Merge pull request #3090 from longjon/summarize-tool

A Python script for at-a-glance net summary

Merge pull request #3395 from BonsaiAI/extract_features-compatibility

Fix compatibility issues with extract_features

Correct type of device_id; disambiguate shared_ptr

Merge pull request #3404 from BonsaiAI/remove-hamming-dist

Remove hamming_distance and popcount

Remove hamming_distance and popcount

Merge pull request #3313 from gdh1995/master

don't divide by 0 duration when downloading model binary

Merge pull request #3267 from cbalint13/cmake-cudnn

[build] Display and store cuDNN version numbers for CMake

Merge pull request #3285 from longjon/cuda-dead-cpp

Remove dead preprocessor code for number of CUDA threads

Merge pull request #3315 from shelhamer/layer-headers

Dismantle Layer Headers

dismantle layer headers

No more monolithic includes: split layers into their own headers for modular inclusion and build.

Merge pull request #3378 from BonsaiAI/fix-temp-dir-creation-failure

Safely create temporary files and directories

Secure temporary file creation

Secure implementation of MakeTempDir

Merge pull request #3320 from BonsaiAI/disambiguate-dtype

Cast std::max args to Dtype

Merge pull request #2693 from AdamStelmaszczyk/patch-1

Deprecated OpenCV consts leading to compilation error

Merge pull request #3361 from BonsaiAI/avoid-snprintf

replace snprintf with a C++98 equivalent

Merge pull request #3352 from lukeyeager/bvlc/pytest-python-layer

Skip python layer tests if WITH_PYTHON_LAYER unset

Merge pull request #3389 from ronghanghu/remove-stepearly

Remove bogus stepearly in MNIST example

Remove bogus stepearly in MNIST example

This `examples/lenet/lenet_stepearly_solver.prototxt` is introduced in #190 by mistake, since stepearly is never actually merged.

replace snprintf with a C++98 equivalent

Merge pull request #3296 from cdoersch/normalize_batch

Better normalization options for SoftmaxWithLoss layer

Better normalization options for SoftmaxWithLoss layer.

Merge pull request #3363 from BonsaiAI/remove-opencv-include

Exclude core.hpp when building without OpenCV

Merge pull request #3362 from eelstork/patch-2

GetDB must return a value.

Exclude core.hpp when building without OpenCV

Function must return a value

Currently compilation will fail with some compilers when LevelDB and LMDB are disabled.
Very similar to a recently fixed issue.

Convert std::max args to Dtype

Merge pull request #3359 from ronghanghu/fix-accuracy-layer-top

Fix MaxTopBlobs in Accuracy Layer

Fix MaxTopBlobs in Accuracy Layer

Fix the typo "MaxTopBlos" to "MaxTopBlobs". This typo causes maximum top number to be incorrect.

Skip python layer tests if WITH_PYTHON_LAYER unset

Merge pull request #3321 from BonsaiAI/synced-mem-functions-will-return-a-value

In syncedmem.cpp, functions shall return a value

Merge pull request #3261 from kli-nlpr/patch-1

fix plot_training_log.py.example usage text

Merge pull request #3332 from alexlee-gk/master

[bug] fix outs and diffs being overwritten in forward_backward_all

Fix outs and diffs being overwritten in forward_backward_all.

Merge pull request #3299 from kkhoot/fix_bn

Update BatchNormLayer: more numerical stability and backward with global stats

Merge pull request #3323 from BonsaiAI/remove-unnecessary-includes

Remove un-necessary includes

Display and store cuDNN version numbers during cmake.

Merge pull request #3328 from w1res/patch-1

[doc] Add parentheses to backward_{cpu,gpu} method.

Add parentheses to backward_{cpu,gpu} method.

Make backward pass work when global stats is active for BatchNormLayer
including minor code cleaning

Update computation of variance and global stats in BatchNormLayer

Functions shall return a value in syncedmem

Remove un-necessary includes

fix a bug that time duration may be 0 when downloading model binary

Merge pull request #3127 from lukeyeager/install-lib-permissions

[build] Install libs as non-executable files

Merge pull request #3235 from shelhamer/dlog-cudnn-workspace

cuDNN: only log conv workspace in debug mode

Merge pull request #3290 from ernest-tg/master

[pycaffe] correct transposition & channel_swap in deprocess

Merge pull request #3294 from panmari/simpler_diff

[example] switch order of two layers for simpler diff with untuned file

Merge pull request #3295 from timmeinhardt/fix_issue_3274

[bug] fix issue #3274 -- shape argmax top carefully

Merge pull request #3310 from gustavla/contrastive-doc-fix

[doc] Fix consistent typo in contrastive loss

Merge pull request #3305 from ronghanghu/display-ignore-layer

display 'ignore source layer' when initializing from existing parameters

Merge pull request #3300 from BonsaiAI/replace-unistd

Replace unistd functions with cross platform counterparts

Replace unistd functions with cross platform counterparts

DOC: Fix consistent typo in contrastive loss

If a pair is similar, it should take the squared distance and not the
distance. This is clearly what the code is doing.

Merge pull request #3308 from cassinaj/master

minor typo fix

Merge pull request #1 from cassinaj/cassinaj-minor-typo-fix

minor typo fix

Switched order of two layers for simpler diff with untuned file

Untuned file is in models/bvlc_reference_caffenet/train_val.prototxt.

Merge pull request #3303 from eelstork/patch-1

GetDB must return a value

display 'ignore source layer' when initializing from existing parameters

This helps in the case to see which layer is initialized from existing parameters, and which layer is ignored. This helps identify the cases where the user types a error mismatch layer name.

GetDB must return a value

As noted by @danst18, when USE_LEVELDB and USE_LMDB are disabled, a compiler error is issued since GetDB no longer returns a value.
At runtime a fatal error would be issued anyways. However to help users who don't need a DB backend, NULL should be returned here.

Fix ArgMaxLayer::Reshape for any num of bottom axes

Correct transposition & channel_swap in deprocess

The deprocess( ) function should invert the preprocess( ) function, however it only worked when the permutation of your channel_swap is of order 2 and the permutation of your transpose were of order 3. This is usually the case, which is why this bug went unnoticed for a long time.

To reproduce it (on former version), try to preprocess and then deprocess with
transformer.set_transpose('data', (0,2,1)) (or (1,0,2) or (2,1,0))

Or with
transformer.set_channel_swap('data', (2,0,1)) (or (1,2,0) )

Indeed, we had

L152  (in preprocess)   caffe_in = caffe_in[channel_swap, :, :]
L181  (in deprocess)    decaf_in = decaf_in[channel_swap, :, :]
So we applied [channel_swap,:,:] twice to the initial data => not always the identity

L154 (in preprocess)    caffe_in = caffe_in.transpose(transpose)
L183 (in deprocess)     decaf_in = decaf_in.transpose([transpose[t] for t in transpose])
The transposition [transpose[t] for t in transpose] is (tranpsose)² so we applied transpose[t] three times which is not always the identity.

Merge pull request #3287 from longjon/travis-install-whitespace

Fix whitespace in travis_install.sh

remove dead cpp code for number of CUDA threads

__CUDA_ARCH__ is not defined in host code; the #if was vacuous and
misleading.

[style] fix whitespace in travis_install.sh

Merge pull request #3286 from longjon/fix-py3-travis-boost

[travis] fix boost/python3 conda conflict

[travis] fix boost/python3 conda conflict

Merge pull request #3275 from darxriggs/master

fix detect.py (invalid model path)

Merge pull request #3276 from lukeyeager/bvlc/fix-travis-cmake-download

TravisCI: wget cmake with --no-check-certificate

TravisCI: wget cmake with --no-check-certificate

```
--2015-11-03 22:31:11--  http://www.cmake.org/files/v3.2/cmake-3.2.3-Linux-x86_64.sh
Resolving www.cmake.org (www.cmake.org)... 66.194.253.19
Connecting to www.cmake.org (www.cmake.org)|66.194.253.19|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 301 Moved Permanently
Location: http://cmake.org/files/v3.2/cmake-3.2.3-Linux-x86_64.sh [following]
--2015-11-03 22:31:11--  http://cmake.org/files/v3.2/cmake-3.2.3-Linux-x86_64.sh
Resolving cmake.org (cmake.org)... 66.194.253.19
Connecting to cmake.org (cmake.org)|66.194.253.19|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 301 Moved Permanently
Location: https://cmake.org/files/v3.2/cmake-3.2.3-Linux-x86_64.sh [following]
--2015-11-03 22:31:11--  https://cmake.org/files/v3.2/cmake-3.2.3-Linux-x86_64.sh
Connecting to cmake.org (cmake.org)|66.194.253.19|:443... connected.
ERROR: no certificate subject alternative name matches
        requested host name `cmake.org'.
To connect to cmake.org insecurely, use `--no-check-certificate'.
```

fix detect.py (invalid model path)

Merge pull request #3082 from gustavla/pycaffe-snapshot

Expose `Solver::Snapshot` to pycaffe

Update plot_training_log.py.example

I find there is no plot_log.sh file

Merge pull request #3254 from ronghanghu/cudnn3_accum_grad

CuDNNConvolutionLayer accumulate gradients

CuDNNConvolutionLayer accumulate gradients

Merge pull request #3221 from BonsaiAI/cmake-forward-compatibility

Endorse CMP0046, CMP0054

cuDNN: only log conv workspace in debug mode

Merge pull request #3229 from cdoersch/batchnorm2

Yet another batch normalization PR

Merge pull request #3186 from lionleaf/makefile_opencv_imgcodecs

Add opencv_imgcodecs to library path in Makefile

Add opencv_imgcodecs to library path in Makefile

Project does not compile without opencv_imgcodecs in the library path if
you're using OpenCV 3.

This introduces a OPENCV_VERSION flag in Makefile.config that includes
the library if set to 3.  (Trying to include it with OpenCV 2 also
breaks the build)

Merge pull request #3234 from rodrigob/patch-1

diff.ndim != 4 is outdated

diff.ndim != 4 is outdated

this code seems not to apply to the caffe head.
```
if diff.ndim != 4:
                raise Exception('{} diff is not 4-d'.format(top))
```

Cleanup batch norm layer, include global stats computation

Merge pull request #3226 from kkhoot/clean_header

Clean includes

Added batch normalization layer with test and examples

Merge pull request #3088 from lukeyeager/bvlc/lmdb-nolock

Open LMDB files with MDB_NOLOCK if no write access

Clean redundant/unnecessary headers

Move HDF5 defines to data_layers header

Endorse CMP0046, CMP0054

Set policies to NEW to silence warnings in CMake 3.02 and later.

Merge pull request #3182 from bchu/tutorial-fix

[example] Fix class label index error in tutorial 00.

Merge pull request #3185 from mausoomsarkar/master

PReLU speed up

Merge pull request #3205 from shelhamer/test-layer-type-upgrade

[test] drop bogus OpenCV guard for layer type

[test] drop bogus OpenCV guard for layer type

Merge pull request #3218 from shelhamer/cudnn3-compatible

[docs] mark cuDNN v3 compatible

Merge pull request #3219 from shelhamer/install-caffe-users

[docs] direct installation questions to caffe-users

[docs] cuDNN v3 compatible

installation questions -> caffe-users

Merge pull request #3217 from BonsaiAI/qualify-CUDA-status-message

[build] Qualify messages issued by CMake when CUDA is unavailable

Qualify messages issued by CMake when CUDA is unavailable

Moved the loop inside PReLUParamBackward to do the reduction inside the kernel
Now PReLU backward is taking the same time as forward

Code cleanup
Removed unnecessary code
Fixed indent
merge if(channed_shared_)