add forward tests (via reference impl) for SigmoidCrossEntropyLayer

Merge pull request #350 from longjon/finicky-exhaustive

Make CheckGradientExhaustive fail for topless layers

make CheckGradientExhaustive fail for topless layers

Without this commit, it is possible to mistakenly call
CheckGradientExhaustive on a layer with no top blobs (i.e., a loss
layer), causing the gradient check to silently succeed while doing
nothing. With this commit, doing so will cause the test to fail.

Merge pull request #348 from jeffdonahue/datalayer-singleton-bugfix

Fix singleton call in data layers

Note previous crash reports were not in fact due to RNG, although they led to improvements of the RNG code.

do the same as prev commit for ImageDataLayer

fix bug where DataLayerPrefetch creates its own Caffe singleton, causing
the phase to always be set to TRAIN (always random crops) and RNG failures

Comment current forward/backward responsibilities

Proofread install docs

Merge pull request #339 from sergeyk/dev

Update installation docs

installation doc update

Merge pull request #336 from jeffdonahue/fix-rng-segfault

Fix RNG segfault related to #297

fix examples path in mnist leveldb sh

Merge pull request #332 from jeffdonahue/share-trained-layers

add ShareTrainedLayersWith method and use for test net in solver

remove now unused set_generator and related code

pass caffe rng ref into variate_generator constructor instead of having
caffe rng adopt its state

remove unnecessary return from void set_generator

add ShareTrainedLayersWith method and use for test net in solver

Merge pull request #330 from jeffdonahue/mnist-autoencoder-example

MNIST autoencoder example

change to correct next layer id for merge

clear sigmoid top vec at initialization

add sigmoid cross ent layer unit tests

mnist_autoencoder_solver cleanup

change lenet dir to 'mnist' in docs

make solver able to compute and display test loss

mnist autoencoder test proto bugfix: add sigmoid layer before loss

enable DataLayer to output unlabeled data

add mnist autoencoder example necessities (sigmoid cross entropy loss
layer, sparse gaussian filler)

rename lenet dir to mnist

Give choice of ATLAS, MKL, and OpenBLAS (with option to override paths)

- configure build for ATLAS, MKL, or OpenBLAS on Linux and OSX
- allow overriding of the include or lib dirs
- replace magic numbers with BLAS names (atlas, mkl, open)

Follow-up from #305 and #325.

rename python include config var to match lib

Merge pull request #325 from AlOa/OpenBlas

Add possibility to use OpenBlas

Add possibility to use OpenBlas

Merge pull request #318 from jeffdonahue/blob-copy-by-reference

add Share{Data,Diff} methods to blobs to enable "virtual" copies

- reduce operations by not copying values
- spare memory by shared_ptrs
- simplify SplitLayer logic

Merge pull request #319 from jeffdonahue/sigmoid-optimization

sigmoid layer backward pass optimization: don't recompute forward pass

sigmoid layer backward pass optimization: don't recompute forward pass

change Adopt -> Share as suggested by kloudkl

add Adopt{Data,Diff} methods to blobs to enable "virtual copying"

add unit tests for cpu/gpu copy functions

change some unnecessary TYPED_TESTs to TEST_Fs

fix lint errors by adding 'explicit' to new single arg pycaffe
constructors

polished ignore

Back-merge docs and example image changes from `master` to `dev`

Merge pull request #310 from jeffdonahue/clang-test-power-layer-fixes

clang fixes for test_power_layer

add using std::isnan and use this-> when calling Test{For,Back}ward

fix osx 10.9 condition in Makefile

include vecLib BLAS dir on osx

Merge pull request #286 from longjon/pycaffe-solver

Expose SGDSolver to pycaffe, switch from inheritance to overriding for caffe.Net

change true_std to intended bernoulli_std

Merge pull request #297 from jeffdonahue/rng-bug

Fix persistence of random state with Boost RNG

more rng test cleanup

re-time imagenet example on k20, instead of my laptop

change *Plus* tests to *Times* tests because the Plus tests don't
actually check for uncorrelated RNG results

add analogous caffe_gpu_rng_* functions for gaussian and uniform, and
add test cases

have rng_stream initialize RNG if not already initialized

make RNG function outputs the last argument per Google C++ style guidelines

make RNG function names more similar to other caffe math function names

gpu_hamming_distance fails unit test with fixed RNG; mark it NOT_IMPLEMENTED
with TODO to fix and disable its unit test

cleanup RNG unit tests

make rng_ a private member of Generator

cleanup test_math_functions

comment to explain the purpose of Caffe::set_generator

fix bernoulli*bernoulli test, now all pass

call caffe_set_rng at the end of each vRng function to maintain state

add bernoulli*bernoulli test

cleanup log messages

add analogous test for uniform instead of gaussian

add test demonstrating weird boost RNG issue when sampling from a
gaussian followed by a bernoulli

Merge pull request #305 from shelhamer/install-doc-blas-platform

Document BLAS install, tailor Makefile and Makefile.config to platform

Merge pull request #309 from shelhamer/comment-matlab-config

Comment out MATLAB by default in Makefile.config

Comment out MATLAB by default in Makefile.config

Otherwise the Makefile tries to determine the MATLAB SO extension even
if MATLAB doesn't exist, breaking `make`.

rename doc deploy script for better tab completion

Drop Lena image in favor of a cute cat photo

Social progress.

auto-configure linux/osx build differences

- set cxx as needed (clang++ on os x)
- set stdlib flag for os x 10.9 (CUDA libc++ workaround)
- link ATLAS properly for non-MKL installation whether linux or os x

trivial makefile grooming

Merge pull request #273 from jeffdonahue/lrn-map-layer

Within-channel LRN layer

update proto field IDs from placeholder values

cleanup power layer test suite

minor unit test cleanup

cleanup extra LRN method names

don't recompute pre_pad

remove unnecessary local variables from EltwiseProductLayer

minor polishing

replace old cifar full with within channel LRN (per cuda-convnet
layers-18pct) -- slightly slower (5000 iters now takes 6:57; took 6:43
previously), but slightly more accurate (exactly 82% test accuracy; got
81.65% before)

merge LRNMapLayer into LRNLayer with norm_region proto field

fix some param bugs

add cifar example using LRN_MAP (just like the cuda-convnet layers-18pct
architecture) instead of LRN

use bvlc copyright

use split layer in LRNMapLayer

bug fix: average pooling already divides by N^2

add padding for average pooling

use average pool instead of conv

add unit tests for new layer types

add LRN within map layer and dependencies (eltwise product and power)

blas install docs, other install polish

Back-merge documentation and fixes

format installation docs, add links
Add hdf5 requirements to 10.9 notes, drop cmake (not linked)
fix im2col height/width bound check bug (issue #284 identified by @kmatzen)
strip confusing confusing comment about shuffling files
add /etc/rc.local hint for boot configuration of gpus
Include k40 images per day benchmark
drop caffe presentation in favor of dropbox link
make build_docs.sh script work from anywhere
proofread, fix dead link, standardize NVIDIA capitalization
Added Link in index.md to perfomance_hardware.md
Added Performance and Hardware Tips
imagenet fix: ilvsrc -> ilsvrc

format installation docs, add links

Add hdf5 requirements to 10.9 notes, drop cmake (not linked)

fix im2col height/width bound check bug (issue #284 identified by
@kmatzen)

Merge pull request #298 from jeffdonahue/im2col-nonsquare-bug

Fix im2col nonsquare bug (#284)

Merge pull request #302 from sguada/protobuf_limit

Double protobuf size limit