[tests] don't use Gaussian labels in NetTest's TinyNet

Previously, labels were being nonsensically filled with a zero-mean
Gaussian. Now they are just set to constant zero. Note that this is not
necessary for TrickyNet, neither forward nor backward are ever called.

Merge pull request #1658 from jeffdonahue/make-everything-tweaks

'make everything' tweaks

don't do runtest as part of 'make everything'

only build matcaffe as part of 'make everything' if MATLAB_DIR is set

Merge pull request #1656 from longjon/fix-softmax-loss-stubs

Fix an error made in removing the SoftmaxLossLayer GPU stubs

remove SoftmaxLossLayer CPU_ONLY stubs, since there is no GPU version

Merge pull request #1655 from longjon/softmax-loss-todo

Move softmax loss GPU todo comment from .cu file to header file

move softmax loss GPU todo comment to header file

There's no need to have GPU stubs just for a comment, and the absence of
a GPU-specific implementation is made more obvious by the nonexistence
of the .cu file.

Merge pull request #1648 from longjon/find-warnings

Fix find warnings in upload_model_to_gist.sh

Merge pull request #1561 from longjon/pretty-build

Pretty up the build

[scripts] fix find warnings in upload_model_to_gist.sh

Merge pull request #1645 from longjon/remove-get-layer

Remove unused GetLayer function (replaced by LayerRegistry::CreateLayer)

remove unused GetLayer function (replaced by LayerRegistry::CreateLayer)

pretty the build with the Q variable

Unset Q (in the environment) to see full commands, or edit in
Makefile.config.

Merge pull request #1472 from longjon/incremental-build

Makefile improvements: rule consolidation, dependency generation

automatic dependency generation

Merge pull request #1636 from longjon/get-layer-gone

Holiday merge - Update use of GetLayer to new registry function

update use of GetLayer -> LayerRegistry::CreateLayer

Merge pull request #1585 from longjon/check-malloc

Check host malloc result

Merge pull request #1608 from sguada/added_credits

Add credits for training BVLC Models

Added credits and bvlc_googlenet to model_zoo.md

Added credits for training bvlc models

Merge pull request #1598 from sguada/bvlc_googlenet

Added bvlc_googlenet prototxt and weights

Added bvlc_googlenet prototxt and weights

check host malloc result

Merge pull request #1558 from hojonathanho/hdf5_error_msg

Check input line count in HDF5 data layer

move cuda output from build/.../.cuo -> build/cuda/.../.o

This will allow nvcc's -M dependency generation option to work
harmoniously, since it assumes that output will have a .o extension.

automatic discovery of source directories

consolidate build rules for object files

remove extra blank line

Check input line count in HDF5 data layer

Merge pull request #1384 from CellScope/log-parser-python

Python log parser

Store data in lists of dicts and use csv package

Output format is unchanged (except that csv.DictWriter insists on writing ints as 0.0 instead of 0)

Take train loss from `Iteration N, loss = X` lines

Was previously using `Train net output #M: loss = X` lines, but there may not be exactly one of those (e.g., for GoogLeNet, which has multiple loss layers); I believe that `Iteration N, loss = X` is the aggregated loss.

If there's only one loss layer, these two values will be equal and it won't matter. Otherwise, we presumably want to report the aggregated loss.

Created parse_log.py, competitor to parse_log.sh

Merge pull request #1406 from CellScope/matcaffe-osx-fix-crash-on-error

Prevent Matlab on OS X from crashing on error

Merge pull request #1516 from drdan14/update-homebrew-install-instructions

Better instructions for updating Homebrew after modifying formulae

Merge pull request #1527 from drdan14/classify-py-mean-dims

Update mean file help

clarify #endif comment

Update mean file help

Numpy array dimensions should be [Channels x Height x Width], NOT [Height x Width x Channels]

If an image mean file is supplied with channels as the last dimension, classify.py throws errors like:

ValueError: operands could not be broadcast together with shapes (3,227,227) (256,0,225) (3,227,227)

Better instructions for updating Homebrew after modifying formulae

Previous instructions glossed over how to deal with OpenCV-related update problems

Merge pull request #1505 from longjon/conv-dedup

Remove redundant code in ConvolutionLayer::Reshape

remove redundant code in ConvolutionLayer::Reshape

Merge pull request #1455 from seanbell/tanh-fix

Fix tanh layer for badly scaled input values

Merge pull request #1469 from longjon/label-lower-bound

Check both lower and upper bounds in SoftmaxLossLayer

use DCHECK in SoftmaxLossLayer so that bounds checking has no perf penalty without DEBUG

in SoftmaxLossLayer, check label >= 0 in addition to upper bound

Fixed header order to satisfy linter

fixed tanh to not return NaN for input values outside the range [-40, 40]

Merge pull request #1432 from Yangqing/dev

fix relu cudnn test bug

fix relu cudnn test bug

Merge pull request #1417 from Yangqing/dev

clean incorrect relu test code

relax benchmark milliseconds threshold

clean incorrect relu test code

Prevent Matlab on OS X from crashing on error

Replace CHECK() and LOG(FATAL) with LOG(ERROR) and mexErrMsgTxt

A failed CHECK() or LOG(FATAL) causes Matlab to crash on OS X 10.9 with Matlab 2014a.

Merge pull request #1344 from baeuml/minor-whitespace-in-logging-message-fix

Minor whitespace fix in logging message in HDF5 output layer

Minor whitespace fix in logging message in HDF5 output layer

make release, debug build dirs configurable in Makefile

groom ignore

- re-group general and Caffe ignores
- ignore OS X files and Eclipse .settings as suggested by @cypof

Update data_transformer.hpp

Minor grammar fix in comments.

Merge pull request #1326 from jackculpepper/absgradatzero

[fix] define gradient at zero to be zero to fix ABSVAL NaN

define gradient at zero to be zero

Merge pull request #1319 from kmatzen/lmdb_iter_fix

LMDB read-only transaction limit fix

Merge pull request #1320 from sguada/remove_TIMING

Remove TIMING from ForwardBackward

Remove TIMING from ForwardBackward

LMDB doesn't support many concurrent read-only transactions, so this preallocates one read-only transaction and reuses it.  It's very important that iterations are considered invalid after a commit has been performed.

back-merge

Merge pull request #1315 from sergeyk/master

Fixing finetune_flickr_style model reported accuracy.

Fixing finetune_flickr_style model reported accuracy.

Merge pull request #1308 from sguada/new_lr_policies

[accidental PR: step size fix]

Merge pull request #1309 from CellScope/edit-brew-boost-python

Edit boost-python formula for OS X 10.9 compatibility

Edit boost-python formula

Fix init current_step

Merge pull request #1296 from crizCraig/patch-5

Sometimes anaconda is installed in root.

Merge pull request #1293 from sguada/new_lr_policies

Fixed paths for Added Multistep, Poly and Sigmoid learning rate decay policies

Sometimes anaconda is installed in root.

Helps fix #489.

Adapt lenet_multistep_solver.prototxt to current solvers

Merge pull request #190 from sguada/new_lr_policies

New lr policies, MultiStep and StepEarly

Merge pull request #1239 from sguada/encoded

Allow using encoded images in Datum, LevelDB, LMDB

Added CPUTimer
Make timing more precise using double and microseconds

Upgrade compute_image_mean to use gflags, accept list_of_images, and print mean_values

Change caffe time to do forward/backward and accumulate time per layer

Added cache_images to WindowDataLayer
Added root_folder to WindowDataLayer to locate images

Speed up WindowDataLayer and add mean_values

Add root_folder to ImageDataLayer

Add fast code for transform(cv::Mat,Blob)

Added timers for benchmarking

Added test for encoded Datum to test_io.cpp

Added encoded datum to io

Added encoded option and check_size to convert_imageset

Conflicts:
tools/convert_imageset.cpp

Merge pull request #1288 from sguada/first_last

Added first_key and last_key to dataset

Added first_key and last_key to dataset

Merge pull request #1238 from kmatzen/db

leveldb/lmdb refactoring

[docs] proofreading suggested by @cNikolaou

Merge pull request #1283 from jeffdonahue/optional-pkg-config

Reintroduce pkg-config with optional Makefile.config flag.

Reintroduce pkg-config with optional Makefile.config flag.

Reworked the Coder interface such that a Dataset now has both user-definable KCoder and VCoder which default to a set of DefaultCoder's based on types K and V.  Reworked the DefaultCoder's such that if none are available, a static assertion fails with a relevant message.

Had forgotten to set some of the Dataset test cases to LMDB backend.

Renamed Database interface to Dataset.

Templated the key and value types for the Database interface.  The Database is now responsible for serialization.  Refactored the tests so that they reuse the same code for each value type and backend configuration.