tools/accuracy_checker/accuracy_checker/representation/segmentation_representation.py

   1 """
   2 Copyright (c) 2019 Intel Corporation
   3
   4 Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
   5 you may not use this file except in compliance with the License.
   6 You may obtain a copy of the License at
   7
   8       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
   9
  10 Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
  11 distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
  12 WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
  13 See the License for the specific language governing permissions and
  14 limitations under the License.
  15 """
  16
  17 from enum import Enum
  18
  19 import numpy as np
  20
  21 from .base_representation import BaseRepresentation
  22 from ..data_readers import BaseReader
  23
  24
  25 class GTMaskLoader(Enum):
  26     PILLOW = 0
  27     OPENCV = 1
  28     SCIPY = 2
  29     NIFTI = 3
  30
  31
  32 class SegmentationRepresentation(BaseRepresentation):
  33     pass
  34
  35
  36 class SegmentationAnnotation(SegmentationRepresentation):
  37     LOADERS = {
  38         GTMaskLoader.PILLOW: 'pillow_imread',
  39         GTMaskLoader.OPENCV: 'opencv_imread',
  40         GTMaskLoader.SCIPY: 'scipy_imread',
  41         GTMaskLoader.NIFTI: 'nifti_reader'
  42     }
  43
  44     def __init__(self, identifier, path_to_mask, mask_loader=GTMaskLoader.PILLOW):
  45         """
  46         Args:
  47             identifier: object identifier (e.g. image name).
  48             path_to_mask: path where segmentation mask should be loaded from. The path is relative to data source.
  49             mask_loader: back-end, used to load segmentation masks.
  50         """
  51
  52         super().__init__(identifier)
  53         self._mask_path = path_to_mask
  54         self._mask_loader = mask_loader
  55         self._mask = None
  56
  57     @property
  58     def mask(self):
  59         return self._mask if self._mask is not None else self._load_mask()
  60
  61     @mask.setter
  62     def mask(self, value):
  63         self._mask = value
  64
  65     def _load_mask(self):
  66         loader = BaseReader.provide(self.LOADERS.get(self._mask_loader))
  67         if self._mask is None:
  68             mask = loader(self._mask_path, self.metadata['data_source'])
  69             return mask.astype(np.uint8)
  70
  71         return self._mask
  72
  73
  74 class SegmentationPrediction(SegmentationRepresentation):
  75     def __init__(self, identifiers, mask):
  76         """
  77         Args:
  78             identifiers: object identifier (e.g. image name).
  79             mask: array with shape (n_classes, height, width) of probabilities at each location.
  80         """
  81
  82         super().__init__(identifiers)
  83         self.mask = mask
  84
  85
  86 class BrainTumorSegmentationAnnotation(SegmentationAnnotation):
  87     def __init__(self, identifier, path_to_mask):
  88         super().__init__(identifier, path_to_mask, GTMaskLoader.NIFTI)
  89
  90 class BrainTumorSegmentationPrediction(SegmentationPrediction):
  91     pass