fix relu cudnn test bug

Merge pull request #1417 from Yangqing/dev

clean incorrect relu test code

relax benchmark milliseconds threshold

clean incorrect relu test code

Merge pull request #1344 from baeuml/minor-whitespace-in-logging-message-fix

Minor whitespace fix in logging message in HDF5 output layer

Minor whitespace fix in logging message in HDF5 output layer

make release, debug build dirs configurable in Makefile

groom ignore

- re-group general and Caffe ignores
- ignore OS X files and Eclipse .settings as suggested by @cypof

Update data_transformer.hpp

Minor grammar fix in comments.

Merge pull request #1326 from jackculpepper/absgradatzero

[fix] define gradient at zero to be zero to fix ABSVAL NaN

define gradient at zero to be zero

Merge pull request #1319 from kmatzen/lmdb_iter_fix

LMDB read-only transaction limit fix

Merge pull request #1320 from sguada/remove_TIMING

Remove TIMING from ForwardBackward

Remove TIMING from ForwardBackward

LMDB doesn't support many concurrent read-only transactions, so this preallocates one read-only transaction and reuses it.  It's very important that iterations are considered invalid after a commit has been performed.

back-merge

Merge pull request #1315 from sergeyk/master

Fixing finetune_flickr_style model reported accuracy.

Fixing finetune_flickr_style model reported accuracy.

Merge pull request #1308 from sguada/new_lr_policies

[accidental PR: step size fix]

Merge pull request #1309 from CellScope/edit-brew-boost-python

Edit boost-python formula for OS X 10.9 compatibility

Edit boost-python formula

Fix init current_step

Merge pull request #1296 from crizCraig/patch-5

Sometimes anaconda is installed in root.

Merge pull request #1293 from sguada/new_lr_policies

Fixed paths for Added Multistep, Poly and Sigmoid learning rate decay policies

Sometimes anaconda is installed in root.

Helps fix #489.

Adapt lenet_multistep_solver.prototxt to current solvers

Merge pull request #190 from sguada/new_lr_policies

New lr policies, MultiStep and StepEarly

Merge pull request #1239 from sguada/encoded

Allow using encoded images in Datum, LevelDB, LMDB

Added CPUTimer
Make timing more precise using double and microseconds

Upgrade compute_image_mean to use gflags, accept list_of_images, and print mean_values

Change caffe time to do forward/backward and accumulate time per layer

Added cache_images to WindowDataLayer
Added root_folder to WindowDataLayer to locate images

Speed up WindowDataLayer and add mean_values

Add root_folder to ImageDataLayer

Add fast code for transform(cv::Mat,Blob)

Added timers for benchmarking

Added test for encoded Datum to test_io.cpp

Added encoded datum to io

Added encoded option and check_size to convert_imageset

Conflicts:
tools/convert_imageset.cpp

Merge pull request #1288 from sguada/first_last

Added first_key and last_key to dataset

Added first_key and last_key to dataset

Merge pull request #1238 from kmatzen/db

leveldb/lmdb refactoring

[docs] proofreading suggested by @cNikolaou

Merge pull request #1283 from jeffdonahue/optional-pkg-config

Reintroduce pkg-config with optional Makefile.config flag.

Reintroduce pkg-config with optional Makefile.config flag.

Reworked the Coder interface such that a Dataset now has both user-definable KCoder and VCoder which default to a set of DefaultCoder's based on types K and V.  Reworked the DefaultCoder's such that if none are available, a static assertion fails with a relevant message.

Had forgotten to set some of the Dataset test cases to LMDB backend.

Renamed Database interface to Dataset.

Templated the key and value types for the Database interface.  The Database is now responsible for serialization.  Refactored the tests so that they reuse the same code for each value type and backend configuration.

Switched some Database logging statements from LOG to DLOG.

Added function to Database interface to retrieve keys.  Exposed a bug with LMDB iterators.  Fix the bug and updated how invalid iterators are represented.

Changed Database::buffer_t to Database::key_type and Database::value_type

The LevelDB iterator/DB deallocation order bug is pretty much fixed by having each iterator hold a shared pointer to the DB.  I manually specified a deconstructor for the LeveldbState to make it clear what order these two things need to be deallocated in.

Updated Database interface to take key and value by const reference for put and key by const reference for put.  Additional copies are made for get and put in the LMDB implementation.

Updated Database interface so that rather than CHECKing for certain conditions inside open, put, get, and commit, these functions return a bool indicating whether or not the operation was successful or a failure.  This means the caller is now responsible for error checking.

Added some tests for the Database iterator interface.  Updated the post-increment operator so that it forks off a copy of the LevelDB or LMDB iterator/cursor when necessary.  Neither of these APIs allow you to directly copy an iterator or cursor, so I create a new iterator and seek to the key that the previous one was currently on.  This means the pre-increment operator can be much cheaper than the post-increment operator.

Added get interface to Database.  Added test cases for Database.  Fixed a few bugs related to ReadOnly mode in Database in order to pass test cases.

Added a couple of sanity checks to make sure the datum buffer sizes matched what we expected.

Updated Database interface to use custom KV type rather than std::pair.  Removed two buffer copies in dereference operation for DB iterators.

Updated extract_features to take a leveldb/lmdb config option.

Switched create_cifar10.sh output from leveldb to lmdb.

Updated cifar10 build script to specify db backend.

data layer test was relying on the autocommit on close db behavior that was recently removed.

Don't autocommit on close for the databases.  If they were read-only, then they might fail.

Updated interface to make fewer string copies.

Some cleanup to make travis happy.

Refactored leveldb and lmdb code.

Merge pull request #1277 from Yangqing/dev

some more namespace cleaning.

some namespace cleaning.

Revert "OpenCV should be compiled using pkg-config options." -- breaks
compilation on working systems

This reverts commit 4587b2f9043996fed36fc989c00329ec829ecae9.

[examples] fix reference model name for flickr fine-tuning

Merge pull request #1270 from Yangqing/dev

Give back to layer what is layer's, and to factory what is factory's

move registration code to corresponding cpp files.

Merge pull request #1269 from Yangqing/dev

Minor change: some namespace simplification

some namespace simplification

Merge pull request #1264 from Yangqing/dev

Clean flaky code

fix flaky math functions, remove unnecessary instantiations.

fix flaky test EXPECT_EQ code, using EXPECT_FLOAT_NEAR per Jeff

Merge pull request #1261 from kmatzen/minor_changes

[fix] build with OpenCV 3 and other minor fixes

Fixed CMakeList to work with OpenCV 3.

Added version dependent test for IMREAD_COLOR.

OpenCV should be compiled using pkg-config options.

Minor fixes.  (1) cudnn.hpp uses CHECK_EQ internally, so it needs to include glog at some point.  Including caffe/common.hpp.  (2) I often misconfigure some layer and softmax breaks when the dimensionality is too small for the input layers.  Check and fail fast.  (3) CV_LOAD_IMAGE_COLOR is deprecated and has been removed in OpenCV 3.0.  Replaced with cv::IMREAD_COLOR.

[docs] pip install harder

[docs] pip install packages in order for dependencies

Merge pull request #1258 from Yangqing/instantiation

fix instantiation per C++ standard

adding missing libraries - lm and lstdc++

Added Multistep, Poly and Sigmoid learning rate decay policies

Conflicts:
include/caffe/solver.hpp
src/caffe/proto/caffe.proto
src/caffe/solver.cpp

fix instantiation

Merge pull request #1195 from longjon/python-copy-from

Expose Net.copy_from and Net.share_with in pycaffe

[docs] note boost 1.56 an CUDA conflict on OS X

[docs] update homebrew instructions for boost and boost-python split

[example] re-title LeNet / MNIST heading too

[example] add LeNet to MNIST title, fix paths to be from root

[example] fix data script paths for flickr fine-tuning

Merge pull request #1206 from BlGene/dev

Fix python plugin to work with new layer factory in CMake build

Fix CMake build of pycaffe
- generate right shared library name
- fix CMake linking with the new layer factory
- find numpy

Fix finding protobuf.

Merge pull request #1227 from longjon/crash-backtrace

Use glog to provide a backtrace on crash

Merge pull request #1226 from longjon/check-solver-prototxt

[fix] check solver prototxt parsing

Merge pull request #1232 from baeuml/cmake-move-dependency-discovery

[cmake] move dependency discovery to root CMakeLists.txt