Merge pull request #1966 from philkr/python_fixes

cmake and python3 bugfixes for #1939 and #1923

Merge pull request #1970 from jeffdonahue/tensor-blob

Blobs are N-D arrays (for N not necessarily equals 4)

[pytest] use non-4d blobs in test_python_layer

[pycaffe] expose Blob.reshape as *args function

Add option not to reshape to Blob::FromProto; use when loading Blobs
from saved NetParameter

Want to keep the param Blob shape the layer has set, and not necessarily
adopt the one from the saved net (e.g. want to keep new 1D bias shape,
rather than take the (1 x 1 x 1 x D) shape from a legacy net).

PyBlobs support generalized axes

Add CHECK_EQ(4, ...)s to "vision layers" to enforce that the
num/channnels/height/width indexing is valid.

DummyDataLayer outputs blobs of arbitrary shape

EuclideanLossLayer: generalized Blob axes

WindowDataLayer outputs 1D labels

ImageDataLayer outputs 1D labels

MemoryDataLayer outputs 1D labels

DataLayer outputs 1D labels

HDF5DataLayer shapes output according to HDF5 shape

SplitLayer: change Reshape(n,h,c,w) to ReshapeLike(...)

SoftmaxLossLayer generalized like SoftmaxLayer

CuDNNSoftmaxLayer: generalized Blob axes

SoftmaxLayer: generalized Blob axes

SliceLayer: generalized Blob axes

ConcatLayer: generalized Blob axes

TestConcatLayer: add forward/gradient tests for concatenation along num

TestConcatLayer: fix style errors

common_layers.hpp: remove unused "Blob col_bob_"

FlattenLayer: generalized Blob axes

EltwiseLayer need not assume old 4D dim names

Test{Net,Solver} fixes for AccuracyLayer generalization

AccuracyLayer generalized to N instance axes

AccuracyLayer output is 0D (scalar)

LossLayer output is 0D (scalar)

ConvLayer biases are 1D

InnerProductLayer can multiply along any axis

Fix sparse GaussianFiller for new IPLayer weight axes

InnerProductLayer weights are 2D; biases are 1D

TestBlob: test that legacy BlobProtos are correctly handled by ShapeEquals

add offset, {data,diff}_at nd blob accessors

Add BlobShape message; use for Net input shapes

Blobs are ND arrays (for N not necessarily equals 4).

vector<int> shape_ instead of (num, channels, height, width).

Merge pull request #1999 from boechat107/patch-2

Small fix (visualization) on SLICE layer's documentation

Merge pull request #1955 from philkr/reshaping_encoded

Decoding the datum before feeding it into the reshaping data layer

Small fix (visualization) on SLICE layer's documentation

The sample was missing some additional spaces to be correctly rendered on the HTML. The mistake was mine.

Fixing two bugs related to python3 and PROJECT_SOURCE_DIR

Merge pull request #1960 from gustavla/makefile_fix

Replaced illegal tab in Makefile with spaces.

Merge pull request #1961 from sergeyk/master

fix accelerate / veclib path for OS X 10.10

Makefile fix for OS X 10.10

Replaced illegal tab in Makefile with spaces.

Commands, such as $(error ...), are not allowed to be indented with tabs
outside of targets, throwing an error instead of outputting the actual
error. The solution is to use innocuous spaces instead. Ideally, spaces
should be used everywhere outside targets, but since make does not mind
it if variable assignments are tab-indented outside targets, a complete
overhaul is not necessary. However, if more errors are added, it might
make more sense to be consistent.

Also, make will already add a period so I removed it.

fixed matcaffe printout to specify num of args (now including train/test phase)

Decoding the datum before feeding it into the reshaping data layer

Merge pull request #1923 from philkr/python3_master

Making python3 work with cmake and the new python wrapper

Making python3 work with cmake and the new python wrapper

Merge pull request #1926 from shelhamer/test-caffe-tool

Check caffe tool runs

Merge pull request #1941 from jsupancic/cpp_lint_python2

fixes: cpp_lint.py fails silently with Python3

Merge pull request #1948 from spmallick/patch-1

APPLE was misspelled in Line 27

APPLE was misspelled. in Line 27

Merge pull request #1939 from Nerei/bugfix/install_rpath_for_pycaffe

[cmake] fix install rpath for pycaffe

cpp_lint.py fails silently with Python3 (which is the default on some systems).
This commit specifies Python2 with which cpp_lint.py works :-)

minor cmake sumamry log fix

fixed bug in install-tree: _caffe.so installed by install(TARGET ...) was overwritten with symlink created at build time and installed with install(DIRECTORY ...)

set proper CMAKE_INSTALL_RPATH for _caffe.so and tools

ignore pycharm files

check caffe tool runs in runtest

Merge pull request #1921 from shelhamer/fix-tool-linking

[build] fix dynamic linking of tools

[build] fix dynamic linking of tools

set the right rpath for tools and examples respectively

thanks for the report @mees!

Merge pull request #1914 from eerwitt/master

fix Imagenet example path

Updated the path for get_ilsvrc_aux.sh to match what is found in the current project

Merge pull request #1849 from BVLC/next

Next: release candidater

Correct 'epochs' to 'iterations'

See https://github.com/BVLC/caffe/blob/master/models/bvlc_reference_caffenet/solver.prototxt

Brief explanation of SLICE layer's attributes

* A sample code was added.
* `slice_dim` and `slice_point` attributes were explained.

[docs] add check mode hint to CPU-only mode error

[docs] send API link to class list

[build] fix rpath for examples

Merge pull request #1910 from philkr/encoded

  add force_encoded_color flag to the data layer and warn about
  mixed encoding

Repeal revert of #1878

[docs] add gitter chat badge

added a force_encoded_color flag to the data layer. Printing a warning if images of different channel dimensions are encoded together

Revert "Merge pull request #1878 from philkr/encoded"

This reverts the encoding cleanup since it breaks data processing for
existing inputs as discussed in #1901.

Merge pull request #1907 from shelhamer/memory-warn-transform

relax MemoryData transform check to warning

relax MemoryData transform check to warning

warning is still useful to keep from accidentally running data without
pre-processing.

Merge pull request #1899 from philkr/project_source_dir

[cmake] CMAKE_SOURCE/BINARY_DIR to PROJECT_SOURCE/BINARY_DIR

Merge pull request #1902 from shelhamer/py-stopgap

Stop-gap fixes for pycaffe

[pycaffe] switch examples to Transformer

This is a quick translation of the examples to the caffe.io.Transformer
interface. The results are not strictly identical to the earlier
implementation! The models now use a mean pixel instead of a mean image
for simplicity. The output classifications and detections are preserved
but scores may differ.

Note: the examples will be rewritten to make use of `caffe.Net` alone
since it is the true interface, but not yet.

[pycaffe] take pre-processing from Net and give to Transformer

The pyreformation #1703 aligned pycaffe Net with the real Caffe Net.
This broke the pre-processing helpers that had been bolted on to
`caffe.Net`.

These responsibilities are gathered in `caffe.io.Transformer` instead.
This is only an intermediate step in a real solution to pycaffe IO that
should make use of the same data pipeline as the rest of the framework.

See #1245 for further thoughts on input processing.

[pycaffe] import newline cleanup

Changing CMAKE_SOURCE/BINARY_DIR to PROJECT_SOURCE/BINARY_DIR

comment fix: Decaf -> Caffe

[pycaffe] fix bug in Python layer setup

Previously, setup did not correctly override LayerSetUp (and therefore
did not run) due to an incorrect type.

Merge pull request #1790 from shelhamer/net-phase

Give phase to Net

[matcaffe] give phase to Net

[pycaffe] give phase to Net

- expose `caffe.{TRAIN,TEST}` constants
- instantiate `caffe.Net`s with phase
- drop singleton phase interface `caffe.set_phase_{train,test}`

tools make net with phase

construct Net from file and phase

no phase for the solver to orchestrate

pass phase to transformer through layer

give phase to Net and Layer

Give the responsibility for phase to Net and Layer, making phase an
immutable choice at instantiation and dropping it from the Caffe
singleton.

Merge pull request #1703 from longjon/pyreformation

Reform the boost::python wrapper, including layers implemented in Python

Merge pull request #1887 from shelhamer/docs

Documentation: README, credits, favicon, installation, and workflow

[make] link libcaffe.so before dependencies

[docs] explain one true branch and dev workflow

[docs] update and split installation

switch to V2 proto definitions for pytest

[travis] enable Python layer for testing