Merge pull request #3207 from ronghanghu/test-matcaffe-io

Test reading and writing mean proto in matlab

Test reading and writing mean proto in matlab

Merge pull request #3089 from shelhamer/groom-conv

[style] groom im2col + col2im for clarity

Merge pull request #3204 from shelhamer/rearrange-upgrade-helpers

[style] Rearrange Proto Upgrade Helpers

Merge pull request #3190 from DrSleep/master

Fix drawing problems with repeated convolution -- close #3201

Merge pull request #3189 from bchu/caffenet-mirror

Set CaffeNet train_val test mirroring to false

rearrange upgrade helpers

order from general helpers to specific upgrades in chronological order.

Merge pull request #3160 from shelhamer/cudnnV3

Basic cuDNN v3 support

Initial cuDNN v3 support

Merge pull request #3200 from lukeyeager/bvlc/fix-blobproto_to_array

Allow old-style shape in blobproto_to_array

Allow old-style shape in blobproto_to_array

Fixes #3199
Bug introduced in #3170

Fixed drawing problems with repeated convolution

Merge pull request #2966 from cdoersch/batch_reindex_layer

BatchReindexLayer to shuffle, subsample, and replicate examples in a batch

Set CaffeNet train_val test mirroring to false

Merge pull request #3187 from akash1810/patch-1

[example] Add pyyaml as a requirement for web demo

Add pyyaml as a requirement

In getting the [web demo](http://caffe.berkeleyvision.org/gathered/examples/web_demo.html) started I get an `ImportError: No module named yaml` error when running `./scripts/download_model_binary.py models/bvlc_reference_caffenet`.

Merge pull request #3184 from lalelale/patch-1

Update store2hdf5.m

Update store2hdf5.m

Fixed a bug in two assertions (the condition input argument must be a scalar logical)

Merge pull request #3162 from kkhoot/fix_mvn

Improve numerical stability of variance computation in MVNLayer

Improve numerical stability of variance computation in MVNLayer

Merge pull request #3170 from sh1r0/pycaffe_io

Remove the 4D constraint of blobproto IO in python

Remove the 4D constraint of blobproto IO in python

BatchReindexLayer to shuffle, subsample, and replicate examples in a batch

Merge pull request #3164 from eerwitt/layer-documentation-sample-fixes

Documentation References ImageNet Sample Location

fixes BVLC/caffe#3163

Merge pull request #3152 from jeffdonahue/silence-backward-fix

SilenceLayer Backward bugfix (fixes #3151)

SilenceLayer Backward bugfix (fixes #3151)

Merge pull request #3058 from zoharby/master

Add a caffe.io.write_mean function to the MATLAB interface

Add a caffe.io.write_mean function to the MATLAB interface

Useful for exporting models from MATLAB (e.g. MatConvNet) to Caffe

Merge pull request #3133 from kashefy/badge

add badge for travis build and license

add badge for travis build and license

Merge pull request #3069 from timmeinhardt/argmax

Add argmax_param "axis" to maximise output along the specified axis

Merge pull request #3128 from hjss06/patch-1

Fix a typo

Fix a typo

Fix a typo in the message.

Merge pull request #3073 from ronghanghu/consistent-malloc-free

Ensure consistency between memory alloc and free

Add flag on how host memory is allocated

Add a bool flag to record whether a host memory is allocated using malloc or
cudaMallocHost, and free correspondingly using this flag, instead of depending on Caffe::mode(), which is mutable during runtime.

Merge pull request #3032 from ronghanghu/ban-pythonlayer-in-parallel

Disallow PythonLayer in Multi-GPU training

Merge pull request #3118 from ducha-aiki/patch-1

Fix parse_log.sh against "prefetch queue empty" messages

Implement ArgMaxLayerTest for axis param

Generalise ArgMaxLayerTest bottom blob shape

Update ArgMaxLayer documentation for axis param

Implement ArgMaxLayer forward_cpu and reshape for axis param

Add argmax_param axis

Fix parse_log.sh against "prefetch queue empty" messages

Merge pull request #3115 from lukeyeager/fix-generate-sample-data

Fix generate_sample_data.py

Fix generate_sample_data.py - bug from #2978

Merge pull request #2978 from lukeyeager/h5t_integer

Allow H5T_INTEGER in HDF5 files

Modify HDF5DataLayerTest to test H5T_INTEGER data

Allow H5T_INTEGER in HDF5 files

Merge pull request #2951 from dplarson/examples_readme_link

[examples] fix link to feature visualization notebook

Merge pull request #3112 from shelhamer/test-reshape-harder

[test] Test Reshape more rigorously

[test] TestReshape: check that shapes actually change

Check that output spatial shape varies with input shape while the output
num matches the input num.

[test] TestReshape: expect instead of check

[test] TestReshape: check small then large

checking large then small can mask failure since the smaller shape
memory will fit within the larger shape.

Merge pull request #3096 from longjon/fix-conv-reshape

Fix broken conv/deconv reshaping

Merge pull request #3093 from shelhamer/check-xcode-clt-version

[build] check xcode command line tools version >= 6

fix broken conv/deconv reshaping caused by reading bottom shape in
LayerSetUp

This also eliminates the extra copying of bottom's shape.

Merge pull request #3095 from longjon/fix-deconv-backward

Fix broken DeconvolutionLayer GPU backward caused by ND conv typo

fix broken DeconvolutionLayer GPU backward caused by typo

[build] check xcode command line tools version >= 6

future-proof version check for BLAS libraries on OS X
fix #3092

mark const im2col + col2im terms

harmonize the im2col_{cpu,gpu} assignment

clarify im2col + col2im var names

- clarify indices by naming *_im for indices in image
  and *_col for indices in column
- mark corresonding im2col + col2im quantities  by renaming
  patch_* -> kernel_*
- fix out-of-date names in equivalent col2im loop

Merge pull request #3083 from yanchen036/master

refine format of switch case statement in solver

Merge pull request #2049 from jeffdonahue/nd-convolution

ND convolution with im2col

Im2col and Convolution layers support N spatial axes

Blob: add SyncedMemory shape accessor for GPU shape access

caffe.proto: generalize ConvolutionParameter to N spatial axes

refine format of switch case in solver

Merge pull request #3081 from shelhamer/include-io-by-default

include IO dependencies by default

[build] include IO dependencies by default

keep old behavior by including leveldb, lmdb, and opencv by default

Merge pull request #3074 from ronghanghu/show-use-cpu

Get back 'USE CPU' print for caffe train

Merge pull request #2523 from BonsaiAI/separate-io-dependencies

Separate dependencies for configurable installation

Add a comment indicating that Travis CI tests are CPU only

Fix case in CMake notices

Separate IO dependencies

OpenCV, LMDB, LevelDB and Snappy are made optional via switches
(USE_OPENCV, USE_LMDB, USE_LEVELDB) available for Make and CMake
builds. Since Snappy is a LevelDB dependency, its use is determined by
USE_LEVELDB. HDF5 is left bundled because it is used for serializing
weights and solverstates.

Get back 'USE CPU' print for caffe train

Merge pull request #3070 from mohomran/resize_nd-image_bug

bug in caffe.io.resize_image when applied to images with 2 or >3 channels

removed bug in caffe.io.resize_image when applied to Nd images

Merge pull request #3049 from seanbell/check-snapshot-prefix

Check that the snapshot directory is writeable before starting training

Check that the snapshot directory is writeable before starting training

Merge pull request #3063 from ronghanghu/use-expectnear-in-eltwiselayertest

Use EXPECT_NEAR in EltwiseLayer test

Merge pull request #2941 from thatguymike/MultiGPUDocs

Add some documentation on Multi-GPU support

Use EXPECT_NEAR in EltwiseLayer test

Otherwise there seem to be some numerical issues causing BLAS results not exactly same as evaluated results in test code.

Merge pull request #3048 from seanbell/minor-string-fix

Minor: missing space in string formatting

Minor: missing space in string formatting

disallow PythonLayer in Multi-GPU training

Merge pull request #3024 from danielgordon10/python-solver-fix

[pycaffe] expose all solvers for direct instantiation (although note get_solver)

enabling the alternate solvers to be accessed by the python interface

Merge pull request #3026 from CDLuminate/patch-1

Fix a typo

Merge pull request #3027 from ronghanghu/fix-accuracy-test

Fix AccuracyLayerTest for per-class accuracy.

Fix AccuracyLayerTest for per-class accuracy.

Fix AccuracyLayerTest for per-class accuracy. Previously in #2935, it crashes since the test accuracy is nan (0/0) when a class never appear.

Update extract_features.cpp

Merge pull request #3023 from jeffdonahue/param-debug-info-fix

fix Net debug_info to report learnable params

Merge pull request #2959 from jeffdonahue/netspec-allow-non-iterable-repeated

NetSpec: don't require lists to specify single-element repeated fields

NetSpec: don't require lists to specify single-element repeated fields

net.cpp fix debug_info params -> learnable_params

Merge pull request #3014 from jeffdonahue/trivial-slice-concat

Allow trivial slice/concat

ConcatLayer: allow trivial operation with single bottom Blob

SliceLayer: allow trivial operation with single top Blob