vq/residue_entropy

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 @quant=(
   4          0,  1,  1,  2,  2,  3,  3,  4,  4,  4,  5,  5,  5,  5,  6,  6,  6,
   5          6,  7,  7,  7,  7,  7,  8,  8,  8,  8,  8,  8,  9,  9,  9,  9,  9,  9,
   6          9, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11,
   7         11, 11, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
   8         12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12
   9 );
  10
  11
  12 use POSIX;
  13 my($groupn)=@ARGV;
  14 my%hash;
  15 my$count=0;
  16 my$lines=0;
  17
  18 if(!defined($groupn)){
  19     print "Usage: residue_entropy <groupsize> \n";
  20     exit(1);
  21 }
  22 $|=1;
  23
  24 while (<STDIN>) {
  25     chop;
  26     my@nums = ();
  27     @nums = split(/,/);
  28     $lines++;
  29
  30     my$step=$#nums/$groupn;
  31     for(my$i=0;$i<$step;$i++){
  32         my$key="";
  33         for(my$j=$i;$j<$#nums;$j+=$step){
  34             if($nums[$j]<0){
  35                 $num=-$quant[int(-$nums[$j]*2)];
  36             }else{
  37                 $num=$quant[int($nums[$j]*2)];
  38             }
  39             $key.=":$num";
  40         }
  41
  42         if(!defined($hash{$key})){
  43             $count++;
  44             $hash{$key}=1;
  45         }
  46     }
  47
  48     if(($lines % 1000)==0){
  49         print "\rworking... $lines lines, found $count values so far";
  50     }
  51 }
  52
  53 foreach $key (keys %hash){
  54     print "\t$key\n";
  55 }
  56
  57 print "\r$count values total                                       \n";
  58 print "Done.\n\n";