Merge pull request #10621 from mshabunin:disable-docs

Documentation generation refactoring (#10621)

* Documentation build updates:

- disable documentation by default, do not add to ALL target
- combine Doxygen and Javadoc
- optimize Doxygen html

* javadoc: fix path in build directory

* cmake: fix "Documentation" status line

Merge pull request #10412 from GregoryMorse:patch-2

Update to add window position and size retrieval to HighGUI (#10412)

* Update highgui.hpp

Add read only property retrieval for enhanced rendering capabilities and more sophisticated research tools

* Update window.cpp

* Update window_w32.cpp

* Update window_QT.cpp

* Update window_QT.h

* Update window_QT.h

* Update window_gtk.cpp

* Update precomp.hpp

* Update highgui_c.h

* Update highgui_c.h

* Update window_w32.cpp

* Update precomp.hpp

* Update window_QT.cpp

* Update window_QT.h

* Update window_gtk.cpp

* Update window_gtk.cpp

* Update window_w32.cpp

* Update window_QT.cpp

* Update window_carbon.cpp

* Update window_cocoa.mm

* Update precomp.hpp

* Update window_cocoa.mm

* Update window_w32.cpp

* Update window_gtk.cpp

* Update window_QT.cpp

* Update window_gtk.cpp

* Update window_QT.cpp

* Update window_cocoa.mm

* Update window_carbon.cpp

* Update window_w32.cpp

* Update window_cocoa.mm

* Update window_gtk.cpp

* Update window_cocoa.mm

* Update window_gtk.cpp

* Update window_cocoa.mm

* Update window_cocoa.mm

* Update window.cpp

* Update test_gui.cpp

* Update test_gui.cpp

* Update test_gui.cpp

* Update highgui_c.h

* Update highgui.hpp

* Update window.cpp

* Update highgui_c.h

* Update test_gui.cpp

* Update highgui.hpp

* Update window.cpp

* Update window.cpp

* Update window.cpp

* Update window.cpp

* Update window.cpp

Merge pull request #10512 from sturkmen72:update_documentation

Merge pull request #10622 from alalek:fix_build_js

Re-apply protobuf fix for JavaScript builds

Re-apply protobuf fix for JavaScript builds

original commit: f5035150824c49d3a2d7cb7ce69ac1ffbdf8c63d
JavaScript bindings for dnn module

Merge pull request #10593 from alalek:android_build_sdk_configuration

Merge pull request #10613 from csukuangfj:fix-10612

Merge pull request #10604 from aimotive:master

Merge pull request #10609 from csukuangfj:patch-1

Merge pull request #10574 from razerhell:patch-1

* Newton's method can be more efficient

when we get the result of function distortPoint with a point (0, 0) and then undistortPoint with  the result, we get the point not (0, 0). and then we discovered that the old method is not convergence sometimes. finally we have gotten the right values by Newton's method.

* modify by advice  Newton's method...#10574

* calib3d(fisheye): fix codestyle, update theta before exit EPS check

Merge pull request #10602 from pengli:dnn

MVN layer ocl implementation

Signed-off-by: Li Peng <peng.li@intel.com>

Power, Tanh and Channels ReLU layer ocl support

Signed-off-by: Li Peng <peng.li@intel.com>

Improve the documentation for cv::completeSymm and cv::RANSACUpdateNumIters.

fix issue #10612.

fix: use CXX_STANDARD when extracting compiler flags for PCH with GNUCXX

When compiling with cmake using -DCMAKE_CXX_STANDARD=11 use `-std=gnu++11`
for PCH compiler flags, otherwise it triggers an error:

   opencv_core_Release.gch: not used because `__cplusplus' defined as ` 201103L' not ` 199711L' [-Winvalid-pch]

Use CXX_EXTENSIONS property to select `gnu++11` or `c++11`.
Trying to mimic cmake logic here: https://gitlab.kitware.com/cmake/cmake/blob/master/Source/cmLocalGenerator.cxx#L1527-1557

Merge pull request #10606 from alalek:update_copyright_2018

Propagate calculated Gaussian kernel size(ref). Otherwise, ipp_GaussianBlur will fail if user doesn't specify a kernel size. (#10579)

Merge pull request #10581 from mshabunin:minor-issues-fixes

Add ThinLTO support for clang

Fixed several warnings produced by clang 6 and static analyzers

Merge pull request #10595 from oqtvs:updateProtobuf

batch_norm layer ocl update

use a batch_norm ocl kernel to do the work

Signed-off-by: Li Peng <peng.li@intel.com>

copyright: 2018

Merge pull request #10575 from ioxp:getFontScale

protobuf: drop unused files

dnn: protobuf build warnings

dnn: Updated protobuf files (3.5.1)

Updated protobuf version to 3.5.1

Merge pull request #10580 from woodychow:parallel_initUndistortRectifyMap

Merge pull request #10585 from dkurt:dnn_weightless_scale

Parallelize initUndistortRectifyMap

android: update build_sdk.py

- configuration files for ABIs configuration
- use builtin Android NDK's toolchain by default (force flag to use OpenCV's toolchain)
- default values for 'work_dir' and 'opencv_dir'

Merge pull request #10588 from dkurt:dnn_blobFromImage_ext

dnn::blobFromImage with OutputArray

Untrainable version of Scale layer from Caffe

Merge pull request #10495 from alalek:cmake_java

cmake: ocv_target_include_directories() handle SYSTEM directories

android: fix SDK build

- fix Javadoc:
  - generate Javadoc after gather step to process all Java files (including Android 21)
  - generate into 'OpenCV-android-sdk' directly without additional copy step
- use smart copy/move utility functions ('shutil' doesn't well with existed destination)
- by default move files to reduce pressure on storage I/O (> 800Mb)

java: fix MacOS Java problem

java: fix bindings generator

- fix imports override.
  Problem is observed with BoostDesc.

- add Ptr<> handling (constructor is protected from other packages).
  Observed in ximgproc:
      Ptr<StereoMatcher> createRightMatcher(Ptr<StereoMatcher> matcher_left)"
  where, "StereoMather" is from another package (calib3d)

java: disable highgui wrapped code

fixes for old CMake (2.8.12.2)

cmake: Java/Android SDK refactoring

Update documentation

java: files rename

intermediate commit (to simplify code review)

java(test): fix test names

Merge pull request #10582 from mshabunin:fix-ocl-concurrent-cache-name

Fixed concurrent OpenCL cache folder name generation

Merge pull request #10489 from SarenT:offset-mat_put

Adding capability to parse subsections of a byte array in Java bindings (#10489)

* Adding capability to parse subsections of a byte array in Java bindings. (Because Java lacks pointers. Therefore, reading images within a subsection of a byte array is impossible by Java's nature and limitations. Because of this, many IO functions in Java require additional parameters offset and length to define, which section of an array to be read.)

* Corrected according to the review. Previous interfaces were restored, instead internal interfaces were modified to provide subsampling of java byte arrays.

* Adding tests and test related files.

* Adding missing files for the test.

* Simplified the test

* Check was corrected according to discussion. An OutOfRangeException will be thrown instead of returning.

* java: update MatOfByte implementation checks / tests

Merge pull request #10490 from alalek:cmake_android_refactor_copy_project_files

Merge pull request #10515 from alalek:android_ndk16

Merge pull request #10504 from opentrack:fork

modules/videoio: fix PS3Eye camera property window

v2: fix stray trailing whitespace

v3: only allow for up to one property window at the time

Opening multiple windows in the same process will just confuse
the camera filter or outright crash.

Suggested-by: @alalek
Also return whether a dialog was opened at the time.

Merge pull request #10391 from ElenaGvozdeva:HAL_minMaxIdx

Added getFontScaleFromHeight()

Merge pull request #10466 from dkurt:reduce_umat_try_2

* UMat blobs are wrapped

* Replace getUMat and getMat at OpenCLBackendWrapper

Merge pull request #10549 from Sahloul:bug_fix/FLANN

Merge pull request #10568 from alalek:fix_10565

Merge pull request #10567 from terfendail:createsample_fix

Merge pull request #10566 from alalek:jasper_checks

Merge pull request #10563 from alalek:issue_10540

Merge pull request #10497 from aaron-bray:msvc2017-findcuda

* Update to properly find the compiler tools for MSVC 2017

* FindCUDA: Fix the MSVC 2017 compiler tool locations

core: fix unresolved symbols from utils::fs

Merge pull request #10513 from pengli:dnn

Fixed exception when ROI for generated sample is evaluated out of image borders

imgcodecs: add more Jasper checks for supported and tested cases

Merge pull request #10544 from alalek:issue_10535

imgcodecs: add overflow checks

imgcodecs: remove assert() usage

batch_norm and blank layer ocl implementation

Signed-off-by: Li Peng <peng.li@intel.com>

Merge pull request #10522 from tobycollins:issue10519

Merge pull request #10502 from cabelo/save-dnn-yolo

Save video file (#10502)

cmake: allow BUILD_FAT_JAVA_LIB for non-Android targets too

Merge pull request #10550 from dkurt:replace_psroi_pooling_tag

Merge pull request #10545 from alalek:dnn_blob_manager_runtime_option

Replace Caffe's psroi_pooling_param tag from 10001 to 10002

resolves #10548 - `FLANN::knnSearch` garbage bug (when kNN is larger than the dataset size)

dnn: add OPENCV_DNN_DISABLE_MEMORY_OPTIMIZATIONS runtime option

replaces REUSE_DNN_MEMORY compile-time option

Merge pull request #10537 from pnemonic78:master_false

Bitwise "and false"

Bitwise "and false" is always false.

Merge pull request #10536 from Sahloul:bug_fix/BLOB

Merge pull request #10534 from ericrwx:videoio-psnr-typo-fix

Merge pull request #10527 from csukuangfj:local

BLOB - Support RGBA

Fix typo in video_input_psnr_ssim

Merge pull request #10529 from LaurentBerger:ExampleGoogleNet

* Add a parameter labels to command line

* default value

* samples: caffe_googlenet.cpp minor refactoring

Merge pull request #10514 from alalek:build_warnings

Merge pull request #10521 from DabatoIsCool:master

Improve the documentation for cv::Affine3.

cmake(android): refactor copying of Android samples project files

cmake(android): fix non-idempotent INSTALL scripts

Fixed missing #include "../precomp.hpp"

Merge pull request #10432 from GlueCrow:bgfg_knn_fix

add normalize_bbox layer ocl implementation

Signed-off-by: Li Peng <peng.li@intel.com>

add eltwise layer ocl implementation

Signed-off-by: Li Peng <peng.li@intel.com>

Merge pull request #10517 from alalek:perf_video_bgfg

Merge pull request #10421 from cezheng:patch-1

video(perf): add Mog2/KNN tests, fixed bug in prepareData()

prepareData() bug feeds the same image (the latest)
OCL perf test doesn't pass accuracy(!) check now, so this check is disabled.

cmake(android): update CMAKE_FIND_ROOT_PATH_MODE_* handling

Avoids this error message with CMake 3.10:
CMake Error: CMake was unable to find a build program corresponding to "Ninja".
CMAKE_MAKE_PROGRAM is not set. You probably need to select a different build tool.

Related changes is that pkg-config tool is found (/usr/bin/pkg-config).