Merge pull request #10495 from alalek:cmake_java

cmake: ocv_target_include_directories() handle SYSTEM directories

android: fix SDK build

- fix Javadoc:
  - generate Javadoc after gather step to process all Java files (including Android 21)
  - generate into 'OpenCV-android-sdk' directly without additional copy step
- use smart copy/move utility functions ('shutil' doesn't well with existed destination)
- by default move files to reduce pressure on storage I/O (> 800Mb)

java: fix MacOS Java problem

java: fix bindings generator

- fix imports override.
  Problem is observed with BoostDesc.

- add Ptr<> handling (constructor is protected from other packages).
  Observed in ximgproc:
      Ptr<StereoMatcher> createRightMatcher(Ptr<StereoMatcher> matcher_left)"
  where, "StereoMather" is from another package (calib3d)

java: disable highgui wrapped code

fixes for old CMake (2.8.12.2)

cmake: Java/Android SDK refactoring

java: files rename

intermediate commit (to simplify code review)

java(test): fix test names

Merge pull request #10582 from mshabunin:fix-ocl-concurrent-cache-name

Fixed concurrent OpenCL cache folder name generation

Merge pull request #10489 from SarenT:offset-mat_put

Adding capability to parse subsections of a byte array in Java bindings (#10489)

* Adding capability to parse subsections of a byte array in Java bindings. (Because Java lacks pointers. Therefore, reading images within a subsection of a byte array is impossible by Java's nature and limitations. Because of this, many IO functions in Java require additional parameters offset and length to define, which section of an array to be read.)

* Corrected according to the review. Previous interfaces were restored, instead internal interfaces were modified to provide subsampling of java byte arrays.

* Adding tests and test related files.

* Adding missing files for the test.

* Simplified the test

* Check was corrected according to discussion. An OutOfRangeException will be thrown instead of returning.

* java: update MatOfByte implementation checks / tests

Merge pull request #10490 from alalek:cmake_android_refactor_copy_project_files

Merge pull request #10515 from alalek:android_ndk16

Merge pull request #10504 from opentrack:fork

modules/videoio: fix PS3Eye camera property window

v2: fix stray trailing whitespace

v3: only allow for up to one property window at the time

Opening multiple windows in the same process will just confuse
the camera filter or outright crash.

Suggested-by: @alalek
Also return whether a dialog was opened at the time.

Merge pull request #10391 from ElenaGvozdeva:HAL_minMaxIdx

Merge pull request #10466 from dkurt:reduce_umat_try_2

* UMat blobs are wrapped

* Replace getUMat and getMat at OpenCLBackendWrapper

Merge pull request #10549 from Sahloul:bug_fix/FLANN

Merge pull request #10568 from alalek:fix_10565

Merge pull request #10567 from terfendail:createsample_fix

Merge pull request #10566 from alalek:jasper_checks

Merge pull request #10563 from alalek:issue_10540

Merge pull request #10497 from aaron-bray:msvc2017-findcuda

* Update to properly find the compiler tools for MSVC 2017

* FindCUDA: Fix the MSVC 2017 compiler tool locations

core: fix unresolved symbols from utils::fs

Merge pull request #10513 from pengli:dnn

Fixed exception when ROI for generated sample is evaluated out of image borders

imgcodecs: add more Jasper checks for supported and tested cases

Merge pull request #10544 from alalek:issue_10535

imgcodecs: add overflow checks

imgcodecs: remove assert() usage

batch_norm and blank layer ocl implementation

Signed-off-by: Li Peng <peng.li@intel.com>

Merge pull request #10522 from tobycollins:issue10519

Merge pull request #10502 from cabelo/save-dnn-yolo

Save video file (#10502)

cmake: allow BUILD_FAT_JAVA_LIB for non-Android targets too

Merge pull request #10550 from dkurt:replace_psroi_pooling_tag

Merge pull request #10545 from alalek:dnn_blob_manager_runtime_option

Replace Caffe's psroi_pooling_param tag from 10001 to 10002

resolves #10548 - `FLANN::knnSearch` garbage bug (when kNN is larger than the dataset size)

dnn: add OPENCV_DNN_DISABLE_MEMORY_OPTIMIZATIONS runtime option

replaces REUSE_DNN_MEMORY compile-time option

Merge pull request #10537 from pnemonic78:master_false

Bitwise "and false"

Bitwise "and false" is always false.

Merge pull request #10536 from Sahloul:bug_fix/BLOB

Merge pull request #10534 from ericrwx:videoio-psnr-typo-fix

Merge pull request #10527 from csukuangfj:local

BLOB - Support RGBA

Fix typo in video_input_psnr_ssim

Merge pull request #10529 from LaurentBerger:ExampleGoogleNet

* Add a parameter labels to command line

* default value

* samples: caffe_googlenet.cpp minor refactoring

Merge pull request #10514 from alalek:build_warnings

Merge pull request #10521 from DabatoIsCool:master

Improve the documentation for cv::Affine3.

cmake(android): refactor copying of Android samples project files

cmake(android): fix non-idempotent INSTALL scripts

Fixed missing #include "../precomp.hpp"

Merge pull request #10432 from GlueCrow:bgfg_knn_fix

add normalize_bbox layer ocl implementation

Signed-off-by: Li Peng <peng.li@intel.com>

add eltwise layer ocl implementation

Signed-off-by: Li Peng <peng.li@intel.com>

Merge pull request #10517 from alalek:perf_video_bgfg

Merge pull request #10421 from cezheng:patch-1

video(perf): add Mog2/KNN tests, fixed bug in prepareData()

prepareData() bug feeds the same image (the latest)
OCL perf test doesn't pass accuracy(!) check now, so this check is disabled.

cmake(android): update CMAKE_FIND_ROOT_PATH_MODE_* handling

Avoids this error message with CMake 3.10:
CMake Error: CMake was unable to find a build program corresponding to "Ninja".
CMAKE_MAKE_PROGRAM is not set. You probably need to select a different build tool.

Related changes is that pkg-config tool is found (/usr/bin/pkg-config).

cmake(android): update zlib alias condition

To use 'z' in Android.mk instead of absolute path from the build machine.

cmake(android): fix ccache detection (native Android toolchain with NDK_CCACHE)

To prevent this result:
    /usr/bin/ccache ccache <android-ndk-r16.1>/toolchains/arm-linux-androideabi-4.9/prebuilt/linux-x86_64/bin/arm-linux-androideabi-gcc ...
with:
    ccache: error: Recursive invocation (the name of the ccache binary must be "ccache")

3rdparty(libtiff): fix build with Android NDK 16

Compiler message:
tif_unix.c:170:12: error: call to 'mmap' declared with attribute error:
mmap is not available with _FILE_OFFSET_BITS=64 when using GCC until android-21.
Either raise your minSdkVersion, disable _FILE_OFFSET_BITS=64, or switch to Clang.

android: IPPICV static libraries workarounds for NDK 16

3rdparty(protobuf): fix build with Android NDK 16

android(toolchain): fix find_path() behavior (zlib search problem)

Allow compilation with unified include directory

This makes it possible to compile OpenCV with for instance ndk-r16

android(toolchain): detailed error message

cmake: eliminate ninja generator warning (CMake 3.10), refactor code

build: eliminate warning

warning: 'layout.channel_layout::gchan' may be used uninitialized in this function [-Wmaybe-uninitialized]

build: eliminate warnings

warning: comparison between signed and unsigned integer expressions [-Wsign-compare]

Merge pull request #10493 from RachexCoralie:tiff32FC1Codec

* Load and save tiff images in CV_32FC1 format (1 channel of floats).

* Add test

* Fix error handling and resources leak. Improve test.

Merge pull request #10488 from alalek:cmake_simplify_configure_macro

Merge pull request #10492 from pengli:dnn

add opencl option for resnet_ssd_face sample

Signed-off-by: Li Peng <peng.li@intel.com>

add ocl implementation of proposal layer

Signed-off-by: Li Peng <peng.li@intel.com>

cmake: avoid unnecessary files creation in ocv_cmake_configure()

Merge pull request #10446 from cabelo:style-dnn-yolo

* add style draw in yolo

* fix sintaxe whitespace

* fix conversion from float to int

* sample refactoring

- minor code style fixes
- avoid confusing "bottom" names
- use cv::format
- always draw object detection/roi

Merge pull request #10477 from berak:fix_bg_sub_tutorial

Merge pull request #10483 from dkurt:fix_dnn_ssd_cpp_sample

Merge pull request #10481 from alalek:fix_10474

Update C++ MobileNet-SSD object detection sample

python: filter modules headers (from <module>/include directory)

Merge pull request #10480 from alalek:fix_10479

imgproc(hdr): fix bounds check in HdrDecoder::checkSignature()

video: clean up bg subtraction tutorial

Merge pull request #10473 from alalek:cmake_version_string_timestamp

cmake: avoid timestamp change of version_string.inc file

Merge pull request #10470 from victor-ludorum:caliper

Merge pull request #10469 from victor-ludorum:stichingbranch

Updating stiching.cpp to resolve new line issue #10461 (#10469)

Updating rotcalipers.cpp to resolve issue #10096

Updating the documentation of the rotcalipers.cpp to resolve issue #10096

Merge pull request #10463 from alalek:avx512skx

cmake(opt): AVX512_SKX

Merge pull request #10329 from jasjuang:master

Merge pull request #10410 from GlueCrow:master

Merge pull request #10456 from dkurt:dnn_allocate_mem_for_optimized_concat

Merge pull request #10416 from fenrus75:avx512

Merge pull request #10429 from wxzs5:fix-documentation