min(M,N))
    However, jobz='A' actually also depends on max(M,N):
        minwrk = mn*mn + max( 3*mn*mn + 7*mn, mn + mx )
    This causes the formula to fail for mx > 3*mn*mn + 6*mn.

    Test cases:
        m > 1320;  n = 20;    jobz='A'  fails with document lwork, even after fixing bugs (b) and (c).
        m = 20;    n > 1320;  jobz='A'  fails also.

    Solution: in docs, split these two cases. This fix uses an overestimate,
    so that codes using it will be backwards compatible with LAPACK <= 3.6.

        If JOBZ = 'S', LWORK >= 4*mn*mn + 7*mn.
        If JOBZ = 'A', LWORK >= 4*mn*mn + 6*mn + mx.

================================================================================
e)  [sd]gesdd, Path 5, jobz='A' has wrong maxwrk formula in the code:
        MAXWRK = MAX( MAXWRK, BDSPAC + 3*N )
    Should be:
        MAXWRK = MAX( WRKBL, BDSPAC + 3*N )
    This causes the lwork query to ignore WRKBL, and return the minimum
    workspace size, BDSPAC + 3*N, instead of the optimal workspace size.
    However, it only affects the result for small sizes where min(M,N) < NB.
    Path 5t has the correct maxwrk formula.
    Complex is correct for both Path 5 and 5t.

    Test case:
        Compare lwork query with
        M = 30, N = 20, jobz='A', lwork query is 1340
        M = 20, N = 30, jobz='A', lwork query is 3260
        These should be the same.

    Solution: fix code as above.

================================================================================
f)  Not a bug, just a suggestion.
    The lwork minimum sizes are not actually minimums, and can be larger than
    the queried lwork size.

    Solution: add a comment:
    These are not tight minimums in all cases; see comments inside code.

================================================================================
g)  [sd]bdsdc segfaults due to too small workspace size. Its documentation claims:
        If COMPQ = 'N' then LWORK >= (4 * N).
    Based on this, in zgesdd, the rwork size >= 5*min(M,N).
    However, LAPACK bug 111 found that rwork size >= 7*min(M,N) was required.

    In dbdsdc, if uplo='L', then it rotates lower bidiagonal to upper bidiagonal,
    and saves 2 vectors of Givens rotations in work. It shifts WSTART from
    1 to 2*N-1. Then it calls dlasdq( ..., work( wstart ), info ).
    As dlasdq requires 4*N, dbdsdc would now require 6*N in this case.
    This caused zgesdd to require rwork size >= 7*min(M,N) when N > M and jobz='N'.

    My preferred solution is to change WSTART to 1 in the DLASDQ call inside dbdsdc:

          IF( ICOMPQ.EQ.0 ) THEN
             CALL DLASDQ( 'U', 0, N, 0, 0, 0, D, E, VT, LDVT, U, LDU, U,
         $                LDU, WORK( WSTART ), INFO )
             GO TO 40
          END IF

    to:

          IF( ICOMPQ.EQ.0 ) THEN
    *        Ignores WSTART, which is needed only for ICOMPQ = 1 or 2;
    *        using WSTART would change required workspace to 6*N for uplo='L'.
             CALL DLASDQ( 'U', 0, N, 0, 0, 0, D, E, VT, LDVT, U, LDU, U,
         $                LDU, WORK( 1 ), INFO )
             GO TO 40
          END IF

    The [cz]gesdd documentation, which was changed to 7*min(M,N) in LAPACK 3.6,
    may be reverted to 5*min(M,N), if desired.

================================================================================
h)  [sd]gesdd for jobz='N' requires bdspac = 7*n for the dbdsdc workspace.
    However, dbdsdc requires only 4*n, or 6*n before fixing bug (g).
    For backwards compatability, I did not change the code, but added a comment
    for clarification.

================================================================================
i)  [cz]gesdd returns info = -13 instead of info = -12 for lwork errors.

================================================================================
j)  In zgesdd, for computing maxwrk, these paths:
        Path 6,  jobz=A
        Path 6t, jobz=S
        Path 6t, jobz=A
    query ilaenv( 1, zungbr, ... )
    when the code actually calls zunmbr (twice). I corrected it.

================================================================================
k)  In zgesdd documentation, currently
        lrwork >= max( 5*mn*mn + 7*mn, 2*mx*mn + 2*mn*mn + mn )

    It doesn't need that much, particularly for (mx >> mn) case.
        If (mx >> mn), lrwork >= 5*mn*mn + 5*mn;
        else,          lrwork >= max( 5*mn*mn + 5*mn,
                                      2*mx*mn + 2*mn*mn + mn ).

    I changed this in the documentation. Feel free to revert if you prefer.

================================================================================
m)  [cz]gesvd, Path 10 and 10t, have minwrk inside the wrong conditional:
        IF( .NOT.WNTVN ) THEN
           MAXWRK = MAX( MAXWRK, 2*N+LWORK_ZUNGBR_P )
        MINWRK = 2*N + M
        END IF
    So Path 10 with jobvt='N', and Path 10t with jobu='N', have minwrk = 1,
    so an invalid lwork is not correctly rejected.

================================================================================
mt) transposed case
    broken: with old routine, Path 10t with jobu='N' doesn't enforce minwrk

See post on forum on Thu Mar 31, 2016:
http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4937

Thanks to Eugene Chereshnev (Intel)

( some spaces removed )

Email from Tim Hopkins (University of Kent), March 13th (item #4)

Used A(1,1) and T(1,1) in call to *LARFG (around line 177)
to make arguments 2 and 5 scalars rather than 2d-arrays.

Email from Tim Hopkins (University of Kent), March 13th (1/11)

The work array, RWORK, is declared COMPLEX, it should be REAL.

Fix for pkgconfig files lapack.pc, blas.pc - PATCH sent by Christoph Conrads on March 1st 2016

lapacke.h remove extra comma (one more)

remove extra comma

APPLYING INTEL PATCHES sent to Julie on Feb 19th 2016 by Dima from INTEL (dmitry.g.baksheev@intel.com)

[PATCH 42/42] Fix lapacke_?tprfb - avoid nancheck of unset data

---> LAST ONE!!!

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[PATCH 41/42] Fix lapacke_?tpmqrt - avoid nancheck of unset data

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[PATCH 40/42] Fix lapacke_?steqr - avoid nancheck of z when compz=='i'

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[PATCH 39/42] Fix lapacke_?hetri2x - avoid nancheck of unset data

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[PATCH 38/42] Fix lapacke_???swapr* - missing parameter lda, and more

- lda should not be missed
- a has leading dimension lda, not n
- a_t has leading dimension lda_t, not n

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[PATCH 37/42] Fix lapacke_?gemqrt - avoid nancheck of unset data

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Part of [PATCH 36/42]
- nancheck of input shall cover n-by-n, not lda-by-n

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!!! NOT APPLYING PATCH [PATCH 36/42] !!! Fix lapacke_?syconv - parameter work is not part of hi-level interface
See revision 1609 | langou | 2015-10-28 22:06:14 -0700 (Wed, 28 Oct 2015)
"In ?syconv, replace the variable name WORK by the variable name E.  E is the
standard way to name the supdiagonal/subdiagonal of a symmetric tridiagonal
matrix.  Also, E (previously WORK) is of size N-1, not N. So correct this in
the comment."

Updated LAPACKE with new parameter name.

[PATCH 35/42] Fix lapacke_ilaver - [out] parameters shall be not const

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[PATCH 34/42] Fix lapacke_?sytri2 - work is real, not complex

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[PATCH 33/42] Fix lapacke_?bdsvdx - vl,vu are real; ns must be passed by ref

- vl and vu are real kind
- ns is [out] and must be passed by reference
- lwork must be at least 1
- e is n-1 array
- ldz should be compared to ncols_z for r-major case

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[PATCH 32/42] Fix lapacke_?{un,or}csd2by1 - theta is real, and use ld*_t

- theta is real, not complex
- use ld*_t for calling LAPACK in row-major case, not ld*

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[PATCH 31/42] Fix lapacke_?tprfb - parameter work is not 'const'

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[PATCH 30/42] Fix lapacke_?lascl - bugs and NaN checks

- nancheck content, not padding (e.g. M-by-N, not LDA-by-N)
- types L, U: use ?gb_nancheck(m,n), not ?tr_nancheck(n)
- type H: use ?gb_nancheck(m,n), not ?hs_nancheck(n)
- type Z: use ?gb_nancheck correctly, do not check unset data
- type Z: M-by-N should be checked
- type Z: A is 9th parameter
- nrows_a is needed for correct transposition
- info from LAPACK should be respected

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[PATCH 29/42] Fix lapacke_?gb_nancheck - misuse of leading dimension as matrix size

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[PATCH 28/42] Fix lapacke_?gesvj - correct eval of nrows_v

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[PATCH 27/42] Fix lapacke_?gesvdx* - NS is reference; VU, VL are real; ...

- NS must be passed by ref
- VU and VL shall be real, not integer
- LWORK must be at least 1, even for N=0
- correct allocation of WORK, JOBU/JOBVT cannot be 'A' or 'S'
- nrows/ncols = max(...,0), zero is possible, negatives are not

fixup lapacke_?gesvdx

[PATCH 26/42] Fix lapacke_?gejsv* correct computation of lwork.
 ISSUE: gejsv needs LQUERY

- lrwork must be max(7,...) per documentation
- iwork must be at least 3 long, and m+2n/m+3n for c/r kinds
- lwork is computed incorrectly by the init expr.
  ISSUE: ?gejsv shall implement LQUERY
- bug: rwork should be followed by lrwork, not by lwork
- bug r-major case shall compare ldu vs ncols_u, not vs n
- lwork for want_u && want_v must not depend on joba, jobt

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[PATCH 25/42] Fix lapacke_?gejsv - do not transpose U,V on input

- U,V are [out], so no need to transpose on input

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[PATCH 24/42] Fix lapacke_?gejsv - remove NaN check of U,V

- U,V are [out] and should not be checked for NaNs

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[PATCH 23/42] Fix lapacke_zgghd3: Use LAPACK_Z2INT, not C2INT

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[PATCH 22/42] Fix lapacke_?ggsvp3_work: V is p-by-p

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[PATCH 21/42] Fix ?GEESX documentation - typo in description of SELECT

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[PATCH 20/42] Fix ?BBCSD documentation - parameters U1, LDU1, etc

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[PATCH 19/42] Fix ?GBRFSX - do not proceed if INFO.NE.0 after ?GBCON

- and fix description of B and BERR in ZGBRFSX

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[PATCH 18/42] Fix ?HGEQZ documentation - use of Q depends on COMPQ, not on COMPZ

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[PATCH 17/42] Fix {C,Z}LAROR documentation to not corrupt doxygen output

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[PATCH 15/42] Fix CLA_PORCOND_C documentation: C is REAL vector, not DOUBLE PRECISION

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[PATCH 14/42] Fix CPOTRF2 documentation: A is COMPLEX, not DOUBLE PRECISION

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[PATCH 13/42] Fix {C,S}GBEQUB documentation: AB is {COMPLEX,REAL}, not DOUBLE PRECISION

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[PATCH 12/42] Fix SGBRFSX documentation: AB, AFB are REAL, not DOUBLE PRECISION

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[PATCH 11/42] Fix SLARRC documentation: VL,VU,D,E are REAL, not DOUBLE PRECISION

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[PATCH 09/42] Fix SGGSVP3 documentation - WORK should be REAL, not DOUBLE PRECISION

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[PATCH 08/42] Fix ?BDSVDX: E is N-1 array; do not access Z when
 JOBZ.EQ.'N'

- Bug setting E(N): E is N-1 array
- Do not access Z when JOBZ.EQ.'n'
- Typos in documentation

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Subject: [PATCH 07/42] Fix ?GESVJ - use DLASCL for SVA, not ZLASCL

- Also list real kind ?LASCL as EXTERNAL

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Subject: [PATCH 06/42] Fix ???CSD2BY1 - workspace query should not pass bad LD to ???GQR/GLQ

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Subject: [PATCH 05/42] Fix ?LASCL2, ?LARSCL, ?LASCL documentation - correctly describe LDX

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Subject: [PATCH 04/42] Fix ?{HE,SY}TRF_ROOK - LQUERY shall return LWORK at least 1

APPLYING INTEL PATCHES sent to Julie on Feb 19th 2016 by Dima from INTEL (dmitry.g.baksheev@intel.com)

Subject: [PATCH 03/42] Fix ?GGHD3: LQUERY with N=0 shall return 1, not 0

Adjust line length on previous commit

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Subject: [PATCH 02/42] Fix ?DESVDX: do not fill U/VT beyond NS, and other
 changes

- Typos and comments corrupting doxygen output
- LDVT.LT.MINMN may be acceptable when RANGE=='i'
- Bug: do not fill U and VT beyond NS
- Typo in comment: A is COMPLEX*16 for ZGESVDX

APPLYING INTEL PATCHES sent to Julie on Feb 19th 2016 by Dima from INTEL (dmitry.g.baksheev@intel.com)

Subject: [PATCH 01/42] Fix ?GEJSV: handle M=N=0 case correctly, amend
 documentation. ISSUE: need LQUERY

- Complex kind functions operate on complex matrices
- JOBA cannot be 'N', and we have no parameter named JOBE
- Typos like CGEJSV uses CUNMQR, not SUNMQR
- Case M=0 N=0 shall zero IWORK(1:3) and WORK(1:7) anyway (F90 syntax!)
- Comments fixed to not corrupt doxygen output
- Missing fill of IWORK(3) = 0
- Math is written from capital letter :-)
- Typos like use ZGELQF, not ZGELQ

Fix bug 155 reported by lawrence mulholland on Jan 27th 2016 on LAPACK Forum
Link: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4892
lines 908 and 1129:
OMPQ = AAPQ / ABS(AAPQ)

need to move inside IF( ROTOK ) THEN block
that is, after lines 926 and 1142 respectively.

The variable OMPQ is only used inside these blocks and can, when rotation is unsafe,
overflow when evaluated.

Applied patch provided by Dmitry Baksheev from Intel on Feb 9th 2016 on LAPACK Forum
Link: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4902&p=11774
Issue: ?TGSEN use of array SELECT on workspace query may SEGV
Solution: Skip use of array SELECT on workspace query

Make sense...

Following post on Forum by Dmitry Baksheev (Intel) improved documentation for ?gejsv
Link: http://icl.cs.utk.edu/lapack-forum/viewtopic.php?f=13&t=4896

protect calls with args n-1, a(2,1) against n=1 case

Email from Edward Smyth from NAG. (Thanks Ed!)

In calls to {D,S}BDSVDX in the test programs {d,s}chkbd.f, insufficient space
may be provided for the array Z i.e. WORK(IWBZ). The correction is to change

 IWWORK = IWBZ + MNMIN*(MNMIN*2+1)

to

 IWWORK = IWBZ + 2*MNMIN*(MNMIN+1)

on line 1146 in both files.

Replace DFLOAT by DBLE in ZGSVJ0, ZGESVJ, and ZGSVJ1.  Thanks to Edward Smyth
from NAG for fixing this.

Email from Ed: Several LAPACK 3.6.0 routines use the intrinsic DFLOAT which is
non-standard and thus causes problems with some compilers. Could you change
these references to DBLE please?

Julien.

Updating Intel Compiler flag for CMAKE build according to rev 1681

Change the default compilation flags for the Intel Fortran compiler.

The LAPACK TESTING should run error free with these settings.

Previously were:
OPTS     = -O3
NOOPT    = -O3 -fltconsistency -fp_port
Now are:
OPTS     = -O3 -fp-model strict
NOOPT    = -O0 -fp-model strict

Thanks to Viswanathan Elumalai the University of Pittsburgh for reporting the
problem, Jason Riedy for suggesting to use the flags "fp-model strict" and Osni
Marques for playing with a lots of flag combinations!

Adding support to Compaq Compiler on Windows - Contribution from Davis Vowles sent on jan 20th 2016

Commit David fix - sent on Jan 16th 2016 directly
Confirmed by Julie on Jan 18th 2016
Note: issue (1) was fixed in previous commit

Message from David

(1) Line 147 of SRC/zgetrf2.f contains the following code:

      EXTERNAL           ZGEMM, ZSCAL, ZLASWP, ZTRSM, ZERBLA

Inspection of the zgetrf2.f code suggests that ZERBLA on line 147 should in fact be replaced by XERBLA.

--> [JULIE] This was fixed in our SVN on Dec 7th, 2015, revision 1664

(2) Lines 444 to 447 of  TESTING\EIG\cdrvbd.f contains the following code:

      EXTERNAL           ALASVM, XERBLA, CBDT01, CBDT05, CGESDD, CGESVD,
     $                   CGESVJ, CGEJSV, CGESVDX, CLACPY, CLASET, CLATMS,
     $                   CUNT01, CUNT03

Since the length of line 445 is 73 characters the comma at the end of that line is truncated and a symbol CLATMSCUNT01 is erroneously defined. Then during linking an error is generated because this erroneously defined symbol cannot be found.

** Recommendation ** The developers reformat all code to ensure strict adherence to the standard 72 column formatting of fixed format source files. As is well known violation of this formatting rule can result in subtle undetected errors.

(3) Similar formatting errors to that in (2) have been detected in:
TESTING\EIG\zdrvbd.f (line 445)
TESTING\EIG\dchkbd.f (line 548)
TESTING\EIG\ddrvbd.f (line 407)
TESTING\EIG\derrbd.f (line 92)
TESTING\EIG\schkbd.f (line 548)
TESTING\EIG\sdrvbd.f (line 407)
TESTING\EIG\serrbd.f (line 92)

(4) Lines 103 to 104 of TESTING\EIG\cerred.f contains the following code:

      EXTERNAL           CHKXER, CGEES, CGEESX, CGEEV, CGEEVX, CGEJSV
     $                   CGESDD, CGESVD

There is a comma missing from the end of line 103. This does not result in a compilation error. Rather an invalid symbol CGEJSVCGESDD is defined which ultimately causes an error during linking.

Oops..Missing ending bracket in last commit..

Commit interface inconsistencies fix proposed by David Vowles on Jan 18th 2016 - sent directly to Julie
Confirmed by Julie on Jan 18th 2016
Routines: [cz]unbdb[1234].f, [SD]ORBDB[1234].f

== First Email from David ==
I have encountered some additional errors when compiling Lapack v3.6.0 with Compaq Visual Fortran. Interestingly, these errors did not occur when compiling with Intel Visual Fortran.

File: “SRC\cunbdb1.f” Lines: 310-312

            C = SQRT( SCNRM2( P-I, X11(I+1,I+1), 1, X11(I+1,I+1),
     $          1 )**2 + SCNRM2( M-P-I, X21(I+1,I+1), 1, X21(I+1,I+1),
     $          1 )**2 )

The interface to the BLAS SCNRM2 function is SCNRM2(N,X,INCR) whereas the interfaces to the SCNRM2 function calls in “SRC\cunbdb1.f” are of the form SCNRM2(N, X1, INC1, X2, INC2).

Similar interface inconsistencies are found in the following files:
File: “SRC\cunbdb2.f” Lines: 299-300
File: “SRC\cunbdb3.f” Lines: 299-300
File: “SRC\cunbdb4.f” Lines: 347-349

The above inconsistencies between the interface of the function definition and the function call causes compilation failure of the test-function  “xeigtstc.exe”

It is unclear if function calls of the form SCNRM2(N, X1, INC1, X2, INC2) should be replaced by SCNRM2(N, X1, INC1) or if some other correction is required.

== Second Email from David: ==

By the way, I found similar interface inconsistencies in the SRC\cunbdb<n>.f subroutines for <n> = 1 to 4;
and in the SRC\<t>ORBDB<n>.f subroutines for <t> = D and S and <n> = 1 to 4.
A total of 16 subroutines are affected – the four mentioned in my previous email and the twelve mentioned here.

After changing the calls in the affected files from *NRM2(N,X1,INC1,X2,INC2) to *NRM2(N,X1,INC1)
my build for Windows x86 with Compaq Visual Fortran (CVF) completed successfully and all tests passed.
But I do await your verdict as to whether the proposed modification to the function calls is correct.

If I understand correctly STDCALL is the default calling mechanism for the CVF compiler whereas for
the (Intel Visual Fortran) IVF compiler it is the C calling convention. I wonder if this difference
in calling convention explains why the affected test programs compile and link with IVF but fail to link with CVF.

Fix typos reported by Elena

Fix typos reported by Elena