From: Andy Ayers Date: Sat, 28 Jan 2017 00:45:38 +0000 (-0800) Subject: Add BenchmarkGames regexdna test X-Git-Tag: submit/tizen/20210909.063632~11030^2~8295^2 X-Git-Url: http://review.tizen.org/git/?a=commitdiff_plain;h=5055ee186fc0a9afada90b6ecfeded9b753f2f62;p=platform%2Fupstream%2Fdotnet%2Fruntime.git Add BenchmarkGames regexdna test Based on the "version 6" test base. As with revcomp, keeping the input files as unix line ending, and relatively small. Commit migrated from https://github.com/dotnet/coreclr/commit/47fa373a9bdb460bdd90b51c2bbd40f9bc48937f --- diff --git a/src/coreclr/tests/src/JIT/Performance/CodeQuality/BenchmarksGame/regexdna/regexdna-input25.txt b/src/coreclr/tests/src/JIT/Performance/CodeQuality/BenchmarksGame/regexdna/regexdna-input25.txt new file mode 100644 index 0000000..c32ac3c --- /dev/null +++ b/src/coreclr/tests/src/JIT/Performance/CodeQuality/BenchmarksGame/regexdna/regexdna-input25.txt @@ -0,0 +1,9 @@ +>ONE Homo sapiens alu +GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGA +>TWO IUB ambiguity codes +cttBtatcatatgctaKggNcataaaSatgtaaaDcDRtBggDtctttataattcBgtcg +tactDtDagcctatt +>THREE Homo sapiens frequency +agggtaaagtttgtgttgcgttatagtctatttgtggacacagtatggtcaaatgacgtc +ttttccctttaacaaagatactctgggcaacacacatacttctctcatgttgtttcttcg +gacct diff --git a/src/coreclr/tests/src/JIT/Performance/CodeQuality/BenchmarksGame/regexdna/regexdna-input25000.txt b/src/coreclr/tests/src/JIT/Performance/CodeQuality/BenchmarksGame/regexdna/regexdna-input25000.txt new file mode 100644 index 0000000..fd4414b --- /dev/null +++ b/src/coreclr/tests/src/JIT/Performance/CodeQuality/BenchmarksGame/regexdna/regexdna-input25000.txt @@ -0,0 +1,4171 @@ +>ONE Homo sapiens alu +GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGA +TCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACT +AAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAG +GCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCG +CCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGT +GGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCA +GGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAA +TTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAG +AATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA +GCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGT +AATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACC 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b/src/coreclr/tests/src/JIT/Performance/CodeQuality/BenchmarksGame/regexdna/regexdna.csharp-6.cs new file mode 100644 index 0000000..1992801 --- /dev/null +++ b/src/coreclr/tests/src/JIT/Performance/CodeQuality/BenchmarksGame/regexdna/regexdna.csharp-6.cs @@ -0,0 +1,230 @@ +// Licensed to the .NET Foundation under one or more agreements. +// The .NET Foundation licenses this file to you under the MIT license. +// See the LICENSE file in the project root for more information. +/* The Computer Language Benchmarks Game + http://benchmarksgame.alioth.debian.org/ + * + * contributed by Jimmy Tang + * + * modified for use with xunit-performance + */ + +using Microsoft.Xunit.Performance; +using System; +using System.Collections.Generic; +using System.Diagnostics; +using System.IO; +using System.Linq; +using System.Text.RegularExpressions; +using System.Threading; + +[assembly: OptimizeForBenchmarks] +[assembly: MeasureInstructionsRetired] + +namespace BenchmarksGame +{ + +public static class Regexdna +{ + +#if DEBUG + const bool Verbose = true; + const int Iterations = 1; + const string InputFile = "regexdna-input25.txt"; +#else + const bool Verbose = false; + const int Iterations = 6; + const string InputFile = "regexdna-input25000.txt"; +#endif + + static string FindInput(string s) + { + string CoreRoot = System.Environment.GetEnvironmentVariable("CORE_ROOT"); + + if (CoreRoot == null) + { + Console.WriteLine("This benchmark requries CORE_ROOT to be set"); + return null; + } + + string inputFile = s ?? InputFile; + + // Normal testing -- input file will end up next to the assembly + // and CoreRoot points at the test overlay dir + string[] pathPartsNormal = new string[] { + CoreRoot, "..", "..", "JIT", "Performance", + "CodeQuality", "BenchmarksGame", "regexdna", "regexdna", inputFile + }; + + string inputPathNormal = Path.Combine(pathPartsNormal); + + // Perf testing -- input file will end up next to the assembly + // and CoreRoot points at this directory + string[] pathPartsPerf = new string[] { CoreRoot, inputFile }; + + string inputPathPerf = Path.Combine(pathPartsPerf); + + string inputPath = null; + + if (File.Exists(inputPathNormal)) + { + inputPath = inputPathNormal; + } + else if (File.Exists(inputPathPerf)) + { + inputPath = inputPathPerf; + } + + if (inputPath != null) + { + Console.WriteLine("Using input file {0}", inputPath); + } + else + { + Console.WriteLine("Unable to find input file {0}", inputFile); + } + + return inputPath; + } + + public static int Main(string[] args) + { + string inputFile = InputFile; + int iterations = Iterations; + bool verbose = Verbose; + + for (int i = 0; i < args.Length; i++) + { + if (args[i] == "-v") + { + verbose = true; + } + else if (args[i] == "-q") + { + verbose = false; + } + else if (args[i] == "-i") + { + i++; + + if (i < args.Length) + { + Int32.TryParse(args[i], out iterations); + } + } + else + { + inputFile = args[i]; + } + } + + string fullInputFile = FindInput(inputFile); + + if (fullInputFile == null) + { + Console.WriteLine("unable to find input"); + return -1; + } + + if (iterations != Iterations) + { + Console.WriteLine("Running {0} iterations", iterations); + } + + using (var r = File.OpenText(fullInputFile)) + { + string sequence = r.ReadToEnd(); + + // Warmup + + BenchInner(verbose, sequence); + + Stopwatch sw = Stopwatch.StartNew(); + for (int j = 0; j < iterations; j++) + { + BenchInner(verbose, sequence); + } + sw.Stop(); + + Console.WriteLine("regexdna [{0} iters]: {1}ms", iterations, sw.ElapsedMilliseconds); + } + + return 100; + } + + static void BenchInner(bool verbose, string sequence) + { + int initialLength = sequence.Length; + + sequence = Regex.Replace(sequence, ">.*\n|\n", ""); + int codeLength = sequence.Length; + + string[] variants = { + "agggtaaa|tttaccct" + ,"[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]" + ,"a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t" + ,"ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct" + ,"agg[act]taaa|ttta[agt]cct" + ,"aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct" + ,"agggt[cgt]aa|tt[acg]accct" + ,"agggta[cgt]a|t[acg]taccct" + ,"agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct" + }; + + var flags = variants.Select((v, i) => { + var flag = new ManualResetEvent(false); + ThreadPool.QueueUserWorkItem(x => { + variants[i] += " " + Regex.Matches(sequence, v).Count; + flag.Set(); + }); + return flag; + }); + WaitHandle.WaitAll(flags.ToArray()); + if (verbose) + { + Console.WriteLine(string.Join("\n", variants)); + } + + var dict = new Dictionary { + {"B", "(c|g|t)"}, {"D", "(a|g|t)"}, {"H", "(a|c|t)"}, {"K", "(g|t)"}, + {"M", "(a|c)"}, {"N", "(a|c|g|t)"}, {"R", "(a|g)"}, {"S", "(c|g)"}, + {"V", "(a|c|g)"}, {"W", "(a|t)"}, {"Y", "(c|t)"} + }; + + sequence = new Regex("[WYKMSRBDVHN]").Replace(sequence, m => dict[m.Value]); + + if (verbose) + { + Console.WriteLine("\n{0}\n{1}\n{2}", initialLength, codeLength, sequence.Length); + } + } + + [Benchmark] + public static void Bench() + { + string fullInputFile = FindInput(InputFile); + + if (fullInputFile == null) + { + throw new Exception("unable to find input"); + } + + using (var r = File.OpenText(fullInputFile)) + { + string sequence = r.ReadToEnd(); + + foreach (var iteration in Benchmark.Iterations) + { + using (iteration.StartMeasurement()) + { + for (int i = 0; i < Iterations; i++) + { + BenchInner(false, sequence); + } + } + } + } + } +} + +} diff --git a/src/coreclr/tests/src/JIT/Performance/CodeQuality/BenchmarksGame/regexdna/regexdna.csproj b/src/coreclr/tests/src/JIT/Performance/CodeQuality/BenchmarksGame/regexdna/regexdna.csproj new file mode 100644 index 0000000..e77f257 --- /dev/null +++ b/src/coreclr/tests/src/JIT/Performance/CodeQuality/BenchmarksGame/regexdna/regexdna.csproj @@ -0,0 +1,53 @@ + + + + + Debug + AnyCPU + 2.0 + {95DFC527-4DC1-495E-97D7-E94EE1F7140D} + Exe + Properties + 512 + {786C830F-07A1-408B-BD7F-6EE04809D6DB};{FAE04EC0-301F-11D3-BF4B-00C04F79EFBC} + $(ProgramFiles)\Common Files\microsoft shared\VSTT\11.0\UITestExtensionPackages + ..\..\ + 7a9bfb7d + .NETStandard,Version=v1.4 + + + + + + + + pdbonly + true + + + + False + + + + + + + + + + + Always + + + Always + + + + $(JitPackagesConfigFileDirectory)benchmark\project.json + $(JitPackagesConfigFileDirectory)benchmark\project.lock.json + + + + + diff --git a/src/coreclr/tests/src/JIT/config/benchmark/project.json b/src/coreclr/tests/src/JIT/config/benchmark/project.json index fe3a327..87c7eef 100644 --- a/src/coreclr/tests/src/JIT/config/benchmark/project.json +++ b/src/coreclr/tests/src/JIT/config/benchmark/project.json @@ -21,6 +21,7 @@ "System.Threading": "4.4.0-beta-24913-02", "System.Threading.Tasks": "4.4.0-beta-24913-02", "System.Threading.Tasks.Parallel": "4.4.0-beta-24913-02", + "System.Threading.ThreadPool": "4.4.0-beta-24913-02", "System.Diagnostics.Process": "4.4.0-beta-24913-02", "System.Xml.XmlDocument": "4.4.0-beta-24913-02", "System.Xml.XPath": "4.4.0-beta-24913-02",